More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0300 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0300  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 301 aa  589  1e-167  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0181  LysR family transcriptional regulator  70.87 
 
 		 314 aa  403  1e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.835722  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0014  LysR family transcriptional regulator  58.59 
 
 		 299 aa  329  3e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3918  transcriptional regulator, LysR family  58.25 
 
 		 299 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.369694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3373  LysR family transcriptional regulator  57.82 
 
 		 295 aa  306  3e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3052  LysR family transcriptional regulator  56.04 
 
 		 299 aa  301  7.000000000000001e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3334  LysR family transcriptional regulator  57.24 
 
 		 299 aa  295  5e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3998  LysR family transcriptional regulator  56.57 
 
 		 299 aa  293  2e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4072  LysR family transcriptional regulator  56.57 
 
 		 299 aa  293  2e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2930  LysR family transcriptional regulator  56.57 
 
 		 299 aa  293  2e-78  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2989  LysR family transcriptional regulator  56.57 
 
 		 299 aa  293  2e-78  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0203  LysR family transcriptional regulator  56.57 
 
 		 299 aa  293  2e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3380  LysR family transcriptional regulator  56.57 
 
 		 299 aa  293  2e-78  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.771452  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1613  LysR family transcriptional regulator  56.57 
 
 		 299 aa  293  2e-78  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0072  LysR family transcriptional regulator  58.25 
 
 		 312 aa  280  1e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0099  LysR family transcriptional regulator  57.91 
 
 		 312 aa  280  2e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0083  LysR family transcriptional regulator  58.25 
 
 		 299 aa  280  2e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0081  LysR family transcriptional regulator  57.58 
 
 		 312 aa  279  3e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0081  LysR family transcriptional regulator  57.58 
 
 		 312 aa  278  1e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2974  LysR family transcriptional regulator  57.58 
 
 		 312 aa  278  1e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3262  LysR family transcriptional regulator  56.71 
 
 		 299 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.467777 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0988  LysR family transcriptional regulator  47.16 
 
 		 310 aa  265  8.999999999999999e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.665564 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3388  LysR family transcriptional regulator  46.74 
 
 		 305 aa  261  1e-68  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.604965 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1198  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 296 aa  195  7e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.369484  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2092  transcriptional regulator, LysR family  38.31 
 
 		 298 aa  194  1e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03093  transcription regulator protein  40.34 
 
 		 297 aa  179  4e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.386003 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4798  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 304 aa  177  2e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0115843  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2122  transcriptional regulator, LysR family  34.23 
 
 		 296 aa  152  5.9999999999999996e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.371996  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1036  transcriptional regulator, LysR family  38.37 
 
 		 291 aa  148  1.0000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.391737  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3456  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 296 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.192038  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1600  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 310 aa  130  2.0000000000000002e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.102225 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2130  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.175681  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2178  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 292 aa  127  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0263296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2246  transcriptional regulator, LysR family  31.61 
 
 		 321 aa  116  3.9999999999999997e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.604756 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1045  transcriptional regulator, LysR family  32.8 
 
 		 303 aa  99.4  7e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3561  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 297 aa  93.6  4e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6402  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 306 aa  93.2  5e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.356896  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2876  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 310 aa  92.8  6e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.692087 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2633  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 305 aa  92.4  8e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.787388  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3114  transcriptional regulator, LysR family  31.94 
 
 		 304 aa  91.7  2e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3027  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 296 aa  91.3  2e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.210707  normal  0.0983391 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0236  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 293 aa  91.3  2e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0946906  normal  0.151625 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2065  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 320 aa  90.9  2e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.102765  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5426  transcriptional regulator, LysR family  31.37 
 
 		 294 aa  90.9  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.954201 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2671  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 299 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0656105  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 316 aa  89.4  7e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2801  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  25.26 
 
 		 294 aa  89  9e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4518  LysR family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 306 aa  89  9e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3058  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 296 aa  89  9e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3012  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 296 aa  89  9e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 318 aa  87.8  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 297 aa  87.8  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  28.16 
 
 		 295 aa  88.2  2e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381269  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3479  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 297 aa  87.8  2e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2466  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 304 aa  87.8  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.708031  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 292 aa  87.4  2e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2682  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 323 aa  87  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2775  transcriptional regulator, LysR family  36.84 
 
 		 297 aa  87.4  3e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.332368  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1027  LysR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 299 aa  87  3e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.174873 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2711  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 292 aa  87  3e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.991378  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3462  LysR family transcriptional regulator  36.53 
 
 		 296 aa  86.7  4e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0989  transcriptional regulator, LysR family  26.95 
 
 		 321 aa  86.7  4e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34290  Transcriptional regualtor, LysR family  38.13 
 
 		 294 aa  86.7  5e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2461  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 328 aa  86.3  5e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 306 aa  86.3  5e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1850  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 328 aa  86.3  5e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0746  transcriptional regulator, LysR family  41.55 
 
 		 298 aa  86.3  6e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.265691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 309 aa  86.3  6e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4431  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 291 aa  85.9  7e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2558  DNA-binding transcriptional activator XapR  25.7 
 
 		 294 aa  85.9  7e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000632847  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2086  transcriptional regulator, LysR family  31.6 
 
 		 307 aa  85.9  7e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.363313  normal  0.654508 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0841  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 309 aa  85.9  7e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.697299  normal  0.209982 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1007  fhu operon transcription regulator  31.94 
 
 		 296 aa  85.9  8e-16  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000456933  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6072  transcriptional regulator, LysR family  38.19 
 
 		 311 aa  85.5  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1323  LysR family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 302 aa  85.5  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0574194 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2724  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 293 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0713788  normal  0.0834627 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1224  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 289 aa  85.1  0.000000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  36.08 
 
 		 295 aa  85.1  0.000000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2215  transcriptional regulator, LysR family  34.43 
 
 		 314 aa  85.5  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0880  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 295 aa  85.1  0.000000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000302502 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1832  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 300 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 289 aa  85.5  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 298 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 298 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4609  transcriptional regulator, LysR family  37.06 
 
 		 289 aa  84.7  0.000000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.461419 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3179  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 299 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2411  transcription regulator protein  30 
 
 		 311 aa  84.3  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.34 
 
 		 304 aa  84.3  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  38.22 
 
 		 298 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 299 aa  84.3  0.000000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0537  LysR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 308 aa  84.3  0.000000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.747405  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2454  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 321 aa  84.7  0.000000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.332878  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0175  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 302 aa  84.3  0.000000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.602241  normal  0.0372511 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4070  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 297 aa  84.7  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.409277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2537  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 299 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2675  transcriptional regulator, LysR family  33.88 
 
 		 314 aa  84.7  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8824  transcriptional regulator, LysR family  29.23 
 
 		 316 aa  84.7  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00799583 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4718  LysR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 300 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0423403 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  32.08 
 
 		 302 aa  84  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 306 aa  84  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150057 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>