More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3388 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3388  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 305 aa  616  1e-175  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.604965 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0300  transcriptional regulator, LysR family  46.74 
 
 		 301 aa  261  2e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0014  LysR family transcriptional regulator  48.46 
 
 		 299 aa  260  3e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3918  transcriptional regulator, LysR family  47.99 
 
 		 299 aa  257  2e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.369694  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0181  LysR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 314 aa  255  8e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.835722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2989  LysR family transcriptional regulator  48.63 
 
 		 299 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3998  LysR family transcriptional regulator  48.63 
 
 		 299 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2930  LysR family transcriptional regulator  48.63 
 
 		 299 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1613  LysR family transcriptional regulator  48.63 
 
 		 299 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0203  LysR family transcriptional regulator  48.63 
 
 		 299 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3380  LysR family transcriptional regulator  48.63 
 
 		 299 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.771452  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4072  LysR family transcriptional regulator  48.63 
 
 		 299 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3334  LysR family transcriptional regulator  48.63 
 
 		 299 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0988  LysR family transcriptional regulator  44.91 
 
 		 310 aa  248  1e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.665564 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3052  LysR family transcriptional regulator  46.23 
 
 		 299 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3373  LysR family transcriptional regulator  46.85 
 
 		 295 aa  237  2e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0083  LysR family transcriptional regulator  47.6 
 
 		 299 aa  231  1e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3262  LysR family transcriptional regulator  47.6 
 
 		 299 aa  231  2e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.467777 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0072  LysR family transcriptional regulator  47.6 
 
 		 312 aa  230  2e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2974  LysR family transcriptional regulator  46.58 
 
 		 312 aa  227  2e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0081  LysR family transcriptional regulator  46.58 
 
 		 312 aa  227  2e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0081  LysR family transcriptional regulator  47.12 
 
 		 312 aa  226  3e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0099  LysR family transcriptional regulator  46.92 
 
 		 312 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2092  transcriptional regulator, LysR family  38.87 
 
 		 298 aa  205  9e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1198  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 296 aa  187  1e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.369484  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03093  transcription regulator protein  38.62 
 
 		 297 aa  183  3e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.386003 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4798  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 304 aa  160  3e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0115843  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2122  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 296 aa  144  2e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.371996  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2130  transcriptional regulator, LysR family  29.25 
 
 		 292 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.175681  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2178  transcriptional regulator, LysR family  29.25 
 
 		 292 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0263296  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1036  transcriptional regulator, LysR family  35.57 
 
 		 291 aa  135  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.391737  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3456  transcriptional regulator, LysR family  29.97 
 
 		 296 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.192038  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1600  LysR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 310 aa  111  2.0000000000000002e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.102225 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1556  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 309 aa  103  4e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00011369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6428  LysR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 301 aa  93.2  5e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.410616 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6140  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 301 aa  91.7  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2465  transcriptional regulator, LysR family  36.57 
 
 		 423 aa  92  1e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2549  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  25.41 
 
 		 298 aa  90.5  3e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.512449  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1039  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 321 aa  89.4  6e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.204243  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  28.08 
 
 		 288 aa  89.7  6e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17090  Transcriptional regulator, LysR family  27.49 
 
 		 299 aa  89.7  6e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00477  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  24 
 
 		 304 aa  89.4  7e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 309 aa  89  9e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1845  LysR family transcriptional regulator  39.35 
 
 		 303 aa  87.8  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000102688 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5426  transcriptional regulator, LysR family  30.68 
 
 		 294 aa  88.2  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.954201 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0989  transcriptional regulator, LysR family  30.97 
 
 		 321 aa  87.4  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4214  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  27.43 
 
 		 296 aa  87  3e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2874  transcriptional regulator, LysR family  25.75 
 
 		 317 aa  87  4e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000130864  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04020  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  25.18 
 
 		 290 aa  86.7  5e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.057098  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0871  transcriptional regulator, LysR family  25.42 
 
 		 317 aa  86.3  6e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0791  LysR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 317 aa  86.3  6e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5858  LysR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 317 aa  86.3  6e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.845274  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2894  LysR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 317 aa  86.3  6e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0369741  normal  0.204254 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2590  transcriptional regulator, LysR family  25.42 
 
 		 317 aa  86.3  6e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5002  LysR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 317 aa  86.3  6e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0822  LysR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 317 aa  86.3  6e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.835428  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4320  LysR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 317 aa  86.3  6e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.279054  hitchhiker  0.0097659 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0795  LysR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 317 aa  85.9  7e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2983  LysR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 317 aa  85.9  8e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  24.67 
 
 		 292 aa  85.9  9e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4022  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  27.08 
 
 		 296 aa  85.9  9e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0184  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 323 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2711  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 292 aa  85.1  0.000000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.991378  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1461  transcriptional regulator, LysR family  38.36 
 
 		 301 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3242  LysR family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 317 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.42821 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4682  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 291 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16132  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5092  LysR family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 317 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.478333 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5247  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 317 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2246  transcriptional regulator, LysR family  29.22 
 
 		 321 aa  84  0.000000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.604756 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2240  LysR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 292 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1312  LysR family transcriptional regulator  40.44 
 
 		 305 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0843658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53720  transcriptional regulator  30.25 
 
 		 294 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0163638  hitchhiker  0.00327626 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0071  putative transcriptional regulator LysR-type  36.11 
 
 		 292 aa  83.2  0.000000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000120497  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0928  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 304 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.830783  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1410  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 304 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.807333  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1748  LysR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 297 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.8769 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1388  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 304 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.275315 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1905  LysR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 304 aa  83.2  0.000000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.204877 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0454  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 341 aa  83.2  0.000000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.499714  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1424  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 337 aa  83.2  0.000000000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18619  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0706  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 341 aa  83.2  0.000000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.897426  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1638  transcriptional regulator  37.58 
 
 		 341 aa  83.2  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.511589  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1661  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 341 aa  83.2  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.557878  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 316 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0449  transcriptional regulator, LysR family  32.21 
 
 		 297 aa  82.8  0.000000000000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2269  transcriptional regulator, LysR family  29.03 
 
 		 303 aa  82.8  0.000000000000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1290  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 309 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.109093  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 316 aa  82.4  0.000000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4703  transcriptional regulator  29.83 
 
 		 294 aa  82.4  0.000000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2823  transcriptional regulator, LysR family  40.44 
 
 		 305 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.135524  normal  0.141091 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 293 aa  82.4  0.000000000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3400  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 296 aa  81.6  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0974424  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2263  transcriptional regulator, LysR family  26.95 
 
 		 299 aa  81.6  0.00000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3045  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 296 aa  82.4  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.458337  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2002  transcriptional regulator, LysR family  41.3 
 
 		 292 aa  82  0.00000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3635  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 318 aa  82  0.00000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.287506  normal  0.0415744 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2847  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 306 aa  82  0.00000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1683  LysR substrate-binding  41.3 
 
 		 292 aa  82  0.00000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3231  transcriptional regulator, LysR family  26.83 
 
 		 291 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.421625  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3202  transcriptional regulator, LysR family  31.33 
 
 		 298 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>