More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_0548 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_0548  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 272 aa  528  1e-149  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0620  transcriptional regulator, LysR family  35.79 
 
 		 304 aa  142  4e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.37658  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3482  transcriptional regulator, LysR family  34.88 
 
 		 297 aa  140  3e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.26216  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3500  transcriptional regulator, LysR family  34.11 
 
 		 297 aa  140  3e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3285  LysR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0242325  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3543  LysR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3255  LysR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.841591  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3199  LysR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0827152  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3495  LysR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 297 aa  135  5e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0190038  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3511  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3192  LysR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 295 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.863853  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1767  transcriptional regulator, LysR family  34.11 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.114066  normal  0.776401 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6329  transcriptional regulator, LysR family  33.72 
 
 		 299 aa  127  2.0000000000000002e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0290063  hitchhiker  0.00524783 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1907  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 308 aa  123  4e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.279335  unclonable  0.0000102783 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0511  transcriptional regulator, LysR family  36.05 
 
 		 699 aa  122  5e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00795049 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1151  transcriptional regulator, LysR family  32.7 
 
 		 302 aa  121  9.999999999999999e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3060  transcriptional regulator, LysR family  30.86 
 
 		 293 aa  119  7e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000262954  decreased coverage  0.0000000999677 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1908  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 292 aa  117  1.9999999999999998e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.605315  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0223  transcriptional regulator, LysR family  31.91 
 
 		 314 aa  112  8.000000000000001e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0896  LysR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 295 aa  109  4.0000000000000004e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.204372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3973  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 296 aa  105  6e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.981589 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1855  transcriptional regulator, LysR family  31.3 
 
 		 308 aa  105  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53720  transcriptional regulator  34.03 
 
 		 294 aa  104  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0163638  hitchhiker  0.00327626 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 306 aa  104  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 297 aa  103  3e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_6165  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 298 aa  103  3e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0309424  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3893  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 298 aa  103  3e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.199081  normal  0.0200217 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4703  transcriptional regulator  33.61 
 
 		 294 aa  103  4e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2184  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 290 aa  103  4e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.529425  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1470  transcriptional regulator, LysR family  27.2 
 
 		 291 aa  103  4e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.91996  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1293  LysR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 294 aa  102  5e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000772751  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2860  putative LysR substrate binding domain  27.84 
 
 		 314 aa  102  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.25895 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 297 aa  101  1e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2754  LysR substrate binding domain protein  27.84 
 
 		 299 aa  101  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.114748  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2856  LysR substrate binding domain protein  27.84 
 
 		 299 aa  101  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.294581  normal  0.729486 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2838  LysR substrate binding domain protein  27.45 
 
 		 299 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.329645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0357  transcriptional regulator  30 
 
 		 286 aa  100  3e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.449267  unclonable  0.0000000664485 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2451  transcriptional regulator, LysR family  25.3 
 
 		 290 aa  100  3e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.893513 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2972  LysR substrate binding domain-containing protein  27.45 
 
 		 299 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.627611  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 297 aa  99.8  4e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 297 aa  99.8  4e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2240  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 290 aa  99.8  4e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.074644  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  27.51 
 
 		 297 aa  99.8  5e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2464  LysR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 290 aa  99.8  5e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.268812  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2267  LysR family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 290 aa  99.4  6e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.211668  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2227  LysR family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 290 aa  99.4  6e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000599262  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2435  LysR family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 290 aa  99.4  6e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0368529  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2529  transcriptional regulator, LysR family  26.19 
 
 		 290 aa  99.4  6e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000206272  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3260  LysR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 305 aa  99.4  6e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.444883 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  27.14 
 
 		 297 aa  99  7e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 297 aa  98.2  1e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2940  transcriptional regulator, LysR family  26.19 
 
 		 288 aa  97.8  1e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00388333  hitchhiker  0.000000297916 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4468  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 315 aa  98.2  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.996518 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  26.32 
 
 		 297 aa  98.6  1e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  27.14 
 
 		 297 aa  98.2  1e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 297 aa  97.8  2e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1668  transcriptional regulator, LysR family  31.72 
 
 		 296 aa  97.8  2e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 298 aa  97.1  3e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5544  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 301 aa  96.7  3e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.899335 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3118  transcriptional regulator, LysR family  32.47 
 
 		 309 aa  95.9  6e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.181053  normal  0.0120636 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  26.23 
 
 		 303 aa  95.9  6e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2065  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 320 aa  95.1  9e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.102765  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  34.66 
 
 		 301 aa  94.7  1e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7088  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 314 aa  94.7  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2391  transcriptional regulator, LysR family  27.38 
 
 		 288 aa  94.7  1e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.863078  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0396  LysR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 300 aa  95.1  1e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 386 aa  94  2e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  28.84 
 
 		 307 aa  94.4  2e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 318 aa  94  2e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1370  transcriptional regulator, LysR family  28.82 
 
 		 313 aa  94.7  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173382  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1939  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 290 aa  94.4  2e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.514267  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  32.75 
 
 		 295 aa  93.6  3e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0281  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 307 aa  93.6  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3436  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 294 aa  93.6  3e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4716  LysR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 296 aa  94  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  28.92 
 
 		 296 aa  93.2  4e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2004  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 292 aa  93.2  4e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.079664 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  27.13 
 
 		 304 aa  93.2  5e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  31.03 
 
 		 294 aa  93.2  5e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 297 aa  92.8  5e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2915  transcriptional regulator, LysR family  29.37 
 
 		 305 aa  92.8  5e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 302 aa  92.4  6e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02471  predicted DNA-binding transcriptional regulator  26.59 
 
 		 293 aa  92.4  7e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.606343  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1091  transcriptional regulator, LysR family  26.59 
 
 		 293 aa  92.4  7e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0201845  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0355  hypothetical protein  27.94 
 
 		 293 aa  92.4  7e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02435  hypothetical protein  26.59 
 
 		 293 aa  92.4  7e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.778712  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1100  LysR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 293 aa  92.4  7e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00749087  normal  0.244926 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4763  LysR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 307 aa  92.4  7e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2734  LysR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 293 aa  92.4  7e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0381749  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  34.62 
 
 		 294 aa  92  9e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 297 aa  92  9e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0613  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 304 aa  92  9e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.723423  normal  0.0745761 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3814  transcriptional regulator, LysR family  26.59 
 
 		 308 aa  92  9e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.869159  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2659  OsmT protein  30.14 
 
 		 308 aa  91.7  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 325 aa  91.7  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0362  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 301 aa  91.7  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6168  putative transcriptional regulator  30.35 
 
 		 296 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.220915  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4307  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 294 aa  90.9  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0280475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2864  LysR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 293 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0164886  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71090  LysR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 297 aa  90.1  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>