More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3996 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_3996  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 291 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4460  LysR family transcriptional regulator  99.66 
 
 		 291 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.220159  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5738  LysR family transcriptional regulator  94.85 
 
 		 291 aa  549  1e-155  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0329452  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3801  LysR family transcriptional regulator  94.85 
 
 		 291 aa  549  1e-155  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4567  LysR family transcriptional regulator  94.85 
 
 		 291 aa  549  1e-155  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.17477  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4076  LysR family transcriptional regulator  93.08 
 
 		 295 aa  534  1e-151  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1278  LysR family transcriptional regulator  93.47 
 
 		 291 aa  524  1e-148  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.492603  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1188  LysR family transcriptional regulator  69.55 
 
 		 298 aa  384  1e-106  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.275239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0570  LysR family transcriptional regulator  68.86 
 
 		 303 aa  384  1e-105  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4154  transcriptional regulator, LysR family  69.2 
 
 		 299 aa  378  1e-104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6818  transcriptional regulator, LysR family  44.13 
 
 		 294 aa  193  2e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1486  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 291 aa  187  2e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1889  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 291 aa  185  7e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 292 aa  157  2e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 296 aa  151  1e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 293 aa  149  4e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4595  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.645659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 295 aa  146  5e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2608  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6619  transcriptional regulator, LysR family  34.46 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0607  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 296 aa  142  6e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.693427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0350  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 295 aa  142  8e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.334528  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0157  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 296 aa  142  9e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0640  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 296 aa  142  9e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 298 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 297 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 296 aa  140  3e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 299 aa  140  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0535  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 296 aa  140  3e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.524385  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1134  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 294 aa  139  3.9999999999999997e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  31.14 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3724  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 300 aa  137  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.282606 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  31.14 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  31.14 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 302 aa  138  1e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  31.14 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  31.14 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_003296  RS03179  transcription regulator protein  32.75 
 
 		 310 aa  137  2e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.379949  normal  0.13271 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46680  Transcriptional regulator, LysR-family  35.15 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3273  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 293 aa  137  2e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.215219 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1672  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 295 aa  137  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.57433  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  30.8 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  30.8 
 
 		 301 aa  136  4e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 289 aa  135  7.000000000000001e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4070  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 297 aa  135  8e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.409277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4202  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 295 aa  135  9e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.932359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1527  LysR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 303 aa  134  9.999999999999999e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.25562 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  32.75 
 
 		 302 aa  132  7.999999999999999e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4628  transcriptional regulator, LysR family  34.83 
 
 		 292 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0890971  normal  0.246233 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2244  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 301 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2466  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 304 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.708031  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 302 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 296 aa  130  3e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2682  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 323 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49340  LysR family transcriptional regulator protein  33.22 
 
 		 312 aa  129  4.0000000000000003e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0445  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 295 aa  129  5.0000000000000004e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.294779  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2778  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 302 aa  129  5.0000000000000004e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23055  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2671  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 299 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0656105  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1969  transcriptional regulator, LysR family  29.87 
 
 		 308 aa  129  6e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2332  transcriptional regulator, LysR family  29.87 
 
 		 308 aa  129  6e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.194223  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04822  transcription regulator protein  31.88 
 
 		 306 aa  129  7.000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05669  transcription regulator protein  31.88 
 
 		 306 aa  129  7.000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3424  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 296 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  36.36 
 
 		 295 aa  128  9.000000000000001e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4630  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 295 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.133598  hitchhiker  0.000277503 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3561  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1850  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 328 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2461  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 328 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3722  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 307 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 309 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3091  transcriptional regulator, LysR family  36.05 
 
 		 304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.339744  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0664  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 295 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0825274 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2120  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 319 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.085988 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2537  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 299 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3404  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 293 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.729223  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 296 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2243  transcriptional regulator, LysR family  32.41 
 
 		 296 aa  126  4.0000000000000003e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2994  LysR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 295 aa  126  4.0000000000000003e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0317639  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4587  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 298 aa  126  5e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.781824  normal  0.831534 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4167  LysR substrate-binding protein  32.88 
 
 		 295 aa  126  5e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.767565  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4453  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 298 aa  126  5e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.47384 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  35.06 
 
 		 306 aa  126  5e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  36.22 
 
 		 296 aa  125  6e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  36.51 
 
 		 296 aa  125  6e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2138  transcriptional regulator, LysR family  36.09 
 
 		 337 aa  125  8.000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0184  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 323 aa  124  1e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3509  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 319 aa  125  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.633276 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  30.27 
 
 		 302 aa  125  1e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2690  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  30.58 
 
 		 297 aa  125  1e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02429  DNA-binding transcriptional activator of 3-phenylpropionic acid catabolism  30.24 
 
 		 296 aa  124  2e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2822  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  30.24 
 
 		 296 aa  124  2e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.922303  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1140  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  30.24 
 
 		 296 aa  124  2e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2689  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  30.24 
 
 		 296 aa  124  2e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00584589  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3769  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  30.24 
 
 		 296 aa  124  2e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1900  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 323 aa  124  2e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>