More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0997 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0997  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 310 aa  641    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3293  LysR family transcriptional regulator  77.1 
 
 		 308 aa  483  1e-135  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2364  regulatory protein, LysR  47.19 
 
 		 304 aa  269  4e-71  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2560  transcriptional regulator, LysR family protein  44.9 
 
 		 299 aa  258  1e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0677  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 		 294 aa  248  1e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06732  transcriptional regulator  42.36 
 
 		 300 aa  244  9.999999999999999e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0274  LysR family transcriptional regulator  45.87 
 
 		 307 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1630  LysR family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 297 aa  240  2e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000824  transcriptional regulator LysR family  43.08 
 
 		 302 aa  241  2e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00283098  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2975  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 298 aa  236  5.0000000000000005e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0697  LysR family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 321 aa  229  5e-59  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.191439  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3476  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 312 aa  218  7.999999999999999e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00239218 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00774  transcriptional regulator, LysR family protein  38.58 
 
 		 330 aa  214  9.999999999999999e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0531  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 290 aa  201  1.9999999999999998e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.468222  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3655  LysR family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 290 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.781642 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1023  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 289 aa  187  2e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2656  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 293 aa  186  4e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2875  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 289 aa  186  5e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00412762 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0213  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 300 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37930  LysR family transcriptional regulator protein  35.55 
 
 		 308 aa  176  6e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1810  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 307 aa  176  7e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2297  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 288 aa  166  6.9999999999999995e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252143  normal  0.644367 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2292  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 288 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000123532  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1813  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 288 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0139203  normal  0.0296636 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2221  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 288 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0572523  normal  0.568575 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2531  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 288 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.389044  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2653  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 288 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.66408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2538  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 288 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2430  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 288 aa  160  4e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 297 aa  98.2  2e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 297 aa  95.9  8e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 297 aa  95.5  1e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 325 aa  95.1  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 297 aa  95.5  1e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  28.07 
 
 		 297 aa  95.1  1e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  27.43 
 
 		 297 aa  94.7  2e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 297 aa  94.7  2e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 297 aa  94.4  2e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  27.21 
 
 		 297 aa  94.7  2e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  27.43 
 
 		 297 aa  94.7  2e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 297 aa  93.2  5e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 324 aa  90.5  3e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2539  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 300 aa  90.9  3e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.224397  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 305 aa  89.7  6e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2373  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 300 aa  89.4  8e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0629728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 297 aa  87.8  2e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1691  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 293 aa  87  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  32.74 
 
 		 298 aa  87.4  3e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1621  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 293 aa  87  3e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.358841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1696  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 293 aa  87.4  3e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 298 aa  86.3  6e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2915  transcriptional regulator, LysR family  35.92 
 
 		 305 aa  86.3  6e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1730  LysR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 293 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  29.53 
 
 		 298 aa  85.1  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2747  transcriptional regulator, LysR family  23.67 
 
 		 305 aa  84  0.000000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.437645  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2954  transcriptional regulator, LysR family  36.65 
 
 		 308 aa  84  0.000000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000398128  unclonable  0.0000000375451 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  24.52 
 
 		 300 aa  83.6  0.000000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  25.98 
 
 		 300 aa  82.8  0.000000000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2851  transcriptional regulator, LysR family  35.88 
 
 		 314 aa  82.8  0.000000000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2564  nitrogen assimilation transcriptional regulator  27.24 
 
 		 305 aa  81.3  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000767636  normal  0.0977076 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  29.83 
 
 		 303 aa  81.6  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0229  LysR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 306 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  unclonable  0.00000000369009  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2090  LysR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 293 aa  80.5  0.00000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.115384  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1916  LysR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 293 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4335  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 297 aa  80.1  0.00000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.385889  normal  0.337801 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1027  LysR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 299 aa  80.5  0.00000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.174873 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0237  LysR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 306 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000000618389  unclonable  0.0000000000250683 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4870  transcriptional regulator, LysR family  30.6 
 
 		 298 aa  80.1  0.00000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6072  transcriptional regulator, LysR family  26.47 
 
 		 311 aa  79.7  0.00000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  24.82 
 
 		 300 aa  79.3  0.00000000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2841  putative transcriptional regulator  30.23 
 
 		 308 aa  79  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.619943 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  25.25 
 
 		 331 aa  79  0.00000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2737  putative transcriptional regulator  30.23 
 
 		 308 aa  79  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.093098  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2953  putative transcriptional regulator  30.23 
 
 		 308 aa  79  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2778  putative transcriptional regulator  30.23 
 
 		 308 aa  79  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 300 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.46 
 
 		 325 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 300 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2818  putative transcriptional regulator  30.23 
 
 		 308 aa  78.6  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.238125  normal  0.998647 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  36.67 
 
 		 293 aa  78.6  0.0000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0290  LysR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 309 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000353581  unclonable  0.0000000000404999 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4207  LysR substrate-binding protein  25.66 
 
 		 297 aa  77.8  0.0000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2226  LysR family transcriptional regulator  23.13 
 
 		 319 aa  78.2  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  24.91 
 
 		 300 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1236  transcriptional regulator, LysR family  29.39 
 
 		 292 aa  77.8  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.387856  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1323  transcriptional regulator, LysR family  28.16 
 
 		 292 aa  77.8  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.672802  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0213  LysR family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 309 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000718825  unclonable  0.0000000000104245 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003682  transcriptional regulator LysR family  29.89 
 
 		 289 aa  77.4  0.0000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1345  transcriptional regulator, LysR family  29.94 
 
 		 307 aa  77.4  0.0000000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3114  transcriptional regulator, LysR family  29.79 
 
 		 304 aa  77.4  0.0000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3257  translation initiation factor IF-2  29.07 
 
 		 297 aa  77.4  0.0000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.22333 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  25.91 
 
 		 307 aa  76.6  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  32.65 
 
 		 296 aa  77  0.0000000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  25.98 
 
 		 296 aa  76.6  0.0000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 300 aa  76.6  0.0000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  26.74 
 
 		 296 aa  76.6  0.0000000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  31.18 
 
 		 295 aa  76.6  0.0000000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2922  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 319 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1224  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 289 aa  76.6  0.0000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3755  LysR substrate-binding  37.07 
 
 		 294 aa  76.6  0.0000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>