More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_0083 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010551  BamMC406_0083  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  587  1e-166  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0072  LysR family transcriptional regulator  99 
 
 		 312 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0081  LysR family transcriptional regulator  95.65 
 
 		 312 aa  509  1e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2974  LysR family transcriptional regulator  95.65 
 
 		 312 aa  509  1e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0099  LysR family transcriptional regulator  95.65 
 
 		 312 aa  508  1e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3262  LysR family transcriptional regulator  94.98 
 
 		 299 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.467777 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0081  LysR family transcriptional regulator  93.98 
 
 		 312 aa  502  1e-141  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0014  LysR family transcriptional regulator  83.22 
 
 		 299 aa  498  1e-140  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3918  transcriptional regulator, LysR family  82.55 
 
 		 299 aa  495  1e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.369694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3334  LysR family transcriptional regulator  86.62 
 
 		 299 aa  484  1e-136  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2930  LysR family transcriptional regulator  85.95 
 
 		 299 aa  482  1e-135  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3998  LysR family transcriptional regulator  85.95 
 
 		 299 aa  482  1e-135  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4072  LysR family transcriptional regulator  85.95 
 
 		 299 aa  482  1e-135  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0203  LysR family transcriptional regulator  85.95 
 
 		 299 aa  482  1e-135  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3380  LysR family transcriptional regulator  85.95 
 
 		 299 aa  482  1e-135  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.771452  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2989  LysR family transcriptional regulator  85.95 
 
 		 299 aa  482  1e-135  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1613  LysR family transcriptional regulator  85.95 
 
 		 299 aa  482  1e-135  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3052  LysR family transcriptional regulator  82.55 
 
 		 299 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3373  LysR family transcriptional regulator  59.4 
 
 		 295 aa  323  2e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0300  transcriptional regulator, LysR family  58.25 
 
 		 301 aa  314  9.999999999999999e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0181  LysR family transcriptional regulator  55.48 
 
 		 314 aa  303  2.0000000000000002e-81  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.835722  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0988  LysR family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 310 aa  268  5.9999999999999995e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.665564 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3388  LysR family transcriptional regulator  47.6 
 
 		 305 aa  254  9e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.604965 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1198  LysR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 296 aa  208  9e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.369484  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2092  transcriptional regulator, LysR family  38.38 
 
 		 298 aa  195  8.000000000000001e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03093  transcription regulator protein  39.73 
 
 		 297 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.386003 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3456  transcriptional regulator, LysR family  37.92 
 
 		 296 aa  168  9e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.192038  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4798  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 304 aa  168  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0115843  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2122  transcriptional regulator, LysR family  35.79 
 
 		 296 aa  157  2e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.371996  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1036  transcriptional regulator, LysR family  37.2 
 
 		 291 aa  137  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.391737  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2130  transcriptional regulator, LysR family  30.43 
 
 		 292 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.175681  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2178  transcriptional regulator, LysR family  30.43 
 
 		 292 aa  134  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0263296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1600  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 310 aa  126  5e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.102225 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2465  transcriptional regulator, LysR family  43.82 
 
 		 423 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2246  transcriptional regulator, LysR family  32.05 
 
 		 321 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.604756 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5612  LysR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 294 aa  109  7.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3012  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 296 aa  107  2e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3058  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 296 aa  107  2e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3027  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 296 aa  107  3e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.210707  normal  0.0983391 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3691  transcriptional regulator, LysR family  34.13 
 
 		 301 aa  103  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6402  LysR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 306 aa  103  5e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.356896  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2558  DNA-binding transcriptional activator XapR  29.46 
 
 		 294 aa  103  5e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000632847  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 297 aa  102  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1258  transcriptional regulator, LysR family  29.07 
 
 		 294 aa  101  2e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000639687  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 298 aa  101  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2065  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 320 aa  100  2e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.102765  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1329  LysR family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 304 aa  100  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1388  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 304 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.275315 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1410  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 304 aa  100  4e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.807333  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3561  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 297 aa  100  4e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0928  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 304 aa  100  4e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.830783  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1290  LysR family transcriptional regulator  38.76 
 
 		 309 aa  100  4e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.109093  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4554  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 305 aa  99.8  5e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 298 aa  99.8  5e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4050  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 308 aa  99.4  7e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 298 aa  99  8e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1905  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 304 aa  99  9e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.204877 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1543  transcriptional regulator, LysR family  31.08 
 
 		 298 aa  99  9e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.114968 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1491  LysR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 308 aa  98.6  1e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00327558 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 298 aa  99  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4070  LysR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 297 aa  97.8  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.409277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 306 aa  97.8  2e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 298 aa  97.4  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 298 aa  97.4  3e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2243  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 289 aa  96.3  5e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  28.03 
 
 		 319 aa  96.3  5e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2932  DNA-binding transcriptional activator XapR  27.55 
 
 		 294 aa  95.1  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000456471  normal  0.0988351 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2848  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 310 aa  95.5  1e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93078  normal  0.0328698 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 305 aa  94.7  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 318 aa  94.7  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3737  LysR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 292 aa  94.7  2e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.440992 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 296 aa  94  3e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1110  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 300 aa  93.6  3e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1326  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 322 aa  93.6  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.138103  normal  0.40975 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3723  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 322 aa  94  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.162461  hitchhiker  0.00150053 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0528  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 301 aa  93.6  3e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000454001 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2243  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 302 aa  94  3e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.839693  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.93 
 
 		 307 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  27.6 
 
 		 300 aa  93.2  4e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0975  LysR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 309 aa  93.6  4e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00417013 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 309 aa  93.2  4e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3522  transcriptional regulator, LysR family  26.51 
 
 		 283 aa  93.2  5e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 332 aa  92.8  6e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1832  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 300 aa  92.8  6e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1508  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 307 aa  92.8  6e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000734154  hitchhiker  0.000350474 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2682  LysR family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 323 aa  92.8  7e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2678  DNA-binding transcriptional activator XapR  28.74 
 
 		 294 aa  92.4  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0441451  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 316 aa  92  9e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2069  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 295 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.450351  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2612  DNA-binding transcriptional activator XapR  27.89 
 
 		 294 aa  91.7  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0177144  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3638  LysR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 316 aa  91.7  1e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000174199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2823  transcriptional regulator, LysR family  33.19 
 
 		 305 aa  92  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.135524  normal  0.141091 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2563  DNA-binding transcriptional activator XapR  28.74 
 
 		 294 aa  92  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000012261  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4879  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 291 aa  92  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.735479 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3114  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 304 aa  91.7  1e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6140  LysR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 301 aa  90.9  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2784  DNA-binding transcriptional activator XapR  28.74 
 
 		 294 aa  91.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00240936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2654  DNA-binding transcriptional activator XapR  28.74 
 
 		 294 aa  91.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00016667  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2461  LysR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 328 aa  91.3  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 300 aa  91.7  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>