More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1931 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1931  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 347 aa  687    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.846594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3963  LysR family transcriptional regulator  80.47 
 
 		 315 aa  471  1e-132  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.424952 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2250  LysR family transcriptional regulator  75.51 
 
 		 320 aa  437  1e-121  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.199653  normal  0.0159949 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3941  LysR family transcriptional regulator  54.98 
 
 		 337 aa  312  3.9999999999999997e-84  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.140438  decreased coverage  0.00710998 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 293 aa  166  4e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2244  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 301 aa  160  3e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 292 aa  160  4e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 307 aa  155  8e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2043  transcriptional regulator, LysR family  33.66 
 
 		 298 aa  150  3e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.637177  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1897  transcriptional regulator, LysR family  37.23 
 
 		 304 aa  150  4e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2134  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 		 304 aa  149  7e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  36.88 
 
 		 302 aa  149  9e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5916  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 308 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2161  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 308 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 300 aa  147  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2344  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 298 aa  147  3e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 300 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 300 aa  146  5e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1110  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 300 aa  145  1e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4970  transcriptional regulator, LysR family  37.23 
 
 		 298 aa  144  3e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126085  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 296 aa  143  5e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  38.94 
 
 		 308 aa  143  5e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1756  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 300 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.497412  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  34.12 
 
 		 301 aa  141  1.9999999999999998e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2265  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 300 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.503277  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2782  LysR family regulatory protein  38.6 
 
 		 300 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.105762  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 308 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1538  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 300 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.337495  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3053  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 300 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6486  LysR family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.898531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 305 aa  140  3e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2704  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 300 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2649  transcriptional regulator  38.14 
 
 		 300 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1870  LysR family substrate binding transcriptional regulator  37.12 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.102903  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1982  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  38.72 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0535  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 296 aa  137  3.0000000000000003e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.524385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3793  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 304 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 302 aa  136  4e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1832  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 300 aa  137  4e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  34.01 
 
 		 301 aa  136  5e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 301 aa  136  5e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 301 aa  136  5e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  34.01 
 
 		 301 aa  136  5e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 299 aa  136  5e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  34.01 
 
 		 301 aa  136  5e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 299 aa  136  5e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  34.01 
 
 		 301 aa  136  6.0000000000000005e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 297 aa  136  6.0000000000000005e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1548  putative transcriptional regulator  36.62 
 
 		 295 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  34.01 
 
 		 301 aa  135  8e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17790  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 295 aa  135  8e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1543  transcriptional regulator, LysR family  32.55 
 
 		 298 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.114968 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  36.4 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  36.4 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  36.4 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1852  LysR substrate binding domain-containing protein  36.84 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1657  LysR substrate binding domain-containing protein  36.84 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1598  LysR substrate binding domain protein  36.84 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1589  LysR substrate binding domain protein  36.84 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.103905 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  36.4 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1685  LysR substrate binding domain protein  36.84 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.533068  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 297 aa  134  3e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  32.66 
 
 		 302 aa  134  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 306 aa  134  3e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  36.4 
 
 		 297 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2740  LysR family transcriptional regulator  40.87 
 
 		 297 aa  133  5e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.379655 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3091  transcriptional regulator, LysR family  35.58 
 
 		 304 aa  132  6.999999999999999e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.339744  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4923  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 299 aa  132  9e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  33.09 
 
 		 306 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0038  LysR family transcriptional regulator  48.25 
 
 		 294 aa  131  2.0000000000000002e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1672  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 295 aa  130  3e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.57433  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0352  transcriptional regulator, LysR family  38.35 
 
 		 294 aa  130  4.0000000000000003e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  38.68 
 
 		 296 aa  130  4.0000000000000003e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1918  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 297 aa  130  4.0000000000000003e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  38.84 
 
 		 295 aa  128  1.0000000000000001e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 296 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3676  LysR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 317 aa  128  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0866147  normal  0.208358 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2682  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 323 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  34.36 
 
 		 301 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0175  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.602241  normal  0.0372511 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  34.36 
 
 		 302 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5585  LysR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 323 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2282  LysR family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0266423 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1012  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0144903  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2411  transcription regulator protein  34.62 
 
 		 311 aa  127  3e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.42 
 
 		 300 aa  127  3e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2752  transcriptional regulator, LysR family  28.37 
 
 		 298 aa  127  3e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000767643 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  37.86 
 
 		 296 aa  126  4.0000000000000003e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 296 aa  126  6e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 318 aa  125  9e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>