More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3208 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3208  uroporphyrinogen decarboxylase  100 
 
 		 343 aa  689    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3934  uroporphyrinogen decarboxylase  80.18 
 
 		 340 aa  543  1e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.569662 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4260  uroporphyrinogen decarboxylase  79.88 
 
 		 335 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.962102  normal  0.656684 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4393  uroporphyrinogen decarboxylase  75.73 
 
 		 346 aa  521  1e-147  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0854  uroporphyrinogen decarboxylase  69.14 
 
 		 341 aa  482  1e-135  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.913792  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2066  uroporphyrinogen decarboxylase  68.84 
 
 		 341 aa  478  1e-134  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.502432  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1986  uroporphyrinogen decarboxylase  68.55 
 
 		 341 aa  474  1e-133  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3476  uroporphyrinogen decarboxylase  66.08 
 
 		 342 aa  458  9.999999999999999e-129  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2936  uroporphyrinogen decarboxylase  58.24 
 
 		 350 aa  399  9.999999999999999e-111  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3769  uroporphyrinogen decarboxylase  55.29 
 
 		 348 aa  389  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.477463  normal  0.0130148 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1696  uroporphyrinogen decarboxylase  55.39 
 
 		 338 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.146484  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4014  uroporphyrinogen decarboxylase  55 
 
 		 348 aa  383  1e-105  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.104329  normal  0.0629126 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0977  uroporphyrinogen decarboxylase  58.13 
 
 		 325 aa  380  1e-104  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.942428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2192  uroporphyrinogen decarboxylase  54.55 
 
 		 343 aa  381  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2534  uroporphyrinogen decarboxylase  56.68 
 
 		 349 aa  376  1e-103  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3616  uroporphyrinogen decarboxylase  53.78 
 
 		 348 aa  377  1e-103  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00257093  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3569  uroporphyrinogen decarboxylase  55.75 
 
 		 350 aa  373  1e-102  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0668232  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1258  uroporphyrinogen decarboxylase  55.14 
 
 		 325 aa  365  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0175405 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1257  uroporphyrinogen decarboxylase  54.55 
 
 		 355 aa  364  1e-99  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.879102 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1271  uroporphyrinogen decarboxylase  56.41 
 
 		 360 aa  362  6e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3629  uroporphyrinogen decarboxylase  54.55 
 
 		 342 aa  360  2e-98  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.204246  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3846  uroporphyrinogen decarboxylase  55.03 
 
 		 343 aa  358  8e-98  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2705  uroporphyrinogen decarboxylase  54.44 
 
 		 344 aa  356  2.9999999999999997e-97  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1826  uroporphyrinogen decarboxylase  54.23 
 
 		 348 aa  352  4e-96  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.024361 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2528  uroporphyrinogen decarboxylase  53.67 
 
 		 345 aa  352  5.9999999999999994e-96  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4298  uroporphyrinogen decarboxylase  53.08 
 
 		 392 aa  347  2e-94  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0372721 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2335  uroporphyrinogen decarboxylase  51.32 
 
 		 343 aa  342  5e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.540822  normal  0.254547 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2843  uroporphyrinogen decarboxylase  52.63 
 
 		 342 aa  342  5.999999999999999e-93  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0629975 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1039  uroporphyrinogen decarboxylase  56.16 
 
 		 357 aa  342  5.999999999999999e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0550  uroporphyrinogen decarboxylase  51.32 
 
 		 343 aa  341  8e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1494  uroporphyrinogen decarboxylase  52.27 
 
 		 361 aa  340  2e-92  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0243578 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0680  uroporphyrinogen decarboxylase  51.03 
 
 		 343 aa  338  9.999999999999999e-92  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1772  uroporphyrinogen decarboxylase  53.12 
 
 		 360 aa  332  8e-90  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.767605  normal  0.203092 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2833  uroporphyrinogen decarboxylase  50.59 
 
 		 344 aa  326  4.0000000000000003e-88  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0543255 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1494  uroporphyrinogen decarboxylase  51.66 
 
 		 370 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.775015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2973  uroporphyrinogen decarboxylase  47.65 
 
 		 345 aa  316  4e-85  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2475  uroporphyrinogen decarboxylase  49.41 
 
 		 358 aa  314  1.9999999999999998e-84  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000149322  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0118  uroporphyrinogen decarboxylase  46.57 
 
 		 341 aa  309  5e-83  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1927  uroporphyrinogen decarboxylase  46.02 
 
 		 353 aa  293  2e-78  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.849644  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5016  uroporphyrinogen decarboxylase  44.38 
 
 		 346 aa  286  4e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.739471  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0010  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  41.93 
 
 		 334 aa  282  6.000000000000001e-75  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0030  uroporphyrinogen decarboxylase  40.5 
 
 		 334 aa  275  8e-73  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.210193  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2681  uroporphyrinogen decarboxylase  42.77 
 
 		 354 aa  266  2.9999999999999995e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.418282 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0025  uroporphyrinogen decarboxylase  43.9 
 
 		 356 aa  263  4e-69  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0836  uroporphyrinogen decarboxylase  45.16 
 
 		 354 aa  263  4e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.41854  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5074  uroporphyrinogen decarboxylase  43.87 
 
 		 354 aa  262  6e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0123  uroporphyrinogen decarboxylase  43.69 
 
 		 354 aa  261  1e-68  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0180562  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0392  uroporphyrinogen decarboxylase  43.56 
 
 		 354 aa  261  1e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5124  uroporphyrinogen decarboxylase  43.87 
 
 		 354 aa  261  1e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2005  uroporphyrinogen decarboxylase  43.38 
 
 		 353 aa  260  2e-68  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1013  uroporphyrinogen decarboxylase  42.46 
 
 		 340 aa  260  3e-68  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4947  uroporphyrinogen decarboxylase  43.56 
 
 		 354 aa  259  4e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.136579  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1187  uroporphyrinogen decarboxylase  45.96 
 
 		 353 aa  258  8e-68  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0468  uroporphyrinogen decarboxylase  41.94 
 
 		 354 aa  258  9e-68  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.551624  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0821  uroporphyrinogen decarboxylase  44.14 
 
 		 369 aa  258  1e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00198157  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1470  uroporphyrinogen decarboxylase  42.15 
 
 		 342 aa  257  2e-67  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1028  uroporphyrinogen decarboxylase  39.56 
 
 		 338 aa  257  2e-67  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66550  uroporphyrinogen decarboxylase  42.82 
 
 		 355 aa  257  2e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0032  uroporphyrinogen decarboxylase  42.55 
 
 		 355 aa  256  3e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.590696  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0287  uroporphyrinogen decarboxylase  42.2 
 
 		 354 aa  256  3e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.104978 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0415  uroporphyrinogen decarboxylase  42.3 
 
 		 355 aa  256  3e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2010  uroporphyrinogen decarboxylase  43.08 
 
 		 352 aa  256  4e-67  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3134  uroporphyrinogen decarboxylase  44.28 
 
 		 370 aa  256  5e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3861  uroporphyrinogen decarboxylase  44.28 
 
 		 370 aa  256  6e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.619697 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3524  uroporphyrinogen decarboxylase  45.12 
 
 		 356 aa  254  1.0000000000000001e-66  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00974086 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3039  uroporphyrinogen decarboxylase  42.94 
 
 		 360 aa  254  1.0000000000000001e-66  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2666  uroporphyrinogen decarboxylase  42.34 
 
 		 354 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000212078  normal  0.51797 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2944  uroporphyrinogen decarboxylase  43.5 
 
 		 392 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0032555  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0111  uroporphyrinogen decarboxylase  43.5 
 
 		 392 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0979299  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5771  uroporphyrinogen decarboxylase  42.23 
 
 		 355 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0272  uroporphyrinogen decarboxylase  42.86 
 
 		 352 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.109144 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3422  uroporphyrinogen decarboxylase  42.51 
 
 		 354 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0440  uroporphyrinogen decarboxylase  41.9 
 
 		 354 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00115919 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4036  uroporphyrinogen decarboxylase  44.71 
 
 		 364 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.617261  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5118  uroporphyrinogen decarboxylase  42.33 
 
 		 354 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0414  uroporphyrinogen decarboxylase  42.33 
 
 		 354 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3304  uroporphyrinogen decarboxylase  44.41 
 
 		 364 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.787747  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0287  uroporphyrinogen decarboxylase  42.2 
 
 		 351 aa  253  3e-66  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.551213 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3292  uroporphyrinogen decarboxylase  43.5 
 
 		 392 aa  253  3e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.136246  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3963  uroporphyrinogen decarboxylase  44.71 
 
 		 364 aa  253  3e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0116  uroporphyrinogen decarboxylase  43.15 
 
 		 353 aa  253  3e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.754255  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3920  uroporphyrinogen decarboxylase  42.99 
 
 		 354 aa  253  3e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1580  uroporphyrinogen decarboxylase  44.71 
 
 		 364 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0727  uroporphyrinogen decarboxylase  42.69 
 
 		 370 aa  253  4.0000000000000004e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3022  uroporphyrinogen decarboxylase  44.71 
 
 		 364 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1268  uroporphyrinogen decarboxylase  40.18 
 
 		 340 aa  253  4.0000000000000004e-66  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0245  uroporphyrinogen decarboxylase  42.02 
 
 		 355 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1934  uroporphyrinogen decarboxylase  44.04 
 
 		 365 aa  253  4.0000000000000004e-66  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3349  uroporphyrinogen decarboxylase  44.71 
 
 		 364 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4042  uroporphyrinogen decarboxylase  42.99 
 
 		 354 aa  253  5.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.984022 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2779  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  44.51 
 
 		 356 aa  253  5.000000000000001e-66  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.313146 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0413  uroporphyrinogen decarboxylase  42.99 
 
 		 354 aa  253  5.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3846  uroporphyrinogen decarboxylase  42.99 
 
 		 354 aa  252  5.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000118509 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0435  uroporphyrinogen decarboxylase  42.55 
 
 		 354 aa  252  6e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2962  uroporphyrinogen decarboxylase  44.71 
 
 		 405 aa  252  6e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0170  uroporphyrinogen decarboxylase  44.71 
 
 		 405 aa  252  6e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4080  uroporphyrinogen decarboxylase  43.29 
 
 		 356 aa  252  6e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0112  uroporphyrinogen decarboxylase  43.5 
 
 		 392 aa  251  1e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.226113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3406  uroporphyrinogen decarboxylase  42.55 
 
 		 354 aa  251  1e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4264  uroporphyrinogen decarboxylase  43.49 
 
 		 369 aa  250  2e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.773676  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>