More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_000824 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013457  VEA_000824  transcriptional regulator LysR family  100 
 
 		 302 aa  622  1e-177  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00283098  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06732  transcriptional regulator  75.34 
 
 		 300 aa  476  1e-133  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0677  LysR family transcriptional regulator  59.52 
 
 		 294 aa  371  1e-102  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1630  LysR family transcriptional regulator  58.62 
 
 		 297 aa  363  2e-99  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2975  LysR family transcriptional regulator  57.53 
 
 		 298 aa  348  6e-95  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0697  LysR family transcriptional regulator  51.83 
 
 		 321 aa  318  7e-86  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.191439  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0274  LysR family transcriptional regulator  49.19 
 
 		 307 aa  302  4.0000000000000003e-81  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3476  LysR family transcriptional regulator  45.79 
 
 		 312 aa  265  5e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00239218 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3293  LysR family transcriptional regulator  44.05 
 
 		 308 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00774  transcriptional regulator, LysR family protein  40.98 
 
 		 330 aa  253  4.0000000000000004e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0997  LysR family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 310 aa  241  1e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2560  transcriptional regulator, LysR family protein  45.58 
 
 		 299 aa  236  3e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2364  regulatory protein, LysR  42.81 
 
 		 304 aa  233  3e-60  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0213  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 300 aa  220  3e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3655  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 290 aa  200  3e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.781642 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0531  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 290 aa  197  1.0000000000000001e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.468222  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1023  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 289 aa  185  8e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1810  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 307 aa  181  1e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2875  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 289 aa  177  1e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00412762 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2656  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 293 aa  175  7e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2653  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 288 aa  163  3e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.66408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2538  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 288 aa  163  3e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2531  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 288 aa  163  3e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.389044  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1813  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 288 aa  161  2e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0139203  normal  0.0296636 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2292  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 288 aa  150  2e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000123532  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37930  LysR family transcriptional regulator protein  34.4 
 
 		 308 aa  150  3e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2430  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 288 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2297  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 288 aa  146  5e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252143  normal  0.644367 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2221  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 288 aa  145  6e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0572523  normal  0.568575 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2954  transcriptional regulator, LysR family  27.72 
 
 		 308 aa  89.4  6e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000398128  unclonable  0.0000000375451 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 325 aa  88.6  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 305 aa  88.2  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2373  transcriptional regulator, LysR family  25.61 
 
 		 300 aa  87.8  2e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2994  LysR family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 314 aa  87.4  3e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.735848  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6486  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 301 aa  85.5  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.898531  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3114  transcriptional regulator, LysR family  27.04 
 
 		 304 aa  82.8  0.000000000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3528  LysR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 287 aa  82.8  0.000000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235162  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2210  LysR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 287 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.441288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1835  LysR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 287 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5945  transcriptional regulator, LysR family  25.7 
 
 		 307 aa  81.3  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.626175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0701  transcriptional regulator, LysR family  29.15 
 
 		 307 aa  81.3  0.00000000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1855  transcriptional regulator, LysR family  27.57 
 
 		 308 aa  80.9  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  22.68 
 
 		 296 aa  80.9  0.00000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3682  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 286 aa  79.3  0.00000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.903074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  23.43 
 
 		 307 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4655  LysR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 310 aa  79  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0129573  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2063  transcriptional regulator, LysR family  25.84 
 
 		 295 aa  78.2  0.0000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.656887 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  23.63 
 
 		 329 aa  77.8  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3460  LysR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 287 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.143807  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  25.7 
 
 		 303 aa  77.4  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 304 aa  77.4  0.0000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0271  LysR family transcriptional regulator  23.43 
 
 		 295 aa  77  0.0000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0648353  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000644  transcriptional regulator LysR family  34.01 
 
 		 289 aa  77  0.0000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06511  transcriptional regulator  30.56 
 
 		 289 aa  76.3  0.0000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4082  putative transcriptional regulator  30.46 
 
 		 286 aa  76.3  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3562  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 296 aa  75.9  0.0000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  22.9 
 
 		 296 aa  76.3  0.0000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47310  LysR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 286 aa  75.9  0.0000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0038  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 294 aa  75.9  0.0000000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3264  transcriptional regulator, LysR family  25.44 
 
 		 290 aa  75.1  0.000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0821  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 295 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0342019  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 332 aa  75.5  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 297 aa  75.1  0.000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1345  transcriptional regulator, LysR family  22.97 
 
 		 307 aa  75.1  0.000000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 297 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3484  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.91 
 
 		 292 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.875325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0856  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 295 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.252777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3514  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 295 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0347689  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1367  LysR family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 302 aa  74.3  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0844  transcriptional regulator, LysR family  31.91 
 
 		 295 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.033432 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1688  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 292 aa  74.7  0.000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000776975  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3544  transcriptional regulator, LysR family  24.91 
 
 		 301 aa  73.9  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0349237  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3038  LysR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 290 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000600808  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 297 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4531  LysR family regulatory protein  23.43 
 
 		 295 aa  73.9  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3271  LysR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 290 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 297 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  26.67 
 
 		 297 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4616  LysR family regulatory protein  23.43 
 
 		 295 aa  73.9  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3257  translation initiation factor IF-2  26.57 
 
 		 297 aa  73.9  0.000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.22333 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4523  LysR family regulatory protein  23.43 
 
 		 295 aa  73.9  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  31.93 
 
 		 304 aa  73.9  0.000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4614  LysR family regulatory protein  23.43 
 
 		 295 aa  73.9  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.342206 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4666  LysR family regulatory protein  23.43 
 
 		 295 aa  73.9  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.54567  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2959  LysR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 290 aa  73.6  0.000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 297 aa  73.6  0.000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  26.22 
 
 		 297 aa  73.6  0.000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0028  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 299 aa  73.6  0.000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.391462  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  26.22 
 
 		 297 aa  73.6  0.000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  32.14 
 
 		 307 aa  73.2  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2145  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.59 
 
 		 304 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.276237  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1974  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 328 aa  73.2  0.000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00168317  normal  0.460832 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0110  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 273 aa  72.8  0.000000000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3294  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 294 aa  73.2  0.000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.438685 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2421  LysR substrate-binding  26.43 
 
 		 300 aa  72.8  0.000000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0630  transcriptional regulator, LysR family  25.29 
 
 		 299 aa  72.8  0.000000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000148774  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3775  LysR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 292 aa  72.8  0.000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1515  LysR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 292 aa  72.8  0.000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  25.84 
 
 		 297 aa  72.8  0.000000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3435  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 295 aa  72.4  0.000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0107817  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>