More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_0237 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010551  BamMC406_0237  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  593  1e-168  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000000618389  unclonable  0.0000000000250683 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0229  LysR family transcriptional regulator  99.35 
 
 		 306 aa  590  1e-167  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  unclonable  0.00000000369009  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0290  LysR family transcriptional regulator  94.39 
 
 		 309 aa  556  1e-157  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000353581  unclonable  0.0000000000404999 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2796  LysR family transcriptional regulator  93.73 
 
 		 309 aa  552  1e-156  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000015017  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3409  LysR family transcriptional regulator  90.16 
 
 		 309 aa  541  1e-153  Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  0.0000000000205674  normal  0.256095 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0213  LysR family transcriptional regulator  87.17 
 
 		 309 aa  525  1e-148  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000718825  unclonable  0.0000000000104245 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0310  LysR family transcriptional regulator  93.36 
 
 		 292 aa  518  1e-146  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000000418472  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3859  LysR family transcriptional regulator  77.6 
 
 		 312 aa  464  9.999999999999999e-131  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  unclonable  0.000387155  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0027  transcriptional regulatory protein  77.6 
 
 		 312 aa  464  9.999999999999999e-131  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.000000000739069  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3798  LysR family transcriptional regulator  77.6 
 
 		 312 aa  464  9.999999999999999e-131  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000000255369  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3119  transcriptional regulatory protein  76.95 
 
 		 312 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000000234841  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1243  LysR family transcriptional regulator  66.78 
 
 		 316 aa  390  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30450  LysR family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 298 aa  215  9e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2539  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 296 aa  211  9e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00516112 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3227  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 296 aa  208  1e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1794  transcriptional regulator, LysR family  41.2 
 
 		 301 aa  206  4e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3600  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.2 
 
 		 322 aa  205  7e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0326456  normal  0.336549 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30980  Transcriptional regulator LysR family protein  39.73 
 
 		 303 aa  191  2e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21680  Transcriptional regulator, LysR family  39.71 
 
 		 273 aa  187  2e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.291756  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1550  transcriptional regulator, LysR family  38.38 
 
 		 303 aa  183  3e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.93213 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1913  LysR family transcriptional regulator  41.83 
 
 		 281 aa  177  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4332  LysR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 322 aa  177  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.399198  normal  0.192569 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4155  LysR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.532001  normal  0.288769 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4108  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 324 aa  170  2e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.147641  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4258  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 324 aa  170  2e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000322275  normal  0.291144 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1753  LysR family transcriptional regulator  40.15 
 
 		 305 aa  169  6e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0990804  normal  0.117746 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3259  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 307 aa  169  6e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3682  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 326 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5230  LysR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 212 aa  150  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.957267  normal  0.114688 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 306 aa  112  6e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 306 aa  112  6e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 306 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 324 aa  109  6e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6072  transcriptional regulator, LysR family  30.98 
 
 		 311 aa  107  4e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 299 aa  104  2e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 309 aa  103  4e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4600  LysR family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 297 aa  103  5e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  31.15 
 
 		 296 aa  102  6e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0044  LysR family transcriptional regulator  22.58 
 
 		 297 aa  102  6e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0330  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 336 aa  102  6e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0226  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 288 aa  101  1e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0205  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 288 aa  102  1e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0191  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 288 aa  102  1e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0195  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 288 aa  101  1e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0208  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 288 aa  102  1e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0223  transcriptional regulator, LysR family  29.84 
 
 		 288 aa  101  1e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0230  transcriptional regulator, LysR family  29.44 
 
 		 288 aa  100  3e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0247  transcriptional regulator, LysR family  29.44 
 
 		 288 aa  100  4e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  32.13 
 
 		 301 aa  99  8e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8309  transcriptional regulator, LysR family  34.39 
 
 		 318 aa  98.6  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.207125  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5097  transcriptional regulator, LysR family  29.44 
 
 		 288 aa  99  1e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2999  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 305 aa  98.6  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0222348  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0188  LysR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 288 aa  99  1e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  27.66 
 
 		 331 aa  98.2  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3264  transcriptional regulator, LysR family  26.46 
 
 		 290 aa  97.8  2e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 311 aa  97.8  2e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2037  transcriptional regulator, LysR family  31.47 
 
 		 304 aa  96.3  6e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0223119  hitchhiker  0.000202643 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 307 aa  95.5  1e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3038  LysR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 290 aa  95.1  1e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000600808  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3271  LysR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 290 aa  95.1  1e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  29.51 
 
 		 304 aa  95.1  1e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 286 aa  95.5  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2959  LysR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 290 aa  94  3e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0355  hypothetical protein  26.02 
 
 		 293 aa  94  3e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0464  transcriptional regulator, LysR family  29.01 
 
 		 316 aa  94  3e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 311 aa  93.2  4e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  29.51 
 
 		 304 aa  93.2  5e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3711  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 344 aa  91.7  1e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.770554  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0665  transcriptional regulator, LysR family  38 
 
 		 329 aa  91.7  1e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.710378 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1345  transcriptional regulator, LysR family  32.85 
 
 		 290 aa  91.7  1e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.515489  normal  0.2022 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6254  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 320 aa  92  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0669  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 329 aa  91.7  1e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0236  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 293 aa  91.7  1e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0946906  normal  0.151625 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0642  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 329 aa  91.7  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2404  LysR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 291 aa  92  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.229553  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0698  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 329 aa  90.9  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.683594  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  29.39 
 
 		 300 aa  91.3  2e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3781  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 331 aa  91.3  2e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.852232  normal  0.126897 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 297 aa  90.9  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3737  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 292 aa  90.5  3e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.440992 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3809  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 291 aa  90.5  3e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.22688  hitchhiker  0.00755616 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3129  nitrogen assimilation transcriptional regulator  30.61 
 
 		 307 aa  90.1  4e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1027  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 314 aa  89.4  7e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.3 
 
 		 302 aa  89  8e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 310 aa  89  8e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 295 aa  89.4  8e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4731  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 307 aa  89  8e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.56 
 
 		 325 aa  89  9e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0243  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 302 aa  89  9e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0701  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 329 aa  88.6  1e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04591  oxidative stress transcriptional regulator  29.1 
 
 		 313 aa  89  1e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 292 aa  88.2  1e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0276  transcriptional regulator, LysR family  31.33 
 
 		 295 aa  88.6  1e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.265614 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 302 aa  88.6  1e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1151  transcriptional regulator, LysR family  30.33 
 
 		 302 aa  88.6  1e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3794  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 294 aa  88.2  1e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.689518 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4789  transcriptional regulator, LysR family  27.64 
 
 		 308 aa  88.6  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537076  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  28.29 
 
 		 296 aa  87.4  2e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  27.35 
 
 		 296 aa  87.8  2e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2061  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 289 aa  88.2  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.255505  normal  0.159895 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>