More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_2297 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008322  Shewmr7_2297  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 288 aa  594  1e-169  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252143  normal  0.644367 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2221  LysR family transcriptional regulator  99.31 
 
 		 288 aa  589  1e-167  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0572523  normal  0.568575 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2430  LysR family transcriptional regulator  94.44 
 
 		 288 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2531  LysR family transcriptional regulator  83.68 
 
 		 288 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.389044  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1813  transcriptional regulator, LysR family  83.68 
 
 		 288 aa  507  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0139203  normal  0.0296636 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2538  LysR family transcriptional regulator  83.33 
 
 		 288 aa  504  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2653  LysR family transcriptional regulator  83.68 
 
 		 288 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.66408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2292  LysR family transcriptional regulator  82.64 
 
 		 288 aa  488  1e-137  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000123532  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37930  LysR family transcriptional regulator protein  61.46 
 
 		 308 aa  386  1e-106  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3655  LysR family transcriptional regulator  42.24 
 
 		 290 aa  218  1e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.781642 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2875  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 289 aa  206  3e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00412762 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1023  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 289 aa  201  9e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0531  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 290 aa  191  2e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.468222  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2656  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 293 aa  188  8e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3293  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 308 aa  186  4e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0997  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 310 aa  177  1e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06732  transcriptional regulator  35.71 
 
 		 300 aa  173  2.9999999999999996e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0677  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 294 aa  167  2e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2975  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 298 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1810  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 307 aa  163  4.0000000000000004e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0697  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 321 aa  161  1e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.191439  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2560  transcriptional regulator, LysR family protein  32.55 
 
 		 299 aa  161  1e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0274  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 307 aa  159  4e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000824  transcriptional regulator LysR family  35.31 
 
 		 302 aa  158  8e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00283098  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2364  regulatory protein, LysR  33.77 
 
 		 304 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3476  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 312 aa  155  6e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00239218 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0213  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 300 aa  150  2e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00774  transcriptional regulator, LysR family protein  32.69 
 
 		 330 aa  146  4.0000000000000006e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1630  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  144  1e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1421  transcriptional regulator, LysR family  26.76 
 
 		 311 aa  86.7  4e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1625  LysR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 297 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0991587  normal  0.570552 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1552  LysR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 297 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.122604 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1603  LysR family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 297 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2442  LysR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1667  LysR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 297 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.1728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1216  LysR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 297 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.607873  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1695  LysR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 297 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4856  LysR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 297 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0305285 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 297 aa  77  0.0000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1650  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 301 aa  77  0.0000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  27.84 
 
 		 298 aa  77  0.0000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  23.43 
 
 		 297 aa  76.6  0.0000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  24.17 
 
 		 296 aa  75.5  0.0000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 312 aa  75.5  0.000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1477  LysR family transcriptional regulator  22.6 
 
 		 299 aa  74.7  0.000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.876533  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  24.83 
 
 		 325 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0746  transcriptional regulator, LysR family  30.27 
 
 		 298 aa  74.3  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.265691  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 302 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3940  transcriptional regulator, LysR family  23.72 
 
 		 310 aa  74.3  0.000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0176714  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 297 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 299 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 299 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2930  LysR family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 320 aa  73.2  0.000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686642  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  20.48 
 
 		 296 aa  73.6  0.000000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1516  transcriptional regulator, LysR family  25.52 
 
 		 300 aa  73.6  0.000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  28.49 
 
 		 295 aa  73.6  0.000000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2970  LysR family transcriptional regulator  49.35 
 
 		 106 aa  73.2  0.000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0152756  decreased coverage  0.00683869 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2373  transcriptional regulator, LysR family  21.69 
 
 		 300 aa  73.2  0.000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5606  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.82 
 
 		 328 aa  73.2  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22241  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0276  transcriptional regulator, LysR family  24.31 
 
 		 295 aa  73.2  0.000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.265614 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  23.08 
 
 		 297 aa  72.8  0.000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  27.27 
 
 		 301 aa  72.8  0.000000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 301 aa  72.8  0.000000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 301 aa  72.8  0.000000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  27.27 
 
 		 301 aa  72.8  0.000000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  27.27 
 
 		 301 aa  72.8  0.000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4611  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 293 aa  72.4  0.000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0937251  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1974  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 328 aa  72.8  0.000000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00168317  normal  0.460832 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  27.27 
 
 		 301 aa  72.4  0.000000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  27.27 
 
 		 301 aa  72.4  0.000000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 309 aa  72.4  0.000000000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  22.73 
 
 		 297 aa  72  0.00000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  22.73 
 
 		 297 aa  71.6  0.00000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4167  LysR substrate-binding protein  26.95 
 
 		 295 aa  71.6  0.00000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.767565  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  22.73 
 
 		 297 aa  71.6  0.00000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  22.73 
 
 		 297 aa  72  0.00000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3436  LysR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 294 aa  72  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  28.28 
 
 		 304 aa  71.6  0.00000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0657  transcriptional regulator, LysR family  31.07 
 
 		 305 aa  72  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  22.73 
 
 		 297 aa  72  0.00000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  22.54 
 
 		 297 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0659  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 314 aa  71.6  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  22.73 
 
 		 297 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6619  transcriptional regulator, LysR family  28.06 
 
 		 300 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3388  LysR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 305 aa  71.2  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.604965 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 305 aa  70.5  0.00000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5843  LysR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 304 aa  70.5  0.00000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000271378 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1835  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 287 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  28.89 
 
 		 304 aa  70.1  0.00000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0114  LysR family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 294 aa  70.1  0.00000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0910  transcriptional regulator  25.29 
 
 		 289 aa  69.3  0.00000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.235336  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4487  LysR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 293 aa  68.9  0.00000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2090  LysR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 293 aa  68.9  0.00000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.115384  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3716  LysR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 290 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.294124 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34290  Transcriptional regualtor, LysR family  25.93 
 
 		 294 aa  68.6  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0269  LysR substrate-binding  28.02 
 
 		 298 aa  68.6  0.0000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.670723  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2141  transcriptional regulator, LysR family  37.84 
 
 		 299 aa  68.6  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.197682 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1166  transcriptional regulator, LysR family  26.04 
 
 		 299 aa  68.6  0.0000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02159  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2254  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 314 aa  67.8  0.0000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 296 aa  67.8  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>