More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_4798 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_4798  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 304 aa  588  1e-167  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0115843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1198  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 296 aa  186  5e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.369484  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3918  transcriptional regulator, LysR family  39.73 
 
 		 299 aa  182  7e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.369694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0014  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 299 aa  177  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0300  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 301 aa  176  4e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03093  transcription regulator protein  37.93 
 
 		 297 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.386003 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3380  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 299 aa  172  5e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.771452  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1613  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 299 aa  172  5e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2989  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 299 aa  172  5e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2930  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 299 aa  172  5e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0203  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 299 aa  172  5e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4072  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 299 aa  172  5e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3998  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 299 aa  172  5e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3334  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 299 aa  171  1e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2092  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 298 aa  166  5e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3052  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3373  LysR family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 295 aa  160  3e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3388  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 305 aa  160  3e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.604965 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0081  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 312 aa  156  3e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2122  transcriptional regulator, LysR family  34.14 
 
 		 296 aa  155  6e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.371996  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2178  transcriptional regulator, LysR family  31.38 
 
 		 292 aa  152  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0263296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2130  transcriptional regulator, LysR family  31.38 
 
 		 292 aa  152  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.175681  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0988  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 310 aa  150  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.665564 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0072  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 312 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0083  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 299 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2974  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 312 aa  149  7e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0081  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 312 aa  149  7e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3262  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 299 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.467777 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0099  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 312 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1036  transcriptional regulator, LysR family  36.08 
 
 		 291 aa  145  8.000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.391737  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0181  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 314 aa  143  4e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.835722  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3456  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 296 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.192038  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1600  LysR family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 310 aa  113  3e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.102225 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 318 aa  97.1  3e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  29.92 
 
 		 319 aa  96.7  5e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2246  transcriptional regulator, LysR family  31.35 
 
 		 321 aa  96.3  5e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.604756 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  25.87 
 
 		 300 aa  95.9  7e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2465  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 423 aa  94.4  2e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  27.42 
 
 		 307 aa  94.4  2e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 297 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 297 aa  93.2  5e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 297 aa  93.2  5e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 305 aa  92  1e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  25.48 
 
 		 300 aa  92  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  25.08 
 
 		 314 aa  91.3  2e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0963  LysR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 294 aa  89.7  5e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4609  transcriptional regulator, LysR family  37.32 
 
 		 289 aa  89.7  6e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.461419 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 309 aa  89.4  7e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 297 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 299 aa  87  4e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0799  transcriptional regulator  25.93 
 
 		 296 aa  85.9  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.603179  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0858  transcriptional regulator  25.93 
 
 		 296 aa  85.9  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.311751  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0380  transcriptional regulator LysR family  31.21 
 
 		 309 aa  85.1  0.000000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0827  transcriptional regulator  25.93 
 
 		 296 aa  85.5  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.237922  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2962  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 301 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.478402  normal  0.502508 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1547  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 292 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.240499 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  25.61 
 
 		 289 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0263  putative transcriptional regulator  27.35 
 
 		 300 aa  84.3  0.000000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1151  transcriptional regulator, LysR family  37.01 
 
 		 302 aa  84.7  0.000000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4879  transcriptional regulator, LysR family  34.8 
 
 		 298 aa  84.7  0.000000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5426  transcriptional regulator, LysR family  32.67 
 
 		 294 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.954201 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 307 aa  83.6  0.000000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0890  transcriptional regulator  25.51 
 
 		 296 aa  84  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.12488  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1224  LysR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 289 aa  84  0.000000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3293  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 313 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2574  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 303 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3577  transcriptional regulator, LysR family  35.8 
 
 		 298 aa  83.6  0.000000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0937432  normal  0.112769 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  28.9 
 
 		 297 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  24.59 
 
 		 308 aa  83.2  0.000000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3143  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 317 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  24.59 
 
 		 308 aa  83.2  0.000000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 286 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1984  LysR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 292 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  0.045506 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2724  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 293 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0713788  normal  0.0834627 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4123  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 302 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.454072 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3775  LysR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 292 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1515  LysR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 292 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02660  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 306 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.319663  normal  0.331966 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2253  transcriptional regulator, LysR family  29.69 
 
 		 303 aa  82  0.00000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.105468  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0303  putative transcriptional regulator  28.86 
 
 		 306 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2454  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 321 aa  81.3  0.00000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.332878  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3213  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 283 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.146504  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1618  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 311 aa  81.3  0.00000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.340872  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0644  regulatory protein, LysR  32.27 
 
 		 289 aa  80.9  0.00000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34290  Transcriptional regualtor, LysR family  28.94 
 
 		 294 aa  81.3  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1747  transcriptional regulator, LysR family  23.93 
 
 		 283 aa  80.9  0.00000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.337394  normal  0.482419 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01251  DNA-binding transcriptional dual regulator, O-acetyl-L-serine-binding  27.13 
 
 		 324 aa  80.1  0.00000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.255079  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2374  transcriptional regulator, LysR family  27.13 
 
 		 324 aa  80.1  0.00000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00240492  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1475  transcriptional regulator CysB  27.13 
 
 		 324 aa  80.1  0.00000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00044374  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1345  transcriptional regulator, LysR family  28.78 
 
 		 307 aa  80.5  0.00000000000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1907  transcriptional regulator CysB  27.13 
 
 		 324 aa  80.1  0.00000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0524894  hitchhiker  2.34231e-17 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1308  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 302 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.565063 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2353  transcriptional regulator CysB  27.13 
 
 		 324 aa  80.1  0.00000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0011024  unclonable  0.000000022716 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1384  transcriptional regulator CysB  27.13 
 
 		 324 aa  80.1  0.00000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1501  transcriptional regulator CysB  27.13 
 
 		 324 aa  80.1  0.00000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.7918  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2065  LysR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 320 aa  80.1  0.00000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.102765  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01261  hypothetical protein  27.13 
 
 		 324 aa  80.1  0.00000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.234561  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3060  transcriptional regulator, LysR family  34.42 
 
 		 293 aa  80.5  0.00000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000262954  decreased coverage  0.0000000999677 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1856  transcriptional regulator CysB  27.13 
 
 		 324 aa  80.1  0.00000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.314733  hitchhiker  2.57931e-19 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1427  LysR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 294 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.932043 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>