More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_0181 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_0181  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 314 aa  624  1e-178  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.835722  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0300  transcriptional regulator, LysR family  70.87 
 
 		 301 aa  418  1e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0014  LysR family transcriptional regulator  57.1 
 
 		 299 aa  329  3e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3918  transcriptional regulator, LysR family  56.77 
 
 		 299 aa  324  1e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.369694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3334  LysR family transcriptional regulator  56.45 
 
 		 299 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3998  LysR family transcriptional regulator  56.13 
 
 		 299 aa  308  5.9999999999999995e-83  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2930  LysR family transcriptional regulator  56.13 
 
 		 299 aa  308  5.9999999999999995e-83  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0203  LysR family transcriptional regulator  56.13 
 
 		 299 aa  308  5.9999999999999995e-83  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2989  LysR family transcriptional regulator  56.13 
 
 		 299 aa  308  5.9999999999999995e-83  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3380  LysR family transcriptional regulator  56.13 
 
 		 299 aa  308  5.9999999999999995e-83  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.771452  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1613  LysR family transcriptional regulator  56.13 
 
 		 299 aa  308  5.9999999999999995e-83  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4072  LysR family transcriptional regulator  56.13 
 
 		 299 aa  308  5.9999999999999995e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3373  LysR family transcriptional regulator  53.23 
 
 		 295 aa  297  2e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3052  LysR family transcriptional regulator  52.9 
 
 		 299 aa  293  2e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0072  LysR family transcriptional regulator  55.31 
 
 		 312 aa  285  9e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2974  LysR family transcriptional regulator  54.98 
 
 		 312 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0081  LysR family transcriptional regulator  54.98 
 
 		 312 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0083  LysR family transcriptional regulator  55.48 
 
 		 299 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0099  LysR family transcriptional regulator  54.98 
 
 		 312 aa  282  4.0000000000000003e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3262  LysR family transcriptional regulator  54.52 
 
 		 299 aa  279  6e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.467777 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0081  LysR family transcriptional regulator  54.34 
 
 		 312 aa  276  4e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3388  LysR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 305 aa  268  1e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.604965 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0988  LysR family transcriptional regulator  46.79 
 
 		 310 aa  264  1e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.665564 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1198  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 296 aa  181  1e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.369484  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2092  transcriptional regulator, LysR family  36.1 
 
 		 298 aa  179  8e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03093  transcription regulator protein  39.14 
 
 		 297 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.386003 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4798  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 304 aa  147  3e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0115843  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1036  transcriptional regulator, LysR family  35.83 
 
 		 291 aa  143  3e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.391737  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2122  transcriptional regulator, LysR family  31.51 
 
 		 296 aa  139  7.999999999999999e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.371996  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1600  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 310 aa  127  2.0000000000000002e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.102225 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3456  transcriptional regulator, LysR family  30.26 
 
 		 296 aa  122  9e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.192038  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2130  transcriptional regulator, LysR family  31.06 
 
 		 292 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.175681  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2178  transcriptional regulator, LysR family  31.06 
 
 		 292 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0263296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2246  transcriptional regulator, LysR family  31.6 
 
 		 321 aa  106  7e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.604756 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5426  transcriptional regulator, LysR family  32.82 
 
 		 294 aa  95.1  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.954201 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2086  transcriptional regulator, LysR family  30.83 
 
 		 307 aa  93.6  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.363313  normal  0.654508 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3257  translation initiation factor IF-2  31.5 
 
 		 297 aa  92  1e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.22333 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3561  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 297 aa  90.5  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2875  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 297 aa  89  9e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2323  transcriptional regulator, LysR family  29.55 
 
 		 307 aa  88.6  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2454  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 321 aa  88.6  1e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.332878  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3114  transcriptional regulator, LysR family  26.67 
 
 		 304 aa  87  3e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0236  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 293 aa  86.3  7e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0946906  normal  0.151625 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0880  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 295 aa  86.3  7e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000302502 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4518  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 306 aa  85.1  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1007  fhu operon transcription regulator  35.92 
 
 		 296 aa  85.1  0.000000000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000456933  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 292 aa  85.1  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  39.57 
 
 		 286 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 309 aa  84  0.000000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4070  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 297 aa  84  0.000000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.409277  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26180  transcriptional regulator  30.22 
 
 		 302 aa  83.6  0.000000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.112143  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2775  transcriptional regulator, LysR family  31.65 
 
 		 297 aa  83.6  0.000000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.332368  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  27.74 
 
 		 300 aa  83.6  0.000000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1045  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 303 aa  83.2  0.000000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2848  LysR family transcriptional regulator  36.53 
 
 		 310 aa  83.2  0.000000000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93078  normal  0.0328698 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6402  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 306 aa  82.8  0.000000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.356896  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3722  transcriptional regulator, LysR family  31.58 
 
 		 302 aa  82.8  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.791841 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0071  putative transcriptional regulator LysR-type  35.48 
 
 		 292 aa  82.4  0.000000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000120497  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2876  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 310 aa  82.4  0.000000000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.692087 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6126  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 302 aa  81.6  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4431  LysR family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 291 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2765  transcriptional regulator, LysR family  38.41 
 
 		 294 aa  82  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.405486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 306 aa  82  0.00000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2065  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 320 aa  82.4  0.00000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.102765  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0380  transcriptional regulator LysR family  29.85 
 
 		 309 aa  80.9  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 296 aa  80.1  0.00000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3058  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 296 aa  80.5  0.00000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1845  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 303 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000102688 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0803  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 308 aa  80.1  0.00000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2724  LysR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 293 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0713788  normal  0.0834627 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1189  transcriptional regulator, LysR family  32.03 
 
 		 300 aa  80.5  0.00000000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.544335 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3027  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 296 aa  80.1  0.00000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.210707  normal  0.0983391 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3012  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 296 aa  80.5  0.00000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 297 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4609  transcriptional regulator, LysR family  37.14 
 
 		 289 aa  80.1  0.00000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.461419 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3422  transcriptional regulator, LysR family  31.05 
 
 		 302 aa  80.1  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.670057  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1027  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 299 aa  80.1  0.00000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.174873 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6072  transcriptional regulator, LysR family  31.1 
 
 		 311 aa  79.7  0.00000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  29.64 
 
 		 302 aa  79.7  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2711  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 292 aa  79.7  0.00000000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.991378  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  26.09 
 
 		 295 aa  79.3  0.00000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381269  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2958  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 324 aa  79.3  0.00000000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.835393 
 
 
-
 
NC_003296  RS05372  transcription regulator protein  30.89 
 
 		 335 aa  79  0.00000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0038  transcriptional regulator, LysR family  36.81 
 
 		 300 aa  79  0.00000000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.744574 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1491  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 308 aa  79  0.00000000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00327558 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0352  transcriptional regulator, LysR family  30.94 
 
 		 294 aa  79  0.00000000000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4682  transcriptional regulator, LysR family  26.09 
 
 		 291 aa  79  0.00000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16132  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0037  transcriptional regulator, LysR family  36.81 
 
 		 300 aa  79  0.00000000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.279269  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 305 aa  78.6  0.0000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 298 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 298 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4089  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 297 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 298 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 332 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3195  putative transcriptional regulator  27.8 
 
 		 363 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1461  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 301 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4244  LysR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 306 aa  77.8  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2465  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 423 aa  77.8  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  35.97 
 
 		 295 aa  77.8  0.0000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 298 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>