More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_00774 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_00774  transcriptional regulator, LysR family protein  100 
 
 		 330 aa  683    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06732  transcriptional regulator  43.17 
 
 		 300 aa  268  1e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1630  LysR family transcriptional regulator  44.73 
 
 		 297 aa  256  3e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000824  transcriptional regulator LysR family  40.98 
 
 		 302 aa  253  4.0000000000000004e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00283098  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0677  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 294 aa  252  7e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0274  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 307 aa  246  4e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2975  LysR family transcriptional regulator  41.49 
 
 		 298 aa  245  6.999999999999999e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0697  LysR family transcriptional regulator  40.18 
 
 		 321 aa  240  2e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.191439  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3476  LysR family transcriptional regulator  37.03 
 
 		 312 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00239218 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0997  LysR family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 310 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3293  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 308 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2364  regulatory protein, LysR  36.79 
 
 		 304 aa  192  5e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2560  transcriptional regulator, LysR family protein  36.97 
 
 		 299 aa  186  3e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3655  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 290 aa  167  2e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.781642 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0531  LysR family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 290 aa  166  4e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.468222  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2875  LysR family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 289 aa  161  1e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00412762 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0213  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 300 aa  159  6e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1023  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 289 aa  156  5.0000000000000005e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2656  LysR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 293 aa  152  8e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1810  LysR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 307 aa  149  8e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1813  transcriptional regulator, LysR family  30.67 
 
 		 288 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0139203  normal  0.0296636 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2538  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 288 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2653  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 288 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.66408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2531  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 288 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.389044  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37930  LysR family transcriptional regulator protein  29.94 
 
 		 308 aa  133  5e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2297  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 288 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252143  normal  0.644367 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2292  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 288 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000123532  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2221  LysR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 288 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0572523  normal  0.568575 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2430  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 288 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  29.63 
 
 		 332 aa  80.9  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  26.87 
 
 		 307 aa  80.5  0.00000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  31.52 
 
 		 326 aa  80.1  0.00000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1345  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 307 aa  79.3  0.00000000000008  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  28.05 
 
 		 305 aa  78.6  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  32.03 
 
 		 298 aa  77.8  0.0000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 311 aa  78.6  0.0000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 301 aa  77.4  0.0000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000502074  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 318 aa  77.8  0.0000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2954  transcriptional regulator, LysR family  28.82 
 
 		 308 aa  77.4  0.0000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000398128  unclonable  0.0000000375451 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1096  transcriptional regulator, LysR family  25.09 
 
 		 300 aa  77.4  0.0000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.816594  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  29.7 
 
 		 304 aa  77  0.0000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0727  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 298 aa  77  0.0000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1974  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 328 aa  76.6  0.0000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00168317  normal  0.460832 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0701  transcriptional regulator, LysR family  29.73 
 
 		 307 aa  76.6  0.0000000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  29.7 
 
 		 304 aa  76.3  0.0000000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0714  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 298 aa  76.3  0.0000000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3039  rubisco operon transcriptional regulator  25.84 
 
 		 318 aa  75.9  0.0000000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.670925  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0630  transcriptional regulator, LysR family  27.19 
 
 		 299 aa  75.5  0.000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000148774  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4653  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 317 aa  75.9  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.519057 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 296 aa  74.7  0.000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2011  LysR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 297 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 297 aa  75.1  0.000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1855  transcriptional regulator, LysR family  28.49 
 
 		 308 aa  75.1  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 297 aa  73.9  0.000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2373  transcriptional regulator, LysR family  30.46 
 
 		 300 aa  73.2  0.000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 321 aa  73.2  0.000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23730  LysR family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 297 aa  73.2  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0194065 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 316 aa  72.8  0.000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2790  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 309 aa  72.8  0.000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.491071  normal  0.0474339 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0834  transcriptional regulator, LysR family  28.99 
 
 		 300 aa  72.4  0.000000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3781  LysR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 331 aa  72.4  0.000000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.852232  normal  0.126897 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1421  transcriptional regulator, LysR family  28.05 
 
 		 311 aa  72.4  0.000000000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 322 aa  72  0.00000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3638  LysR family transcriptional regulator  25.12 
 
 		 316 aa  72  0.00000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000174199  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  27.16 
 
 		 322 aa  72.4  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  27.16 
 
 		 322 aa  72.4  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5950  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 323 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00309473 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4657  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 312 aa  71.6  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.659873  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1945  LysR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 300 aa  71.2  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.551445  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  26.06 
 
 		 297 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 297 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 297 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 297 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 297 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6474  LysR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 327 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.254118 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  27.44 
 
 		 316 aa  70.5  0.00000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 297 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2442  LysR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 300 aa  70.9  0.00000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  26.06 
 
 		 297 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  26.06 
 
 		 297 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3441  transcriptional regulator, LysR family  28.99 
 
 		 297 aa  70.1  0.00000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2724  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 293 aa  70.1  0.00000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0713788  normal  0.0834627 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  27.54 
 
 		 297 aa  70.1  0.00000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0048  transcriptional regulator, LysR family  29.09 
 
 		 298 aa  69.7  0.00000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.968768  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 318 aa  69.7  0.00000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1515  LysR family transcriptional regulator  25.46 
 
 		 292 aa  69.7  0.00000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 302 aa  69.3  0.00000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 297 aa  69.3  0.00000000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1835  LysR family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 287 aa  69.3  0.00000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2145  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.34 
 
 		 304 aa  69.3  0.00000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.276237  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 298 aa  68.9  0.0000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1908  LysR family transcriptional regulator  24.54 
 
 		 292 aa  68.9  0.0000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.605315  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5945  transcriptional regulator, LysR family  25.77 
 
 		 307 aa  68.6  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.626175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3775  LysR family transcriptional regulator  25.46 
 
 		 292 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1984  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 292 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  0.045506 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.58 
 
 		 325 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3528  LysR family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 287 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235162  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2839  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 304 aa  68.6  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1474  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 295 aa  68.6  0.0000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1262  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 310 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0948373  normal  0.0721838 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>