More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_3941 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_3941  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 337 aa  671    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.140438  decreased coverage  0.00710998 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1931  LysR family transcriptional regulator  54.98 
 
 		 347 aa  312  3.9999999999999997e-84  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.846594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2250  LysR family transcriptional regulator  54.36 
 
 		 320 aa  305  5.0000000000000004e-82  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.199653  normal  0.0159949 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3963  LysR family transcriptional regulator  53.95 
 
 		 315 aa  303  3.0000000000000004e-81  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.424952 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  34.27 
 
 		 292 aa  149  7e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 293 aa  141  9.999999999999999e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2244  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 301 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  36.04 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  36.04 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  37.38 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  36.04 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  36.04 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  36.04 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  37.38 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 296 aa  136  4e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 302 aa  136  5e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 307 aa  132  6e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 299 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2740  LysR family transcriptional regulator  35.13 
 
 		 297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.379655 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1900  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 300 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 305 aa  130  3e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2043  transcriptional regulator, LysR family  35.81 
 
 		 298 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.637177  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2344  transcriptional regulator, LysR family  35.81 
 
 		 298 aa  129  6e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0038  LysR family transcriptional regulator  47.55 
 
 		 294 aa  129  8.000000000000001e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1897  transcriptional regulator, LysR family  35.15 
 
 		 304 aa  129  9.000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1027  LysR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 299 aa  129  9.000000000000001e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.174873 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2138  transcriptional regulator, LysR family  39.9 
 
 		 337 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  41.67 
 
 		 298 aa  128  2.0000000000000002e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2888  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 299 aa  126  4.0000000000000003e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0352  transcriptional regulator, LysR family  45.39 
 
 		 294 aa  126  4.0000000000000003e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  34.89 
 
 		 295 aa  127  4.0000000000000003e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6486  LysR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 301 aa  125  8.000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.898531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2704  LysR family transcriptional regulator  36.06 
 
 		 300 aa  125  9e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  36.41 
 
 		 302 aa  125  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1538  LysR family transcriptional regulator  36.06 
 
 		 300 aa  125  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.337495  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1756  LysR family transcriptional regulator  36.06 
 
 		 300 aa  125  2e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.497412  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4970  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126085  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5919  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 296 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  36.06 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2782  LysR family regulatory protein  36.06 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.105762  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  36.06 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7097  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 296 aa  125  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.785925  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3053  LysR family transcriptional regulator  36.06 
 
 		 300 aa  125  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2265  LysR family transcriptional regulator  36.06 
 
 		 300 aa  125  2e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.503277  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 296 aa  124  2e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3091  transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.339744  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0535  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 296 aa  123  4e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.524385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2649  transcriptional regulator  35.58 
 
 		 300 aa  123  4e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1685  LysR substrate binding domain protein  33.45 
 
 		 299 aa  123  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.533068  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1589  LysR substrate binding domain protein  33.45 
 
 		 299 aa  123  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.103905 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1657  LysR substrate binding domain-containing protein  33.45 
 
 		 299 aa  123  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1598  LysR substrate binding domain protein  33.45 
 
 		 299 aa  123  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1852  LysR substrate binding domain-containing protein  33.45 
 
 		 299 aa  123  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1803  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 301 aa  122  6e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.91 
 
 		 300 aa  122  7e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6562  transcriptional regulator, LysR family  31.4 
 
 		 296 aa  122  8e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3676  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 317 aa  122  9e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0866147  normal  0.208358 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4970  transcriptional regulator, LysR family  31.4 
 
 		 296 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5916  LysR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 308 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1543  transcriptional regulator, LysR family  33.98 
 
 		 298 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.114968 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 300 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2161  LysR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 308 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1110  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 300 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 300 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6244  transcriptional regulator, LysR family  31.4 
 
 		 296 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.235646  normal  0.352956 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1870  LysR family substrate binding transcriptional regulator  35.09 
 
 		 304 aa  121  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.102903  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 323 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4972  transcriptional regulator, LysR family  31.4 
 
 		 296 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1982  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 304 aa  121  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7065  transcriptional regulator, LysR family  31.4 
 
 		 296 aa  120  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000862794  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 299 aa  120  3e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7050  transcriptional regulator, LysR family  31.4 
 
 		 296 aa  120  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6203  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 298 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.242045 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1832  LysR family transcriptional regulator  36.06 
 
 		 300 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  34.78 
 
 		 297 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0657  transcriptional regulator, LysR family  32.45 
 
 		 305 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1548  putative transcriptional regulator  33.02 
 
 		 295 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  33.76 
 
 		 302 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1775  LysR family transcriptional regulator  44.52 
 
 		 296 aa  119  6e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.310759  normal  0.553993 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3831  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 302 aa  119  6e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4537  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 302 aa  119  6e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.309073  normal  0.1504 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0664  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 295 aa  119  7e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0825274 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5722  transcriptional regulator, LysR family  30.99 
 
 		 296 aa  119  7e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.437697  normal  0.903757 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  34.78 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  34.78 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  34.78 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  32.89 
 
 		 301 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  34.3 
 
 		 297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4425  LysR family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.488055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 316 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3962  LysR family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0195836  normal  0.175267 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1134  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 294 aa  117  1.9999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 308 aa  117  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46680  Transcriptional regulator, LysR-family  30.65 
 
 		 297 aa  117  3e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>