More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_2975 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_2975  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 298 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0677  LysR family transcriptional regulator  59.79 
 
 		 294 aa  365  1e-100  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1630  LysR family transcriptional regulator  60.42 
 
 		 297 aa  351  1e-95  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000824  transcriptional regulator LysR family  57.53 
 
 		 302 aa  348  6e-95  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00283098  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06732  transcriptional regulator  57.39 
 
 		 300 aa  345  6e-94  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0274  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 307 aa  296  4e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0697  LysR family transcriptional regulator  48.12 
 
 		 321 aa  279  5e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.191439  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3476  LysR family transcriptional regulator  46.85 
 
 		 312 aa  266  4e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00239218 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00774  transcriptional regulator, LysR family protein  41.49 
 
 		 330 aa  245  6e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3293  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 308 aa  243  3e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2364  regulatory protein, LysR  42.42 
 
 		 304 aa  236  3e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0997  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 310 aa  236  5.0000000000000005e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2560  transcriptional regulator, LysR family protein  43.05 
 
 		 299 aa  233  3e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0213  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 300 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0531  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 290 aa  191  1e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.468222  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3655  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 290 aa  181  1e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.781642 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1810  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1023  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 289 aa  177  2e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2875  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 289 aa  168  9e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00412762 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2531  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 288 aa  159  7e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.389044  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2653  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 288 aa  159  8e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.66408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2538  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 288 aa  159  8e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1813  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 288 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0139203  normal  0.0296636 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2656  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 293 aa  154  2e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2297  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 288 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252143  normal  0.644367 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2221  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 288 aa  147  3e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0572523  normal  0.568575 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2292  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 288 aa  145  1e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000123532  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2430  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 288 aa  142  7e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37930  LysR family transcriptional regulator protein  30.99 
 
 		 308 aa  132  5e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2373  transcriptional regulator, LysR family  28.81 
 
 		 300 aa  88.2  1e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  23.78 
 
 		 296 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2130  transcriptional regulator, LysR family  25.44 
 
 		 292 aa  84  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.175681  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6486  LysR family transcriptional regulator  24.65 
 
 		 301 aa  83.2  0.000000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.898531  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2178  transcriptional regulator, LysR family  25.44 
 
 		 292 aa  83.2  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0263296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1421  transcriptional regulator, LysR family  23.79 
 
 		 311 aa  83.2  0.000000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1008  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  27.97 
 
 		 293 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0484713  hitchhiker  0.0000000276968 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 305 aa  82.4  0.000000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 325 aa  82.4  0.000000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 297 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000644  transcriptional regulator LysR family  34.81 
 
 		 289 aa  81.3  0.00000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0214  transcription regulator protein  26.32 
 
 		 288 aa  80.5  0.00000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.526816 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  30.86 
 
 		 297 aa  80.1  0.00000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 297 aa  79.7  0.00000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  20.21 
 
 		 296 aa  79.7  0.00000000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2442  LysR family transcriptional regulator  23.1 
 
 		 300 aa  80.1  0.00000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1305  LysR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 320 aa  79.7  0.00000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.764905  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  30.29 
 
 		 297 aa  79.7  0.00000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 297 aa  79.3  0.00000000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 297 aa  79.3  0.00000000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 297 aa  79.3  0.00000000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06511  transcriptional regulator  34.81 
 
 		 289 aa  79.3  0.00000000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 297 aa  79.3  0.00000000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  30.23 
 
 		 297 aa  79.3  0.00000000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  30.23 
 
 		 297 aa  79.3  0.00000000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1683  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 323 aa  79.3  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0193555  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  23.1 
 
 		 325 aa  79.3  0.00000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0254  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 323 aa  79.3  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1772  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 323 aa  79.3  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.6565  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2954  transcriptional regulator, LysR family  26.67 
 
 		 308 aa  79.3  0.00000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000398128  unclonable  0.0000000375451 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1323  transcriptional regulator, LysR family  26.6 
 
 		 292 aa  79  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.672802  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 294 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  24.87 
 
 		 332 aa  79  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1144  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 320 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7267  transcriptional regulator, LysR family  27.75 
 
 		 290 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2533  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 320 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.732036  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7661  transcriptional regulator LysR family  24.9 
 
 		 301 aa  78.2  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  28.82 
 
 		 295 aa  77.8  0.0000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1566  LysR family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 295 aa  78.2  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.939992  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2081  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 320 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.11964  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0883  transcriptional regulator, LysR family  26.79 
 
 		 291 aa  77  0.0000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000429967 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0901  LysR family transcriptional regulator  22.95 
 
 		 302 aa  77  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000228882 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 297 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7097  transcriptional regulator, LysR family  25.19 
 
 		 296 aa  77  0.0000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.785925  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0701  transcriptional regulator, LysR family  28.95 
 
 		 307 aa  77  0.0000000000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  24.57 
 
 		 324 aa  76.6  0.0000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  22.77 
 
 		 293 aa  76.3  0.0000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1908  LysR family transcriptional regulator  24.56 
 
 		 292 aa  75.9  0.0000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.605315  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4089  transcriptional regulator, LysR family  21.78 
 
 		 297 aa  75.9  0.0000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1892  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 304 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0154443  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 299 aa  75.9  0.0000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  25.4 
 
 		 322 aa  75.9  0.0000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  25.4 
 
 		 322 aa  75.9  0.0000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1161  LysR family transcriptional regulator  24.57 
 
 		 323 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0467249  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1720  transcriptional regulator, LysR family  25.69 
 
 		 294 aa  75.5  0.000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.820276  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1152  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 320 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3441  transcriptional regulator, LysR family  27.11 
 
 		 297 aa  74.3  0.000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4655  LysR family transcriptional regulator  21.92 
 
 		 310 aa  74.3  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0129573  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1477  LysR family transcriptional regulator  23.45 
 
 		 299 aa  75.1  0.000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.876533  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2659  OsmT protein  24.76 
 
 		 308 aa  74.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0724  LysR family transcriptional regulator  23.15 
 
 		 327 aa  74.7  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.546759 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 316 aa  74.7  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1309  LysR family transcriptional regulator  22.04 
 
 		 303 aa  74.7  0.000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2948  transcriptional regulator, LysR family protein  23.02 
 
 		 305 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.190207  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4307  LysR family transcriptional regulator  24.3 
 
 		 294 aa  74.3  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0280475  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0213  LysR family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 309 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000718825  unclonable  0.0000000000104245 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5945  transcriptional regulator, LysR family  23.79 
 
 		 307 aa  73.9  0.000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.626175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1600  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 310 aa  73.9  0.000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.102225 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  27.88 
 
 		 307 aa  73.9  0.000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0699  LysR family transcriptional regulator  25.34 
 
 		 320 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  31.02 
 
 		 298 aa  73.6  0.000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>