More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5388 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012792  Vapar_5388  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
299 aa  597  1e-170  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2536  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 
311 aa  183  3e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.481736 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0975  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
309 aa  151  1e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00417013 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5102  transcriptional regulator, LysR family  34.92 
 
 
302 aa  150  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.65094  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5504  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 
300 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3346  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 
328 aa  145  8.000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.773676  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  34.66 
 
 
300 aa  136  5e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  35.06 
 
 
300 aa  136  5e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4012  LysR family transcriptional regulator  34.57 
 
 
298 aa  134  9.999999999999999e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  34.26 
 
 
300 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.86 
 
 
304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3073  LysR family transcriptional regulator  33.47 
 
 
304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 
300 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 
300 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 
300 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1910  OsmT protein  32.88 
 
 
300 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1761  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 
300 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.982692  normal  0.0243449 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 
300 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000907778  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 
300 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1735  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 
300 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0864805  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  31.92 
 
 
302 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 
297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 
298 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 
298 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 
300 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 
300 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 
298 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 
298 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 
298 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 
298 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0528  LysR family transcriptional regulator  35.46 
 
 
301 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000454001 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2659  OsmT protein  34.01 
 
 
308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 
300 aa  127  3e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2568  OsmT protein  33.6 
 
 
308 aa  125  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0008695  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2789  OsmT protein  33.6 
 
 
308 aa  125  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4635  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
300 aa  125  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.646338  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2683  OsmT protein  33.6 
 
 
308 aa  125  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.567691  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2617  OsmT protein  33.6 
 
 
308 aa  124  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  31.21 
 
 
322 aa  124  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1556  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 
309 aa  123  3e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00011369  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1013  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 
300 aa  123  3e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1494  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 
300 aa  123  3e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1470  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 
300 aa  123  4e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.193795  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4089  transcriptional regulator, LysR family  30.41 
 
 
297 aa  123  4e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 
297 aa  122  6e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 
297 aa  122  6e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.23 
 
 
302 aa  122  7e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 
297 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6323  MarR family transcriptional regulator  29.21 
 
 
294 aa  120  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.482978  normal  0.771209 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6009  LysR family transcriptional regulator  31.2 
 
 
322 aa  119  6e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.853275 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 
305 aa  119  7e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 
305 aa  119  7e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  29.11 
 
 
297 aa  119  7e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  32 
 
 
300 aa  119  7e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 
297 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5612  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 
294 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1039  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 
321 aa  117  3e-25  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.204243  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 
304 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4119  putative transcriptional regulator  30.04 
 
 
298 aa  116  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.721357  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4168  putative transcriptional regulator  30.04 
 
 
298 aa  116  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.399858 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 
307 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4404  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 
308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 
313 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 
307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0835  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 
364 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.643048  normal  0.134814 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2509  LysR family transcriptional regulator  29.5 
 
 
314 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.123879  normal  0.290889 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3294  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 
294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.438685 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01942  probable transcriptional regulator  29.92 
 
 
287 aa  114  2.0000000000000002e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.22412  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1784  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 
308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.132591  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 
316 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 
307 aa  113  3e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29 
 
 
297 aa  114  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 
307 aa  113  3e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1466  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 
314 aa  112  5e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4655  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 
310 aa  112  6e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0129573  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3691  transcriptional regulator, LysR family  34.31 
 
 
301 aa  112  6e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3441  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 
306 aa  112  7.000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.985803  hitchhiker  0.000545962 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2001  transcriptional regulator, LysR family  29.11 
 
 
298 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.536649 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4050  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
308 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  29.88 
 
 
307 aa  112  8.000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1166  transcriptional regulator, LysR family  27.76 
 
 
299 aa  112  9e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02159  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 
312 aa  111  1.0000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 
305 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4046  putative transcriptional regulator  29.3 
 
 
298 aa  112  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 
305 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 
305 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1621  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 
297 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 
306 aa  110  3e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4078  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 
300 aa  110  3e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.2043  normal  0.325565 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2806  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 
296 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.521552  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2936  LysR family transcriptional regulator  31.98 
 
 
311 aa  109  6e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00477843  normal  0.111677 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3638  transcriptional regulator, LysR family  32.54 
 
 
308 aa  109  6e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000159787  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3165  transcriptional regulator, LysR family  30.28 
 
 
299 aa  108  1e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000392866  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 
305 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5879  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 
299 aa  108  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.927972  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0713  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 
302 aa  108  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1253  transcriptional regulator, LysR family  31.73 
 
 
308 aa  107  2e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0013481  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2563  LysR family transcriptional regulator  31.17 
 
 
308 aa  107  2e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00385912  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2543  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 
308 aa  107  2e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000981621  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2773  transcriptional regulator, LysR family  31.73 
 
 
308 aa  107  2e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000207011  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>