More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2258 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2258  transcriptional regulator  100 
 
 		 296 aa  601  1.0000000000000001e-171  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1196  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  89.86 
 
 		 298 aa  538  9.999999999999999e-153  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3192  LysR family transcriptional regulator  86.15 
 
 		 296 aa  527  1e-149  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1181  transcriptional regulator, LysR family  86.15 
 
 		 296 aa  527  1e-149  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3330  LysR family transcriptional regulator  86.15 
 
 		 296 aa  527  1e-149  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3186  LysR family transcriptional regulator  86.15 
 
 		 296 aa  527  1e-149  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2796  LysR family transcriptional regulator  85.81 
 
 		 296 aa  521  1e-147  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1259  LysR family transcriptional regulator  85.76 
 
 		 301 aa  520  1e-146  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1069  LysR family transcriptional regulator  85.76 
 
 		 302 aa  519  1e-146  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0157656  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1141  LysR family transcriptional regulator  85.76 
 
 		 303 aa  519  1e-146  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.316978  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1073  LysR family transcriptional regulator  85.76 
 
 		 302 aa  517  1e-146  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000644  transcriptional regulator LysR family  70.79 
 
 		 289 aa  429  1e-119  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06511  transcriptional regulator  71.13 
 
 		 289 aa  428  1e-119  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.83 
 
 		 325 aa  102  5e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3441  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 306 aa  93.2  5e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.985803  hitchhiker  0.000545962 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.44 
 
 		 295 aa  92.4  7e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  27.8 
 
 		 296 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 296 aa  90.5  3e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5504  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 300 aa  90.5  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0171  transcriptional regulator, LysR family  27.24 
 
 		 305 aa  89.7  5e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26681  putative Rubisco transcriptional regulator  31.72 
 
 		 323 aa  89  9e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3484  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.47 
 
 		 292 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.875325  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 297 aa  88.2  2e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  27.21 
 
 		 302 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 305 aa  88.2  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  27.8 
 
 		 307 aa  87.4  3e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 305 aa  87.4  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 300 aa  86.7  4e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 297 aa  86.7  4e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  27.21 
 
 		 297 aa  86.7  4e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  27.21 
 
 		 297 aa  86.7  4e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 300 aa  86.7  4e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 297 aa  86.7  4e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  27.09 
 
 		 300 aa  86.7  4e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 297 aa  86.3  5e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  26.03 
 
 		 300 aa  86.7  5e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 297 aa  86.3  6e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 297 aa  85.9  7e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 297 aa  85.9  7e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 297 aa  85.9  7e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.86 
 
 		 297 aa  85.9  8e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2398  putative Rubisco transcriptional regulator  31.46 
 
 		 329 aa  85.9  8e-16  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 300 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  26.19 
 
 		 297 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 297 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.27 
 
 		 300 aa  84.7  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2760  LysR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 302 aa  85.1  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00129755  normal  0.164001 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 300 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  26.87 
 
 		 297 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 300 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 305 aa  84.3  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 299 aa  84.3  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.95 
 
 		 299 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 298 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 298 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2547  LysR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 310 aa  84  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.372947 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2682  LysR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 323 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  25.68 
 
 		 300 aa  84  0.000000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4912  transcriptional regulator, LysR family  26.23 
 
 		 295 aa  83.6  0.000000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000162486  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2659  OsmT protein  25.83 
 
 		 308 aa  84  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37940  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.8 
 
 		 295 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000278966  normal  0.0117616 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2671  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.17 
 
 		 313 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00916902  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2785  transcriptional regulator, LysR family  27.95 
 
 		 293 aa  83.6  0.000000000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 297 aa  83.2  0.000000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 297 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0295  putative Rubisco transcriptional regulator  31.76 
 
 		 331 aa  83.2  0.000000000000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3436  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 294 aa  83.2  0.000000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  31.33 
 
 		 298 aa  83.2  0.000000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  25.34 
 
 		 300 aa  83.2  0.000000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2145  DNA-binding transcriptional regulator CynR  24.66 
 
 		 304 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.276237  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2683  OsmT protein  25.83 
 
 		 308 aa  82.8  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.567691  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2568  OsmT protein  25.83 
 
 		 308 aa  82.8  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0008695  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2789  OsmT protein  25.83 
 
 		 308 aa  82.8  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3361  LysR family transcriptional regulator  23.36 
 
 		 307 aa  82.8  0.000000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000023746  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  25.69 
 
 		 316 aa  82.8  0.000000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2617  OsmT protein  25.83 
 
 		 308 aa  82.8  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 300 aa  82.8  0.000000000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  28.94 
 
 		 308 aa  82.8  0.000000000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 298 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 297 aa  82.4  0.000000000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  26.76 
 
 		 293 aa  82  0.00000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 298 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  26.98 
 
 		 297 aa  81.6  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01621  putative Rubisco transcriptional regulator  29.43 
 
 		 322 aa  82  0.00000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  26.78 
 
 		 297 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  27.12 
 
 		 322 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0553  LysR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 299 aa  81.3  0.00000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.141642  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 297 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 300 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  24.32 
 
 		 305 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.33 
 
 		 302 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.51 
 
 		 299 aa  80.5  0.00000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3181  LysR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 299 aa  80.5  0.00000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  24.31 
 
 		 300 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.51 
 
 		 299 aa  80.5  0.00000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 298 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.51 
 
 		 299 aa  80.5  0.00000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 298 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01661  putative Rubisco transcriptional regulator  29.77 
 
 		 314 aa  80.1  0.00000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 318 aa  80.1  0.00000000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>