More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I1196 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



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Organism name
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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011312  VSAL_I1196  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 298 aa  607  1e-173  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2258  transcriptional regulator  89.86 
 
 		 296 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3186  LysR family transcriptional regulator  84.46 
 
 		 296 aa  510  1e-144  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3192  LysR family transcriptional regulator  84.46 
 
 		 296 aa  510  1e-144  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1181  transcriptional regulator, LysR family  84.46 
 
 		 296 aa  510  1e-144  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3330  LysR family transcriptional regulator  84.46 
 
 		 296 aa  510  1e-144  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2796  LysR family transcriptional regulator  83.78 
 
 		 296 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1259  LysR family transcriptional regulator  83.73 
 
 		 301 aa  498  1e-140  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1069  LysR family transcriptional regulator  82.77 
 
 		 302 aa  496  1e-139  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0157656  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1141  LysR family transcriptional regulator  82.77 
 
 		 303 aa  496  1e-139  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.316978  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1073  LysR family transcriptional regulator  82.77 
 
 		 302 aa  494  1e-139  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06511  transcriptional regulator  70.45 
 
 		 289 aa  424  1e-117  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000644  transcriptional regulator LysR family  70.45 
 
 		 289 aa  421  1e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.67 
 
 		 325 aa  92.4  8e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 305 aa  90.5  3e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  34.67 
 
 		 298 aa  89.7  6e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 305 aa  89.4  7e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 297 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 297 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.34 
 
 		 295 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 300 aa  87.4  3e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
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NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 297 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
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NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 300 aa  86.3  5e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal  1 
 
 
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NC_007510  Bcep18194_A4635  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 300 aa  86.7  5e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.646338  normal  1 
 
 
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NC_010084  Bmul_1761  LysR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 300 aa  85.9  7e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.982692  normal  0.0243449 
 
 
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NC_010508  Bcenmc03_1470  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 300 aa  85.9  7e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.193795  normal  1 
 
 
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NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  27.21 
 
 		 297 aa  85.9  8e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 300 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
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NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 300 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
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NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 299 aa  85.1  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.311344 
 
 
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NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 297 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 306 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
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NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 300 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
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NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 300 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.691659 
 
 
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NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  24.18 
 
 		 305 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
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NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 305 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601684 
 
 
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NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 300 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  25.84 
 
 		 300 aa  84  0.000000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  26.73 
 
 		 300 aa  84  0.000000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007434  BURPS1710b_1910  OsmT protein  26.3 
 
 		 300 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
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NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 300 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
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NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 300 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007948  Bpro_3436  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 294 aa  84  0.000000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 305 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
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NC_009074  BURPS668_1735  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 300 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0864805  n/a   
 
 
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NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 300 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000907778  n/a   
 
 
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NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 305 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 300 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  27.76 
 
 		 296 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
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NC_007348  Reut_B5504  LysR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 300 aa  83.2  0.000000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_012792  Vapar_5388  transcriptional regulator, LysR family  26.77 
 
 		 299 aa  83.2  0.000000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  26.27 
 
 		 322 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
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NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 308 aa  83.2  0.000000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013216  Dtox_0171  transcriptional regulator, LysR family  26.46 
 
 		 305 aa  83.2  0.000000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013517  Sterm_2785  transcriptional regulator, LysR family  27.09 
 
 		 293 aa  82.8  0.000000000000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 300 aa  82.4  0.000000000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
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NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 300 aa  82.8  0.000000000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
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NC_011094  SeSA_A2659  OsmT protein  26.16 
 
 		 308 aa  82.4  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011369  Rleg2_1236  transcriptional regulator, LysR family  25.68 
 
 		 292 aa  82.8  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.387856  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4912  transcriptional regulator, LysR family  26.8 
 
 		 295 aa  82.4  0.000000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000162486  n/a   
 
 
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NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  25.83 
 
 		 302 aa  82.4  0.000000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  24.37 
 
 		 300 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0614386 
 
 
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NC_012560  Avin_46470  LysR family regulatory protein  30.83 
 
 		 305 aa  82.4  0.000000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008463  PA14_37940  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.8 
 
 		 295 aa  82.4  0.000000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000278966  normal  0.0117616 
 
 
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NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 298 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
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NC_009832  Spro_3441  LysR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 306 aa  82  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.985803  hitchhiker  0.000545962 
 
 
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NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 297 aa  81.6  0.00000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2617  OsmT protein  26.16 
 
 		 308 aa  81.6  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2683  OsmT protein  26.16 
 
 		 308 aa  81.6  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.567691  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2568  OsmT protein  26.16 
 
 		 308 aa  81.6  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0008695  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2789  OsmT protein  26.16 
 
 		 308 aa  81.6  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1013  LysR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 300 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 297 aa  82  0.00000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1494  LysR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 300 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2145  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.17 
 
 		 304 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.276237  normal  1 
 
 
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NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
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NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  26.69 
 
 		 297 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  24.92 
 
 		 300 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0553  LysR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 299 aa  80.9  0.00000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.141642  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  26.69 
 
 		 297 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0269  LysR substrate-binding  28.64 
 
 		 298 aa  80.9  0.00000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.670723  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 297 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  25.68 
 
 		 300 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1370  transcriptional regulator, LysR family  26.67 
 
 		 313 aa  81.3  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173382  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  25.34 
 
 		 300 aa  80.5  0.00000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  27.34 
 
 		 307 aa  80.5  0.00000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  25.93 
 
 		 297 aa  80.5  0.00000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 297 aa  80.1  0.00000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 297 aa  80.1  0.00000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2682  LysR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 323 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1309  LysR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 303 aa  80.1  0.00000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1323  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 292 aa  80.1  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.672802  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  24.32 
 
 		 305 aa  79.7  0.00000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  24.8 
 
 		 316 aa  79.3  0.00000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.34 
 
 		 300 aa  79.3  0.00000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
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NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.73 
 
 		 299 aa  79.3  0.00000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007973  Rmet_0528  LysR family transcriptional regulator  24.37 
 
 		 301 aa  79  0.00000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000454001 
 
 
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NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  26.51 
 
 		 293 aa  79  0.00000000000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
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NC_007348  Reut_B5397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.71 
 
 		 297 aa  79  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007948  Bpro_0975  LysR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 309 aa  79  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00417013 
 
 
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