More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP0110 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002976  SERP0110  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 273 aa  558  1e-158  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3776  transcriptional regulator, LysR family  32.13 
 
 		 314 aa  132  6e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.988638  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  28.21 
 
 		 296 aa  126  3e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  31.44 
 
 		 304 aa  126  4.0000000000000003e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  32.05 
 
 		 304 aa  123  4e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 297 aa  122  8e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 297 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 303 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  29.88 
 
 		 297 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  29.75 
 
 		 297 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1985  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.4 
 
 		 300 aa  119  6e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.464368 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 308 aa  119  7e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  29.46 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  29.46 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 297 aa  117  3e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 297 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 297 aa  116  5e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  29.5 
 
 		 293 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  31.28 
 
 		 303 aa  114  1.0000000000000001e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  30.32 
 
 		 298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1292  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 308 aa  113  3e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.781932 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1732  putative transcriptional regulator  28.17 
 
 		 308 aa  113  3e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470848  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  28.8 
 
 		 307 aa  112  4.0000000000000004e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0345  transcriptional regulator, LysR family  32.23 
 
 		 291 aa  112  5e-24  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20130  LysR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 308 aa  112  6e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 294 aa  111  1.0000000000000001e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  30.49 
 
 		 314 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  28.81 
 
 		 308 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  28.81 
 
 		 308 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2915  transcriptional regulator, LysR family  27.43 
 
 		 305 aa  110  3e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 318 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 294 aa  109  4.0000000000000004e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 307 aa  109  5e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0630  transcriptional regulator, LysR family  32.94 
 
 		 299 aa  109  6e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000148774  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25 
 
 		 325 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1239  LysR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 308 aa  106  5e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  hitchhiker  0.00000000418584 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0114  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 294 aa  105  6e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1902  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 292 aa  105  7e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1370  transcriptional regulator, LysR family  26.33 
 
 		 313 aa  105  9e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173382  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4025  transcriptional regulator, LysR family  27.46 
 
 		 308 aa  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.854112  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1386  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.46 
 
 		 308 aa  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1184  LysR family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 308 aa  104  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.204393 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1637  LysR family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 308 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.841057  normal  0.105618 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4080  LysR family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 308 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 290 aa  103  3e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4022  LysR family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 308 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000162423 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  24.54 
 
 		 294 aa  103  4e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0266  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 313 aa  102  6e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.275341  normal  0.0743516 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2659  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 313 aa  102  6e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112809  normal  0.412166 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 302 aa  102  6e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2994  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 314 aa  101  1e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.735848  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 296 aa  101  1e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 301 aa  100  4e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000502074  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4982  transcriptional regulator, LysR family  27.74 
 
 		 298 aa  99.8  4e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.767822 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1537  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 307 aa  99.4  6e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000701673  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0269  LysR substrate-binding  28.84 
 
 		 298 aa  99  7e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.670723  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  28.26 
 
 		 296 aa  99  8e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3436  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 294 aa  98.6  9e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2253  transcriptional regulator, LysR family  27.72 
 
 		 303 aa  98.2  1e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.105468  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2494  transcriptional regulator, LysR family  27.05 
 
 		 322 aa  97.8  1e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  29.32 
 
 		 319 aa  98.2  1e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1115  transcriptional regulator, LysR family  24.65 
 
 		 301 aa  98.2  1e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2373  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 300 aa  97.4  2e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1749  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 337 aa  97.4  2e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.301666  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2226  LysR family transcriptional regulator  23.34 
 
 		 319 aa  97.8  2e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0146  LysR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 337 aa  97.4  2e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2680  transcriptional regulator, LysR family  26.6 
 
 		 308 aa  97.4  2e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.578382  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0637  transcriptional regulator, LysR family  28.46 
 
 		 312 aa  97.1  3e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000713061  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4465  transcriptional regulator, LysR family  30.89 
 
 		 319 aa  97.1  3e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00192923  normal  0.232029 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1309  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 303 aa  96.7  4e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4402  transcriptional regulator, LysR family  30.49 
 
 		 319 aa  96.7  4e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  26.04 
 
 		 301 aa  96.7  4e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0055  transcriptional regulator, LysR family  26.15 
 
 		 297 aa  96.7  4e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000650557  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  26.04 
 
 		 303 aa  96.7  4e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0127  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 308 aa  96.7  4e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 294 aa  96.3  4e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  30.33 
 
 		 293 aa  96.3  5e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 318 aa  96.3  5e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1980  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 329 aa  95.9  7e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.362231  normal  0.28719 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0657  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 297 aa  95.5  8e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0325779  normal  0.831688 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3039  rubisco operon transcriptional regulator  26.99 
 
 		 318 aa  94.7  1e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.670925  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2471  LysR family transcriptional regulator  23.81 
 
 		 301 aa  94.7  1e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.643373 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0142  transcriptional regulator, LysR family  26.49 
 
 		 297 aa  94.7  2e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4836  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 328 aa  94  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2625  transcriptional regulator  26.16 
 
 		 313 aa  94.4  2e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.172216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5024  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 311 aa  94.4  2e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0432035  normal  0.889367 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1477  LysR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 299 aa  94  2e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.876533  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0726  LysR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 308 aa  94  2e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.414898  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1763  LysR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 296 aa  94.4  2e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  23.84 
 
 		 302 aa  93.2  4e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2058  transcriptional regulator  30.38 
 
 		 275 aa  93.2  4e-18  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0236  LysR family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 293 aa  92.8  5e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0946906  normal  0.151625 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2009  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 334 aa  92.4  7e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.476347  normal  0.474901 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5262  LysR family transcriptional regulator  23.97 
 
 		 296 aa  92  9e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0804009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2609  LysR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 299 aa  92  9e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000141724  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2775  transcriptional regulator, LysR family  25.69 
 
 		 297 aa  92  9e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.332368  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1347  transcriptional regulator, LysR family  26.67 
 
 		 297 aa  91.7  1e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.98443  normal  0.727871 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>