More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2656 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2656  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 293 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0531  LysR family transcriptional regulator  57.54 
 
 		 290 aa  342  5.999999999999999e-93  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.468222  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3655  LysR family transcriptional regulator  50.87 
 
 		 290 aa  308  5e-83  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.781642 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2875  LysR family transcriptional regulator  51.4 
 
 		 289 aa  295  7e-79  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00412762 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1023  LysR family transcriptional regulator  48.6 
 
 		 289 aa  271  1e-71  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0697  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 321 aa  195  9e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.191439  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37930  LysR family transcriptional regulator protein  37.06 
 
 		 308 aa  191  9e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3293  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 308 aa  191  1e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0677  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 294 aa  187  1e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1810  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 307 aa  187  3e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0997  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 310 aa  186  4e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06732  transcriptional regulator  39.24 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2653  LysR family transcriptional regulator  36.2 
 
 		 288 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.66408  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1813  transcriptional regulator, LysR family  36.2 
 
 		 288 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0139203  normal  0.0296636 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2531  LysR family transcriptional regulator  36.2 
 
 		 288 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.389044  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2538  LysR family transcriptional regulator  36.2 
 
 		 288 aa  179  7e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2292  LysR family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 288 aa  175  7e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000123532  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000824  transcriptional regulator LysR family  39.24 
 
 		 302 aa  175  7e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00283098  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2560  transcriptional regulator, LysR family protein  35.79 
 
 		 299 aa  175  9e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2364  regulatory protein, LysR  37.29 
 
 		 304 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1630  LysR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 297 aa  171  1e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2430  LysR family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 288 aa  171  1e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2221  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 288 aa  171  1e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0572523  normal  0.568575 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2297  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 288 aa  168  9e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252143  normal  0.644367 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0274  LysR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 307 aa  168  1e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3476  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 312 aa  161  1e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00239218 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0213  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 300 aa  160  3e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2975  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 298 aa  154  2e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00774  transcriptional regulator, LysR family protein  31.78 
 
 		 330 aa  152  7e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1345  transcriptional regulator, LysR family  26.13 
 
 		 307 aa  86.3  6e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3202  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 333 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 298 aa  77.4  0.0000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1930  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 306 aa  77.4  0.0000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0563526  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2848  LysR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 310 aa  76.3  0.0000000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93078  normal  0.0328698 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5705  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.85 
 
 		 295 aa  75.5  0.0000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.202456 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 298 aa  75.1  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5949  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.85 
 
 		 295 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.233312  normal  0.638196 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 299 aa  74.7  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1326  LysR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 284 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433346  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3033  transcriptional regulator, LysR family  34.9 
 
 		 303 aa  73.6  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1278  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 316 aa  73.6  0.000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3714  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 298 aa  73.2  0.000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3117  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 303 aa  72.8  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.396466  normal  0.0204094 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 306 aa  72.8  0.000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3221  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 303 aa  72.8  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.078712  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0243  LysR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 302 aa  72.8  0.000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3062  transcriptional regulator, LysR family  34.9 
 
 		 303 aa  72.8  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.25979 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3101  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 303 aa  72.4  0.000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4400  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 311 aa  71.6  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3509  LysR family transcriptional regulator  26.81 
 
 		 300 aa  72  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.138319 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000935  LysR-family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 295 aa  71.2  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0375861  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 306 aa  71.2  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0804  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 288 aa  70.9  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2022  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 286 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1911  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 305 aa  71.2  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0970  nitrogen assimilation transcriptional regulator  29.15 
 
 		 307 aa  70.5  0.00000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000243153  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 322 aa  70.5  0.00000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1282  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 293 aa  70.5  0.00000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.20294  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 321 aa  70.9  0.00000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1136  nitrogen assimilation transcriptional regulator  29.15 
 
 		 305 aa  70.5  0.00000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000190292  hitchhiker  0.000106963 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2270  nitrogen assimilation transcriptional regulator  29.15 
 
 		 305 aa  70.5  0.00000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000041726  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 297 aa  70.1  0.00000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0701  transcriptional regulator, LysR family  28.99 
 
 		 307 aa  70.5  0.00000000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4360  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 299 aa  70.1  0.00000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.623991  normal  0.557987 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2111  nitrogen assimilation transcriptional regulator  29.15 
 
 		 305 aa  69.7  0.00000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.1125e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5024  LysR family transcriptional regulator  25.21 
 
 		 311 aa  69.7  0.00000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0432035  normal  0.889367 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1657  nitrogen assimilation transcriptional regulator  29.15 
 
 		 305 aa  69.7  0.00000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000208245  hitchhiker  0.00930832 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01898  DNA-binding transcriptional dual regulator of nitrogen assimilation  29.15 
 
 		 305 aa  69.7  0.00000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0024282  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1667  transcriptional regulator, LysR family  29.15 
 
 		 305 aa  69.7  0.00000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000420428  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01887  hypothetical protein  29.15 
 
 		 305 aa  69.7  0.00000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0017445  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2832  nitrogen assimilation transcriptional regulator  29.15 
 
 		 305 aa  69.7  0.00000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000572709  normal  0.465707 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1730  LysR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 293 aa  69.3  0.00000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2246  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 286 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6616  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 286 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4653  LysR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 317 aa  69.3  0.00000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.519057 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1621  LysR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 293 aa  69.3  0.00000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.358841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3907  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 289 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1691  LysR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 293 aa  69.3  0.00000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.64 
 
 		 299 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1696  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 293 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3396  LysR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 290 aa  67.8  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.356453  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 297 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1459  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 311 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.828972  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4369  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 289 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1410  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 286 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 303 aa  68.2  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 287 aa  67.8  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0486  LysR substrate-binding  26.81 
 
 		 298 aa  67.8  0.0000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  26.64 
 
 		 299 aa  67  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1366  LysR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 292 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.320453 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  27.54 
 
 		 307 aa  67  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.64 
 
 		 299 aa  67.4  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  31.18 
 
 		 297 aa  67.4  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0350  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 295 aa  67  0.0000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.334528  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2253  transcriptional regulator, LysR family  28.65 
 
 		 303 aa  67.4  0.0000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.105468  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3458  LysR family transcriptional regulator  24.39 
 
 		 310 aa  67  0.0000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 316 aa  67  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5281  LysR family transcriptional regulator  24.39 
 
 		 310 aa  67  0.0000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.971291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.64 
 
 		 299 aa  67.4  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.64 
 
 		 299 aa  67.4  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>