More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_000644 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013457  VEA_000644  transcriptional regulator LysR family  100 
 
 		 289 aa  594  1e-169  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06511  transcriptional regulator  95.47 
 
 		 289 aa  565  1e-160  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3330  LysR family transcriptional regulator  71.13 
 
 		 296 aa  431  1e-120  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3192  LysR family transcriptional regulator  71.13 
 
 		 296 aa  431  1e-120  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1181  transcriptional regulator, LysR family  71.13 
 
 		 296 aa  431  1e-120  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3186  LysR family transcriptional regulator  71.13 
 
 		 296 aa  431  1e-120  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2796  LysR family transcriptional regulator  70.45 
 
 		 296 aa  427  1e-119  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2258  transcriptional regulator  70.79 
 
 		 296 aa  429  1e-119  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1141  LysR family transcriptional regulator  70.45 
 
 		 303 aa  428  1e-119  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.316978  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1073  LysR family transcriptional regulator  70.45 
 
 		 302 aa  428  1e-119  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1069  LysR family transcriptional regulator  70.45 
 
 		 302 aa  427  1e-118  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0157656  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1259  LysR family transcriptional regulator  69.42 
 
 		 301 aa  422  1e-117  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1196  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  70.45 
 
 		 298 aa  421  1e-117  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 305 aa  105  8e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 297 aa  105  9e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  36.09 
 
 		 298 aa  105  1e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 308 aa  104  2e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2659  OsmT protein  28.62 
 
 		 308 aa  102  8e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  27.97 
 
 		 297 aa  102  1e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2789  OsmT protein  28.62 
 
 		 308 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2683  OsmT protein  28.62 
 
 		 308 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.567691  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2617  OsmT protein  28.62 
 
 		 308 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2568  OsmT protein  28.62 
 
 		 308 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0008695  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.39 
 
 		 297 aa  100  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 300 aa  99.8  4e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 297 aa  99.8  5e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 297 aa  99.8  5e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 300 aa  99.8  5e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  27.59 
 
 		 297 aa  99.4  6e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  27.59 
 
 		 297 aa  99.4  6e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 297 aa  99  9e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 297 aa  98.6  9e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 300 aa  98.2  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  27.59 
 
 		 297 aa  98.6  1e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 297 aa  97.8  2e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4912  transcriptional regulator, LysR family  27.09 
 
 		 295 aa  97.8  2e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000162486  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  26.15 
 
 		 300 aa  97.4  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 299 aa  96.3  6e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2760  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 302 aa  95.9  7e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00129755  normal  0.164001 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 300 aa  95.5  9e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000907778  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 300 aa  95.5  9e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1910  OsmT protein  27.87 
 
 		 300 aa  95.5  9e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1735  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 300 aa  95.5  9e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0864805  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 300 aa  95.5  9e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 300 aa  95.5  9e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 300 aa  95.5  9e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.02 
 
 		 325 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 297 aa  95.1  1e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 296 aa  94.7  2e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 300 aa  94  3e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1761  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 300 aa  94  3e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.982692  normal  0.0243449 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 300 aa  94  3e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 297 aa  93.2  4e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 297 aa  92.8  5e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 297 aa  92.8  5e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 297 aa  93.2  5e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3441  LysR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 306 aa  92.8  6e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.985803  hitchhiker  0.000545962 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  28.22 
 
 		 293 aa  92.4  8e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 318 aa  91.7  1e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  26.62 
 
 		 300 aa  90.9  2e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1466  LysR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 314 aa  91.3  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 298 aa  90.9  2e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6486  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 301 aa  90.9  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.898531  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0171  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 305 aa  90.5  3e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5504  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 300 aa  90.1  4e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  26.62 
 
 		 300 aa  90.1  4e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1470  LysR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 300 aa  90.1  4e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.193795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  24.41 
 
 		 297 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 305 aa  90.1  4e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  26.32 
 
 		 307 aa  90.1  4e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2504  transcriptional regulator, LysR family  24.57 
 
 		 298 aa  89.7  5e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2536  LysR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 311 aa  89.7  5e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.481736 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  27.49 
 
 		 297 aa  89.7  5e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0498  transcriptional regulator, LysR family  26.03 
 
 		 292 aa  89.4  6e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 297 aa  89.4  6e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0586  LysR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 302 aa  89  9e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.364179  decreased coverage  0.000128837 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 305 aa  88.6  1e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2659  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 313 aa  88.2  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112809  normal  0.412166 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0266  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 313 aa  88.2  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.275341  normal  0.0743516 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3722  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 307 aa  88.6  1e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  23.96 
 
 		 300 aa  87.8  2e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.9 
 
 		 299 aa  87  3e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0528  LysR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 301 aa  87  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000454001 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  26.41 
 
 		 296 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 300 aa  87  4e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1244  transcriptional regulator, LysR family  28.32 
 
 		 286 aa  86.7  4e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4635  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 300 aa  86.7  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.646338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 300 aa  87  4e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7088  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 314 aa  86.7  4e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 305 aa  86.7  5e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1013  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 300 aa  86.3  6e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.46 
 
 		 295 aa  85.9  6e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1494  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 300 aa  86.3  6e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  28.34 
 
 		 301 aa  85.9  7e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1309  LysR family transcriptional regulator  25.59 
 
 		 303 aa  85.9  7e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37940  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.84 
 
 		 295 aa  85.9  7e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000278966  normal  0.0117616 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.55 
 
 		 299 aa  85.9  8e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3361  LysR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 307 aa  85.9  8e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000023746  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 297 aa  85.9  8e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2840  LysR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 299 aa  85.9  8e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>