More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_3293 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008577  Shewana3_3293  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 308 aa  631  1e-180  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0997  LysR family transcriptional regulator  77.1 
 
 		 310 aa  483  1e-135  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0677  LysR family transcriptional regulator  45.57 
 
 		 294 aa  263  3e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2560  transcriptional regulator, LysR family protein  44.92 
 
 		 299 aa  262  6e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06732  transcriptional regulator  43.65 
 
 		 300 aa  257  1e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2364  regulatory protein, LysR  46.37 
 
 		 304 aa  258  1e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000824  transcriptional regulator LysR family  44.05 
 
 		 302 aa  254  1.0000000000000001e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00283098  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1630  LysR family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 297 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0274  LysR family transcriptional regulator  44.67 
 
 		 307 aa  247  2e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2975  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 298 aa  243  3e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3476  LysR family transcriptional regulator  43.52 
 
 		 312 aa  231  2e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00239218 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0697  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 321 aa  229  5e-59  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.191439  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00774  transcriptional regulator, LysR family protein  37.89 
 
 		 330 aa  214  1.9999999999999998e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0531  LysR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 290 aa  208  9e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.468222  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3655  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 290 aa  206  4e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.781642 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2875  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 289 aa  202  5e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00412762 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1023  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 289 aa  197  2.0000000000000003e-49  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2656  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 293 aa  191  1e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0213  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 300 aa  188  9e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1810  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 307 aa  185  8e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1813  transcriptional regulator, LysR family  36.12 
 
 		 288 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0139203  normal  0.0296636 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2653  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 288 aa  178  9e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.66408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2538  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 288 aa  178  1e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2531  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 288 aa  178  1e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.389044  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37930  LysR family transcriptional regulator protein  35.79 
 
 		 308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2297  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 288 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252143  normal  0.644367 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2221  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 288 aa  172  5e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0572523  normal  0.568575 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2430  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 288 aa  169  8e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2292  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 288 aa  167  2e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000123532  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 325 aa  97.4  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 297 aa  90.5  3e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  32.56 
 
 		 298 aa  90.1  4e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 297 aa  89.7  5e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1345  transcriptional regulator, LysR family  24.59 
 
 		 307 aa  89.7  5e-17  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  32.02 
 
 		 297 aa  89.4  7e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 297 aa  89.4  8e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 297 aa  89  9e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 297 aa  89  9e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 297 aa  89  9e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 297 aa  89  9e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  32.02 
 
 		 297 aa  88.6  1e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  32.02 
 
 		 297 aa  88.6  1e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  32.02 
 
 		 297 aa  89  1e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  32.75 
 
 		 298 aa  87  3e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 297 aa  87  4e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2915  transcriptional regulator, LysR family  36.11 
 
 		 305 aa  87  4e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1421  transcriptional regulator, LysR family  26.14 
 
 		 311 aa  85.9  8e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 296 aa  85.5  0.000000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  32.54 
 
 		 295 aa  85.5  0.000000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 298 aa  84.3  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1945  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 300 aa  84.7  0.000000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.551445  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4870  transcriptional regulator, LysR family  31.18 
 
 		 298 aa  83.6  0.000000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2539  LysR family transcriptional regulator  24.52 
 
 		 300 aa  83.6  0.000000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.224397  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0821  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 295 aa  82.8  0.000000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0342019  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0229  LysR family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 306 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  unclonable  0.00000000369009  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2954  transcriptional regulator, LysR family  32.96 
 
 		 308 aa  82.8  0.000000000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000398128  unclonable  0.0000000375451 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  21.78 
 
 		 295 aa  82.8  0.000000000000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1908  LysR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 292 aa  82.4  0.000000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.605315  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3257  translation initiation factor IF-2  30.81 
 
 		 297 aa  82.4  0.000000000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.22333 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2922  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 319 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7812  transcriptional regulator, LysR family  25.08 
 
 		 317 aa  82  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0237  LysR family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 306 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000000618389  unclonable  0.0000000000250683 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  31.79 
 
 		 303 aa  82  0.00000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1516  transcriptional regulator, LysR family  25.97 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 324 aa  82  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0856  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 295 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.252777  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 302 aa  81.3  0.00000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0844  transcriptional regulator, LysR family  31.77 
 
 		 295 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.033432 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  35.29 
 
 		 296 aa  81.3  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3514  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 295 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0347689  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12140  putative transcriptional regulator  34.91 
 
 		 297 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 305 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2373  transcriptional regulator, LysR family  25.73 
 
 		 300 aa  80.5  0.00000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0290  LysR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 309 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000353581  unclonable  0.0000000000404999 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1114  putative transcriptional regulator  34.09 
 
 		 301 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  35.29 
 
 		 296 aa  80.9  0.00000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3760  transcriptional regulator, LysR family  31.72 
 
 		 320 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1224  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 289 aa  80.5  0.00000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4460  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 291 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.220159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3153  LysR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 295 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00364917  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0176  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 334 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4207  LysR substrate-binding protein  25.56 
 
 		 297 aa  80.9  0.00000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2919  LysR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 305 aa  80.9  0.00000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.395037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  32.19 
 
 		 304 aa  80.5  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2796  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 309 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000015017  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1662  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 309 aa  80.1  0.00000000000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000992806  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0699  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 295 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3996  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 291 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  29.48 
 
 		 307 aa  79.7  0.00000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3114  transcriptional regulator, LysR family  26.13 
 
 		 304 aa  79.7  0.00000000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3435  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 295 aa  79.7  0.00000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0107817  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0843  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 293 aa  79.3  0.00000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3818  LysR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 297 aa  79.3  0.00000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.493989  normal  0.173651 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1115  transcriptional regulator, LysR family  23.32 
 
 		 301 aa  79.3  0.00000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1772  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 323 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.6565  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1683  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 323 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0193555  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0254  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 323 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1730  LysR family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 293 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3562  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 296 aa  79  0.0000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0758  LysR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 301 aa  78.6  0.0000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.733983  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>