More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_0531 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_0531  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 290 aa  592  1e-168  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.468222  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2656  LysR family transcriptional regulator  57.54 
 
 		 293 aa  342  5.999999999999999e-93  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3655  LysR family transcriptional regulator  55.76 
 
 		 290 aa  327  1.0000000000000001e-88  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.781642 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2875  LysR family transcriptional regulator  54.68 
 
 		 289 aa  318  7e-86  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00412762 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1023  LysR family transcriptional regulator  53.38 
 
 		 289 aa  301  7.000000000000001e-81  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3293  LysR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 308 aa  208  8e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0997  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 310 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000824  transcriptional regulator LysR family  40.54 
 
 		 302 aa  197  1.0000000000000001e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00283098  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1630  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 297 aa  196  3e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1810  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 307 aa  196  3e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0677  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 294 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0697  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 321 aa  195  7e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.191439  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2653  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 288 aa  194  1e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.66408  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37930  LysR family transcriptional regulator protein  36.3 
 
 		 308 aa  194  1e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1813  transcriptional regulator, LysR family  39.07 
 
 		 288 aa  194  1e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0139203  normal  0.0296636 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2531  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 288 aa  194  1e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.389044  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2538  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 288 aa  194  1e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06732  transcriptional regulator  39.53 
 
 		 300 aa  193  3e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2975  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 298 aa  191  1e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2364  regulatory protein, LysR  36.51 
 
 		 304 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0274  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 307 aa  183  3e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2292  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 288 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000123532  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2560  transcriptional regulator, LysR family protein  40.23 
 
 		 299 aa  179  4e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2430  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 288 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2297  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 288 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252143  normal  0.644367 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2221  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 288 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0572523  normal  0.568575 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3476  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 312 aa  168  1e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00239218 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00774  transcriptional regulator, LysR family protein  33.23 
 
 		 330 aa  166  2.9999999999999998e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0213  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 300 aa  159  7e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000935  LysR-family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 295 aa  90.5  3e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0375861  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  32.93 
 
 		 298 aa  87.4  2e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  31.33 
 
 		 332 aa  87.4  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3413  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 303 aa  87.4  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1345  transcriptional regulator, LysR family  25.78 
 
 		 307 aa  87  3e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3570  LysR family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 310 aa  87  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3714  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 298 aa  86.3  6e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 316 aa  85.9  7e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5606  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.61 
 
 		 328 aa  85.5  9e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22241  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  29.76 
 
 		 295 aa  84.7  0.000000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1309  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 303 aa  84.3  0.000000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  25.51 
 
 		 322 aa  84.3  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2253  transcriptional regulator, LysR family  26.51 
 
 		 303 aa  84.3  0.000000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.105468  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  25.51 
 
 		 322 aa  84.3  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2671  LysR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 301 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.638028  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2818  transcriptional regulator  25.56 
 
 		 301 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1264  LysR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 301 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0104  LysR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 301 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1072  LysR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 301 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.165542  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1541  LysR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 301 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0122  LysR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 301 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 299 aa  84  0.000000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4056  transcriptional regulator, LysR family  28.46 
 
 		 295 aa  83.2  0.000000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.772372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3943  transcriptional regulator, LysR family  28.46 
 
 		 295 aa  83.2  0.000000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.691658  normal  0.897444 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6361  nitrogen assimilation transcriptional regulator  24.76 
 
 		 323 aa  82.8  0.000000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.594028  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0804  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 288 aa  82.8  0.000000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2590  nitrogen assimilation transcriptional regulator  23.18 
 
 		 307 aa  82.4  0.000000000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4777  LysR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 299 aa  81.6  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277281 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1056  LysR family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 299 aa  81.6  0.00000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000324577  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1406  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 299 aa  81.6  0.00000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.475015  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3037  LysR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 299 aa  81.6  0.00000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.585683 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32360  lysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 292 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0231568  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0497  LysR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 294 aa  80.9  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.479645  normal  0.474406 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 287 aa  81.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5416  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 312 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.454667  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2938  transcriptional regulator, LysR family  30.41 
 
 		 293 aa  80.1  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1086  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 305 aa  79.7  0.00000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.869199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  23.39 
 
 		 316 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2857  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 348 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.682675 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1453  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 301 aa  79.3  0.00000000000007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000245506  normal  0.0938109 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3572  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 312 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.439946  hitchhiker  0.00313021 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.48 
 
 		 299 aa  79  0.00000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2994  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 348 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2206  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 303 aa  78.6  0.0000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000518708  hitchhiker  0.000125224 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2090  LysR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 293 aa  78.2  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.115384  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2141  transcriptional regulator, LysR family  30.82 
 
 		 299 aa  78.6  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.197682 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2055  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 302 aa  77.4  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.505103  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 322 aa  77.8  0.0000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 325 aa  77.4  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2385  transcriptional regulator, LysR family  29.66 
 
 		 313 aa  77.8  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0284947  hitchhiker  0.00966213 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2515  transcriptional regulator, LysR family  30.97 
 
 		 308 aa  77.4  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.62645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1688  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 292 aa  78.2  0.0000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000776975  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 321 aa  78.2  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4722  LysR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 292 aa  77.8  0.0000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.422329  normal  0.859213 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0176  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 334 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0701  transcriptional regulator, LysR family  29.38 
 
 		 307 aa  77.8  0.0000000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1459  LysR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 311 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.828972  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05372  transcription regulator protein  28.24 
 
 		 335 aa  77  0.0000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  23.47 
 
 		 316 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0406  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 305 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2771  transcriptional regulator, LysR family  30.49 
 
 		 307 aa  77.4  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.042768  normal  0.541087 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 386 aa  77.4  0.0000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0183  LysR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 319 aa  77  0.0000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0776  transcriptional regulator, LysR family protein  26.27 
 
 		 299 aa  77  0.0000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50600  transcriptional regulator  27.52 
 
 		 304 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.857605  normal  0.0631781 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2564  nitrogen assimilation transcriptional regulator  23.73 
 
 		 305 aa  76.6  0.0000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000767636  normal  0.0977076 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  26.16 
 
 		 293 aa  76.6  0.0000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  23.29 
 
 		 335 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 294 aa  76.6  0.0000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4149  LysR family transcriptional regulator  24.08 
 
 		 307 aa  76.6  0.0000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.438214  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1670  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 295 aa  76.3  0.0000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.969341  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>