More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2560 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_2560  transcriptional regulator, LysR family protein  100 
 
 		 299 aa  610  9.999999999999999e-175  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2364  regulatory protein, LysR  55.12 
 
 		 304 aa  317  2e-85  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3293  LysR family transcriptional regulator  44.92 
 
 		 308 aa  276  3e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0997  LysR family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 310 aa  272  6e-72  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000824  transcriptional regulator LysR family  45.58 
 
 		 302 aa  250  2e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00283098  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06732  transcriptional regulator  45.21 
 
 		 300 aa  246  4.9999999999999997e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0274  LysR family transcriptional regulator  45.42 
 
 		 307 aa  245  6.999999999999999e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1630  LysR family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 297 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2975  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 298 aa  241  7.999999999999999e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0677  LysR family transcriptional regulator  44.03 
 
 		 294 aa  237  1e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3476  LysR family transcriptional regulator  41.95 
 
 		 312 aa  229  3e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00239218 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0697  LysR family transcriptional regulator  40.66 
 
 		 321 aa  213  1.9999999999999998e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.191439  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00774  transcriptional regulator, LysR family protein  36.97 
 
 		 330 aa  199  6e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0213  LysR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 300 aa  195  7e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3655  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 290 aa  192  5e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.781642 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0531  LysR family transcriptional regulator  40.23 
 
 		 290 aa  190  2e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.468222  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2875  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 289 aa  184  1.0000000000000001e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00412762 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1023  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 289 aa  182  7e-45  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2656  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 293 aa  177  2e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1810  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 307 aa  174  9.999999999999999e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1813  transcriptional regulator, LysR family  34.62 
 
 		 288 aa  160  3e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0139203  normal  0.0296636 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2531  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 288 aa  160  3e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.389044  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2538  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 288 aa  159  4e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2653  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 288 aa  159  4e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.66408  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37930  LysR family transcriptional regulator protein  31.08 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2221  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 288 aa  150  2e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0572523  normal  0.568575 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2297  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 288 aa  151  2e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252143  normal  0.644367 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2430  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 288 aa  150  2e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2292  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 288 aa  144  2e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000123532  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 305 aa  95.1  1e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  24.15 
 
 		 296 aa  92.4  8e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2090  LysR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 293 aa  89.4  7e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.115384  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  23.67 
 
 		 325 aa  88.6  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  27.27 
 
 		 299 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 299 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  27.27 
 
 		 299 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  33.93 
 
 		 298 aa  88.2  2e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1309  LysR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 303 aa  85.9  7e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  27.2 
 
 		 300 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.65 
 
 		 299 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.65 
 
 		 299 aa  84  0.000000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 300 aa  83.6  0.000000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2130  transcriptional regulator, LysR family  25.84 
 
 		 292 aa  83.2  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.175681  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.65 
 
 		 299 aa  83.2  0.000000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3436  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 294 aa  83.6  0.000000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2178  transcriptional regulator, LysR family  25.84 
 
 		 292 aa  83.6  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0263296  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.65 
 
 		 299 aa  83.2  0.000000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 300 aa  83.2  0.000000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  26.82 
 
 		 300 aa  83.2  0.000000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 300 aa  82.8  0.000000000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 300 aa  82.8  0.000000000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2243  transcriptional regulator, LysR family  25.9 
 
 		 296 aa  82.8  0.000000000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1945  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 300 aa  82.4  0.000000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.551445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2454  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 321 aa  82.4  0.000000000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.332878  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3544  transcriptional regulator, LysR family  23.79 
 
 		 301 aa  81.6  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0349237  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 300 aa  82  0.00000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.65 
 
 		 299 aa  82  0.00000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  26.64 
 
 		 300 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 297 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26681  putative Rubisco transcriptional regulator  30.36 
 
 		 323 aa  80.9  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2058  transcriptional regulator, LysR family  27.42 
 
 		 299 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.90545  hitchhiker  0.00248149 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 294 aa  81.3  0.00000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0295  putative Rubisco transcriptional regulator  30.4 
 
 		 331 aa  80.5  0.00000000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2161  LysR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 299 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0803244  normal  0.636405 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  23.59 
 
 		 300 aa  80.1  0.00000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2087  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 299 aa  79.7  0.00000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.589785  normal  0.993199 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  23.94 
 
 		 295 aa  79.3  0.00000000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0702  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 307 aa  79  0.00000000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0727527 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2038  transcriptional regulator, LysR family  28.95 
 
 		 305 aa  78.2  0.0000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  25.81 
 
 		 293 aa  78.6  0.0000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2398  putative Rubisco transcriptional regulator  30 
 
 		 329 aa  78.2  0.0000000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1346  LysR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 294 aa  78.6  0.0000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.638115  normal  0.881858 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  29.17 
 
 		 303 aa  78.6  0.0000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 297 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 297 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 297 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2373  transcriptional regulator, LysR family  26.79 
 
 		 300 aa  77.8  0.0000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 297 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2178  transcriptional regulator, LysR family  28.95 
 
 		 305 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5606  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.23 
 
 		 328 aa  77.8  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 303 aa  77  0.0000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1345  transcriptional regulator, LysR family  30.2 
 
 		 307 aa  77.4  0.0000000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4207  LysR substrate-binding protein  25.79 
 
 		 297 aa  77.4  0.0000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01621  putative Rubisco transcriptional regulator  29.08 
 
 		 322 aa  77.4  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3761  redox-sensitive transcriptional activator OxyR  24.11 
 
 		 314 aa  77.4  0.0000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  27.43 
 
 		 297 aa  76.6  0.0000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4335  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 297 aa  77  0.0000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.385889  normal  0.337801 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  27.43 
 
 		 297 aa  77  0.0000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1027  LysR family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 299 aa  77  0.0000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.174873 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 302 aa  76.6  0.0000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5703  LysR family transcriptional regulator  22.78 
 
 		 298 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199598 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3534  LysR substrate-binding protein  27.48 
 
 		 292 aa  76.6  0.0000000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1984  LysR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 292 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  0.045506 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6486  LysR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 301 aa  76.3  0.0000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.898531  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 297 aa  76.6  0.0000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0691  LysR family transcriptional regulator  24.56 
 
 		 294 aa  76.6  0.0000000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.780494  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2509  putative transcriptional regulator  27.64 
 
 		 292 aa  76.3  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2915  transcriptional regulator, LysR family  27.72 
 
 		 305 aa  76.3  0.0000000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  27.43 
 
 		 297 aa  76.3  0.0000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2466  putative transcriptional regulator  27.64 
 
 		 292 aa  76.3  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.11864 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>