More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0274 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_0274  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 307 aa  626  1e-178  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0677  LysR family transcriptional regulator  52.17 
 
 		 294 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06732  transcriptional regulator  50.66 
 
 		 300 aa  309  2.9999999999999997e-83  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000824  transcriptional regulator LysR family  49.19 
 
 		 302 aa  302  5.000000000000001e-81  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00283098  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2975  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 298 aa  296  4e-79  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0697  LysR family transcriptional regulator  48.51 
 
 		 321 aa  286  2.9999999999999996e-76  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.191439  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1630  LysR family transcriptional regulator  48.82 
 
 		 297 aa  285  5e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3476  LysR family transcriptional regulator  43.29 
 
 		 312 aa  252  6e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00239218 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3293  LysR family transcriptional regulator  44.67 
 
 		 308 aa  247  2e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00774  transcriptional regulator, LysR family protein  41.67 
 
 		 330 aa  246  3e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0997  LysR family transcriptional regulator  45.87 
 
 		 310 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2364  regulatory protein, LysR  46.2 
 
 		 304 aa  236  5.0000000000000005e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2560  transcriptional regulator, LysR family protein  45.42 
 
 		 299 aa  233  3e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0213  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 300 aa  209  5e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3655  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 290 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.781642 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2875  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 289 aa  196  5.000000000000001e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00412762 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0531  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 290 aa  183  4.0000000000000006e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.468222  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1810  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 307 aa  181  2e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1023  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 289 aa  178  9e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2656  LysR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 293 aa  168  1e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37930  LysR family transcriptional regulator protein  35.64 
 
 		 308 aa  150  2e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1813  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 288 aa  151  2e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0139203  normal  0.0296636 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2531  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 288 aa  150  2e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.389044  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2538  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 288 aa  150  3e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2653  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 288 aa  150  4e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.66408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2430  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 288 aa  149  6e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2297  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 288 aa  145  9e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252143  normal  0.644367 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2221  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 288 aa  142  8e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0572523  normal  0.568575 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2292  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 288 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000123532  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  31.07 
 
 		 332 aa  90.9  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  29.94 
 
 		 322 aa  90.5  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  29.94 
 
 		 322 aa  90.5  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 325 aa  88.6  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 316 aa  86.3  6e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  25.99 
 
 		 331 aa  85.9  7e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0714  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 298 aa  85.5  9e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0727  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 298 aa  85.5  0.000000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3561  LysR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 297 aa  84.3  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4214  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  27.66 
 
 		 296 aa  84  0.000000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4022  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  25.98 
 
 		 296 aa  83.2  0.000000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  30.06 
 
 		 297 aa  82.8  0.000000000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  30.06 
 
 		 297 aa  82.4  0.000000000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 297 aa  82.4  0.000000000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 297 aa  82.4  0.000000000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  30.06 
 
 		 297 aa  82.4  0.000000000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 297 aa  82  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 297 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 305 aa  82  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 297 aa  82  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4000  LysR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 294 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117315 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  30.06 
 
 		 297 aa  82.4  0.00000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 297 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4146  LysR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 313 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.517871 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6020  LysR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 279 aa  81.6  0.00000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0301148 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3339  LysR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 298 aa  80.9  0.00000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.173943  normal  0.644256 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3769  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  27.5 
 
 		 295 aa  80.1  0.00000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.923238  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 309 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1294  LysR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 311 aa  80.1  0.00000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.652198  normal  0.118102 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000644  transcriptional regulator LysR family  28.5 
 
 		 289 aa  79.3  0.00000000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7267  transcriptional regulator, LysR family  32.1 
 
 		 290 aa  79  0.00000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2476  transcriptional regulator, LysR family  30.12 
 
 		 295 aa  78.6  0.0000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.985162  normal  0.348723 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0145  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  26.98 
 
 		 295 aa  78.6  0.0000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.652307  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 297 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4752  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  27.61 
 
 		 304 aa  78.2  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 296 aa  78.2  0.0000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1345  transcriptional regulator, LysR family  29.25 
 
 		 307 aa  77.8  0.0000000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4653  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 317 aa  77.8  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.519057 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  25.44 
 
 		 295 aa  77.8  0.0000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4070  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 297 aa  77.8  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.409277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3907  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 289 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4494  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 294 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1278  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 291 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.492603  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1418  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 294 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.380241  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4861  DNA-binding transcriptional regulator CynR  36.36 
 
 		 301 aa  77.4  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0956909 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0434  transcriptional regulator, LysR family  31.13 
 
 		 310 aa  76.6  0.0000000000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3881  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 297 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17090  Transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 299 aa  77  0.0000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 324 aa  76.6  0.0000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2306  LysR family transcriptional regulator  25.54 
 
 		 303 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.846399  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3257  translation initiation factor IF-2  27.23 
 
 		 297 aa  76.6  0.0000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.22333 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4149  LysR family transcriptional regulator  25.28 
 
 		 307 aa  76.6  0.0000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.438214  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  34.16 
 
 		 304 aa  76.6  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0704  LysR family transcriptional regulator  25.54 
 
 		 303 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3036  transcriptional regulator, LysR family  26.88 
 
 		 288 aa  76.6  0.0000000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000194633  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2223  LysR family transcriptional regulator  25.54 
 
 		 303 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.429616  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2775  transcriptional regulator, LysR family  31.51 
 
 		 297 aa  76.3  0.0000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.332368  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  24.41 
 
 		 307 aa  76.3  0.0000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4369  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 289 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06511  transcriptional regulator  31.13 
 
 		 289 aa  76.3  0.0000000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 306 aa  75.9  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0701  transcriptional regulator, LysR family  30.97 
 
 		 307 aa  75.9  0.0000000000007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 306 aa  75.9  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4052  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  27.21 
 
 		 293 aa  75.9  0.0000000000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0492  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  27.21 
 
 		 293 aa  75.9  0.0000000000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0543083  normal  0.0296951 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  34.27 
 
 		 304 aa  75.9  0.0000000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0162  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  27.21 
 
 		 293 aa  75.9  0.0000000000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 310 aa  75.5  0.000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2373  transcriptional regulator, LysR family  30.56 
 
 		 300 aa  75.1  0.000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2840  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 299 aa  75.5  0.000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0229  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 306 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  unclonable  0.00000000369009  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>