More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_06732 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_06732  transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  617  1e-176  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000824  transcriptional regulator LysR family  75.34 
 
 		 302 aa  476  1e-133  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00283098  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0677  LysR family transcriptional regulator  58.5 
 
 		 294 aa  371  1e-102  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1630  LysR family transcriptional regulator  56.21 
 
 		 297 aa  348  4e-95  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2975  LysR family transcriptional regulator  57.39 
 
 		 298 aa  345  6e-94  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0697  LysR family transcriptional regulator  55.48 
 
 		 321 aa  325  5e-88  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.191439  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0274  LysR family transcriptional regulator  50.66 
 
 		 307 aa  309  2.9999999999999997e-83  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3476  LysR family transcriptional regulator  46.92 
 
 		 312 aa  274  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00239218 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00774  transcriptional regulator, LysR family protein  43.17 
 
 		 330 aa  268  1e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3293  LysR family transcriptional regulator  43.65 
 
 		 308 aa  257  1e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0997  LysR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 310 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2560  transcriptional regulator, LysR family protein  45.21 
 
 		 299 aa  231  9e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2364  regulatory protein, LysR  41.83 
 
 		 304 aa  226  3e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0213  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 300 aa  211  7.999999999999999e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3655  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 290 aa  198  7.999999999999999e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.781642 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0531  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 290 aa  193  3e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.468222  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1810  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2656  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 293 aa  181  1e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1023  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 289 aa  179  4e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2875  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 289 aa  172  5.999999999999999e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00412762 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2531  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 288 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.389044  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1813  transcriptional regulator, LysR family  35.56 
 
 		 288 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0139203  normal  0.0296636 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2538  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 288 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2653  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 288 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.66408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2221  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 288 aa  165  9e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0572523  normal  0.568575 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2430  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 288 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2297  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 288 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252143  normal  0.644367 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37930  LysR family transcriptional regulator protein  35.04 
 
 		 308 aa  160  3e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2292  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 288 aa  159  5e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000123532  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  24.91 
 
 		 296 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2954  transcriptional regulator, LysR family  27.12 
 
 		 308 aa  83.6  0.000000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000398128  unclonable  0.0000000375451 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1421  transcriptional regulator, LysR family  29.34 
 
 		 311 aa  82.8  0.000000000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000644  transcriptional regulator LysR family  35.37 
 
 		 289 aa  82  0.00000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1367  LysR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 302 aa  80.9  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 325 aa  80.5  0.00000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06511  transcriptional regulator  35.37 
 
 		 289 aa  80.5  0.00000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2775  transcriptional regulator, LysR family  27.34 
 
 		 297 aa  80.1  0.00000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.332368  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5945  transcriptional regulator, LysR family  25.44 
 
 		 307 aa  80.1  0.00000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.626175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1345  transcriptional regulator, LysR family  24.71 
 
 		 307 aa  79.3  0.00000000000007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1096  transcriptional regulator, LysR family  25.98 
 
 		 300 aa  77.4  0.0000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.816594  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2442  LysR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 300 aa  76.6  0.0000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08550  Transcriptional regulator, LysR family  28.74 
 
 		 307 aa  76.6  0.0000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.763554  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2373  transcriptional regulator, LysR family  24.63 
 
 		 300 aa  76.3  0.0000000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3114  transcriptional regulator, LysR family  25.08 
 
 		 304 aa  75.9  0.0000000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1855  transcriptional regulator, LysR family  25.48 
 
 		 308 aa  75.9  0.0000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2994  LysR family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 314 aa  75.1  0.000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.735848  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23730  LysR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 297 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0194065 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2011  LysR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 297 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3544  transcriptional regulator, LysR family  23.92 
 
 		 301 aa  74.7  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0349237  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  25.28 
 
 		 332 aa  74.3  0.000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  24.15 
 
 		 305 aa  74.3  0.000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 324 aa  73.9  0.000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  26.64 
 
 		 295 aa  73.9  0.000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0038  LysR family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 294 aa  73.9  0.000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1974  LysR family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 328 aa  73.6  0.000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00168317  normal  0.460832 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  23.88 
 
 		 305 aa  73.6  0.000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 299 aa  73.6  0.000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3901  transcriptional regulator  26.53 
 
 		 300 aa  73.6  0.000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.356442 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 297 aa  72.8  0.000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1688  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 292 aa  72.8  0.000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000776975  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7812  transcriptional regulator, LysR family  23.24 
 
 		 317 aa  72  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6486  LysR family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 301 aa  72  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.898531  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4531  LysR family regulatory protein  24.9 
 
 		 295 aa  72.4  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4616  LysR family regulatory protein  24.9 
 
 		 295 aa  72.4  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4666  LysR family regulatory protein  24.9 
 
 		 295 aa  72.4  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.54567  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  23.55 
 
 		 325 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4614  LysR family regulatory protein  24.9 
 
 		 295 aa  72.4  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.342206 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4523  LysR family regulatory protein  24.9 
 
 		 295 aa  72.4  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  21.75 
 
 		 296 aa  71.6  0.00000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 318 aa  71.6  0.00000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2130  transcriptional regulator, LysR family  25.17 
 
 		 292 aa  72  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.175681  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0271  LysR family transcriptional regulator  24.8 
 
 		 295 aa  71.2  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0648353  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0110  LysR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 273 aa  70.9  0.00000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0615  transcription regulator protein  30.28 
 
 		 289 aa  71.2  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.528971 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1516  transcriptional regulator, LysR family  28.4 
 
 		 300 aa  71.2  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 308 aa  71.2  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 317 aa  71.2  0.00000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3294  LysR family transcriptional regulator  24.65 
 
 		 294 aa  71.2  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.438685 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  23.55 
 
 		 298 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0701  transcriptional regulator, LysR family  29.03 
 
 		 307 aa  71.6  0.00000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 316 aa  71.2  0.00000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0989  LysR, substrate-binding  27.01 
 
 		 300 aa  71.6  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.745768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4611  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 293 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0937251  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4861  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.94 
 
 		 301 aa  71.2  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0956909 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0053  transcriptional regulator, LysR family  23.67 
 
 		 307 aa  70.9  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2421  LysR substrate-binding  25.53 
 
 		 300 aa  70.5  0.00000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  23.53 
 
 		 307 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2178  transcriptional regulator, LysR family  25.17 
 
 		 292 aa  70.5  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0263296  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4526  LysR family transcriptional regulator  22.83 
 
 		 293 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.128293  normal  0.379616 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0171  transcriptional regulator, LysR family  25.68 
 
 		 305 aa  70.5  0.00000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  23.55 
 
 		 298 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1196  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 		 298 aa  70.1  0.00000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0586  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 302 aa  70.1  0.00000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.364179  decreased coverage  0.000128837 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4084  LysR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 302 aa  70.1  0.00000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 297 aa  70.1  0.00000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 309 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2087  LysR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 299 aa  70.5  0.00000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.589785  normal  0.993199 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 294 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 307 aa  70.1  0.00000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  23.18 
 
 		 305 aa  70.1  0.00000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>