More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3655 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3655  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 290 aa  590  1e-168  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.781642 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2875  LysR family transcriptional regulator  61.25 
 
 		 289 aa  363  2e-99  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00412762 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1023  LysR family transcriptional regulator  60.21 
 
 		 289 aa  359  3e-98  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0531  LysR family transcriptional regulator  55.76 
 
 		 290 aa  327  1.0000000000000001e-88  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.468222  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2656  LysR family transcriptional regulator  50.87 
 
 		 293 aa  308  5e-83  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0697  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 321 aa  226  3e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.191439  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37930  LysR family transcriptional regulator protein  44.98 
 
 		 308 aa  216  2.9999999999999998e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1813  transcriptional regulator, LysR family  41.52 
 
 		 288 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0139203  normal  0.0296636 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2538  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 288 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2653  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 288 aa  216  4e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.66408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2531  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 288 aa  216  4e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.389044  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0677  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 294 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1810  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 307 aa  212  4.9999999999999996e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2292  LysR family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 288 aa  211  7.999999999999999e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000123532  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2430  LysR family transcriptional regulator  42.51 
 
 		 288 aa  209  5e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3293  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 308 aa  206  4e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1630  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 297 aa  202  4e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2297  LysR family transcriptional regulator  42.24 
 
 		 288 aa  202  5e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252143  normal  0.644367 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2221  LysR family transcriptional regulator  42.24 
 
 		 288 aa  202  6e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0572523  normal  0.568575 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0274  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 307 aa  201  9e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000824  transcriptional regulator LysR family  39.18 
 
 		 302 aa  200  3e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00283098  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06732  transcriptional regulator  38.83 
 
 		 300 aa  198  7.999999999999999e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0997  LysR family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 310 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3476  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 312 aa  185  7e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00239218 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2560  transcriptional regulator, LysR family protein  36.61 
 
 		 299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2364  regulatory protein, LysR  34.87 
 
 		 304 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2975  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0213  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 300 aa  172  7.999999999999999e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00774  transcriptional regulator, LysR family protein  31.37 
 
 		 330 aa  167  2e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4523  LysR family regulatory protein  28.4 
 
 		 295 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4666  LysR family regulatory protein  28.4 
 
 		 295 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.54567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4614  LysR family regulatory protein  28.4 
 
 		 295 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.342206 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4616  LysR family regulatory protein  28.4 
 
 		 295 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4531  LysR family regulatory protein  28.4 
 
 		 295 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0271  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 295 aa  86.3  6e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0648353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1688  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 292 aa  84.3  0.000000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000776975  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2724  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 293 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0713788  normal  0.0834627 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2022  LysR family transcriptional regulator  37.4 
 
 		 286 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23730  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 297 aa  82.8  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0194065 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3179  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 299 aa  82.8  0.000000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6616  LysR family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 286 aa  82  0.000000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0804  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 288 aa  82  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 287 aa  81.6  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 297 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 297 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2246  transcriptional regulator, LysR family  36.59 
 
 		 286 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 297 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2785  transcriptional regulator, LysR family  25.73 
 
 		 293 aa  81.3  0.00000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2011  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 297 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 324 aa  80.1  0.00000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34290  Transcriptional regualtor, LysR family  28.33 
 
 		 294 aa  80.5  0.00000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 297 aa  80.5  0.00000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  26.94 
 
 		 297 aa  80.1  0.00000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  26.94 
 
 		 297 aa  79.7  0.00000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  26.94 
 
 		 297 aa  79.3  0.00000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2537  LysR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 299 aa  79.3  0.00000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 297 aa  79  0.00000000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  23.47 
 
 		 307 aa  79  0.00000000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4369  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 289 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1410  LysR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 286 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  26.53 
 
 		 297 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 301 aa  79  0.0000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1345  transcriptional regulator, LysR family  26.44 
 
 		 307 aa  78.6  0.0000000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  26.6 
 
 		 303 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3907  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 289 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0999  LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 296 aa  77.8  0.0000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165129  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  27.61 
 
 		 298 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1326  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 284 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433346  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1888  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 306 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0674933  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1543  transcriptional regulator, LysR family  32.12 
 
 		 298 aa  77.8  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.114968 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 297 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 306 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  32.16 
 
 		 296 aa  77.4  0.0000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 296 aa  77.4  0.0000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  32.16 
 
 		 296 aa  77  0.0000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1477  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 299 aa  77  0.0000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.876533  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2671  LysR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 299 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0656105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1515  LysR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 292 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2659  OsmT protein  25.86 
 
 		 308 aa  76.6  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1984  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 292 aa  76.3  0.0000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  0.045506 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2375  transcriptional regulator, LysR family  30.1 
 
 		 301 aa  76.3  0.0000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00507322  normal  0.595951 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3775  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 292 aa  76.3  0.0000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 325 aa  76.3  0.0000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  27.45 
 
 		 290 aa  75.9  0.0000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2617  OsmT protein  26.04 
 
 		 308 aa  75.9  0.0000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  32.41 
 
 		 309 aa  75.9  0.0000000000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08550  Transcriptional regulator, LysR family  28.9 
 
 		 307 aa  75.5  0.0000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.763554  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2789  OsmT protein  26.04 
 
 		 308 aa  75.5  0.0000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2683  OsmT protein  26.04 
 
 		 308 aa  75.5  0.0000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.567691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 304 aa  75.5  0.0000000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2568  OsmT protein  26.04 
 
 		 308 aa  75.5  0.0000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0008695  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3039  rubisco operon transcriptional regulator  31.17 
 
 		 318 aa  75.5  0.000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.670925  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2915  transcriptional regulator, LysR family  33.52 
 
 		 305 aa  75.5  0.000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1547  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 292 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.240499 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 296 aa  74.3  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0879  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 300 aa  74.7  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.388933 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2046  LysR family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 287 aa  74.7  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.396353  normal  0.96684 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2101  transcriptional regulator, LysR family  29.29 
 
 		 304 aa  74.3  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.515959  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 299 aa  74.7  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1696  LysR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 293 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>