More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2875 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2875  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 289 aa  596  1e-169  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00412762 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1023  LysR family transcriptional regulator  64.36 
 
 		 289 aa  399  9.999999999999999e-111  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3655  LysR family transcriptional regulator  61.25 
 
 		 290 aa  363  2e-99  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.781642 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0531  LysR family transcriptional regulator  54.68 
 
 		 290 aa  318  7e-86  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.468222  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2656  LysR family transcriptional regulator  51.4 
 
 		 293 aa  295  7e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0697  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 321 aa  214  1.9999999999999998e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.191439  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37930  LysR family transcriptional regulator protein  42.48 
 
 		 308 aa  206  2e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1810  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 307 aa  204  2e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2531  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 288 aa  203  2e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.389044  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1813  transcriptional regulator, LysR family  39.22 
 
 		 288 aa  204  2e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0139203  normal  0.0296636 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2653  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 288 aa  203  3e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.66408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3293  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 308 aa  202  4e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2538  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 288 aa  202  6e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0677  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 294 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0274  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 307 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1630  LysR family transcriptional regulator  40.99 
 
 		 297 aa  192  4e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2297  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 288 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252143  normal  0.644367 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2221  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 288 aa  187  1e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0572523  normal  0.568575 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0997  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 310 aa  186  4e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2430  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 288 aa  185  8e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2292  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 288 aa  181  1e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000123532  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2560  transcriptional regulator, LysR family protein  37.16 
 
 		 299 aa  180  2e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000824  transcriptional regulator LysR family  37.41 
 
 		 302 aa  177  1e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00283098  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2364  regulatory protein, LysR  34.87 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0213  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06732  transcriptional regulator  36.59 
 
 		 300 aa  172  5.999999999999999e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3476  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 312 aa  169  4e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00239218 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2975  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 298 aa  168  8e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00774  transcriptional regulator, LysR family protein  33.23 
 
 		 330 aa  161  9e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0746  transcriptional regulator, LysR family  35.59 
 
 		 298 aa  94.7  2e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.265691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5606  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.16 
 
 		 328 aa  87.8  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0804  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 288 aa  87.4  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  27.35 
 
 		 297 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3544  transcriptional regulator, LysR family  27.54 
 
 		 301 aa  85.1  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0349237  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 297 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 297 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 297 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  27.76 
 
 		 297 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  27.76 
 
 		 297 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  27.76 
 
 		 297 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 287 aa  84  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 297 aa  83.2  0.000000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 297 aa  83.2  0.000000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3284  transcriptional regulator, LysR family  29.89 
 
 		 298 aa  82.8  0.000000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2568  OsmT protein  26.62 
 
 		 308 aa  81.6  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0008695  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2683  OsmT protein  26.62 
 
 		 308 aa  81.6  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.567691  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2915  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 305 aa  82  0.00000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2789  OsmT protein  26.62 
 
 		 308 aa  81.6  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 297 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0137  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 302 aa  80.9  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0406  LysR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 305 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3585  transcriptional regulator, LysR family  29.89 
 
 		 298 aa  80.9  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0651173 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2617  OsmT protein  26.62 
 
 		 308 aa  81.3  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0714  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 298 aa  80.5  0.00000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2659  OsmT protein  26.26 
 
 		 308 aa  80.1  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2022  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 286 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0727  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 298 aa  80.1  0.00000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6616  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 286 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1264  LysR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 301 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2671  LysR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 301 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.638028  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0104  LysR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 301 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5763  LysR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 316 aa  79.7  0.00000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1072  LysR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 301 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.165542  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0122  LysR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 301 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1541  LysR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 301 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2818  transcriptional regulator  35.77 
 
 		 301 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 287 aa  79.7  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2246  transcriptional regulator, LysR family  30.63 
 
 		 286 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 306 aa  79  0.00000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6389  LysR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 291 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0907959  normal  0.0995777 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1410  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 286 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  25.39 
 
 		 332 aa  78.2  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1326  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 284 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433346  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5516  LysR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 291 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0587498  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2373  transcriptional regulator, LysR family  30.99 
 
 		 300 aa  78.6  0.0000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5880  LysR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 291 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.311857  normal  0.281069 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4355  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 301 aa  78.6  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 321 aa  78.2  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 301 aa  77.8  0.0000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3436  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 294 aa  78.2  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 299 aa  77.8  0.0000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3036  transcriptional regulator, LysR family  27.35 
 
 		 288 aa  77.8  0.0000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000194633  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 322 aa  77.4  0.0000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  31.76 
 
 		 293 aa  77.4  0.0000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 297 aa  77  0.0000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3233  transcriptional regulator, LysR family  27.87 
 
 		 306 aa  76.6  0.0000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00363202 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 305 aa  76.6  0.0000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0176  LysR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 334 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2354  LysR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 288 aa  76.6  0.0000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23730  LysR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 297 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0194065 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4144  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 307 aa  76.6  0.0000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3572  LysR family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 312 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.439946  hitchhiker  0.00313021 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5416  LysR family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 312 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.454667  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  26.38 
 
 		 298 aa  76.3  0.0000000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2936  LysR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 311 aa  75.9  0.0000000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00477843  normal  0.111677 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2942  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 341 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 298 aa  75.5  0.0000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3441  LysR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 306 aa  75.5  0.0000000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.985803  hitchhiker  0.000545962 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 325 aa  75.5  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2736  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  26.06 
 
 		 294 aa  75.1  0.000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>