More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2528 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2528  uroporphyrinogen decarboxylase  100 
 
 		 345 aa  707    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2705  uroporphyrinogen decarboxylase  79.53 
 
 		 344 aa  569  1e-161  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3629  uroporphyrinogen decarboxylase  76.76 
 
 		 342 aa  544  1e-154  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.204246  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3846  uroporphyrinogen decarboxylase  71.35 
 
 		 343 aa  522  1e-147  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0550  uroporphyrinogen decarboxylase  71.39 
 
 		 343 aa  512  1e-144  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0680  uroporphyrinogen decarboxylase  70.8 
 
 		 343 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2335  uroporphyrinogen decarboxylase  70.8 
 
 		 343 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.540822  normal  0.254547 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1257  uroporphyrinogen decarboxylase  53.69 
 
 		 355 aa  372  1e-102  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.879102 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2534  uroporphyrinogen decarboxylase  53.24 
 
 		 349 aa  370  1e-101  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0854  uroporphyrinogen decarboxylase  52.79 
 
 		 341 aa  357  1.9999999999999998e-97  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.913792  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3476  uroporphyrinogen decarboxylase  53.96 
 
 		 342 aa  353  2e-96  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2066  uroporphyrinogen decarboxylase  52.79 
 
 		 341 aa  353  2.9999999999999997e-96  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.502432  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3208  uroporphyrinogen decarboxylase  53.67 
 
 		 343 aa  352  5.9999999999999994e-96  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3616  uroporphyrinogen decarboxylase  53.39 
 
 		 348 aa  350  2e-95  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00257093  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1986  uroporphyrinogen decarboxylase  52.49 
 
 		 341 aa  349  3e-95  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1826  uroporphyrinogen decarboxylase  51.47 
 
 		 348 aa  347  2e-94  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.024361 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1696  uroporphyrinogen decarboxylase  51.19 
 
 		 338 aa  347  2e-94  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.146484  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3769  uroporphyrinogen decarboxylase  50.59 
 
 		 348 aa  345  5e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.477463  normal  0.0130148 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4014  uroporphyrinogen decarboxylase  51.48 
 
 		 348 aa  345  8.999999999999999e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.104329  normal  0.0629126 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3934  uroporphyrinogen decarboxylase  51.34 
 
 		 340 aa  340  2.9999999999999998e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.569662 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0118  uroporphyrinogen decarboxylase  50.89 
 
 		 341 aa  339  4e-92  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4260  uroporphyrinogen decarboxylase  51.48 
 
 		 335 aa  339  5e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.962102  normal  0.656684 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2843  uroporphyrinogen decarboxylase  51.18 
 
 		 342 aa  338  8e-92  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0629975 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4393  uroporphyrinogen decarboxylase  50.44 
 
 		 346 aa  336  2.9999999999999997e-91  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2192  uroporphyrinogen decarboxylase  48.38 
 
 		 343 aa  333  2e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2833  uroporphyrinogen decarboxylase  50.29 
 
 		 344 aa  333  3e-90  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0543255 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2936  uroporphyrinogen decarboxylase  48.99 
 
 		 350 aa  330  3e-89  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1258  uroporphyrinogen decarboxylase  49.23 
 
 		 325 aa  325  6e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0175405 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3569  uroporphyrinogen decarboxylase  48.82 
 
 		 350 aa  323  2e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0668232  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2475  uroporphyrinogen decarboxylase  49.56 
 
 		 358 aa  312  5.999999999999999e-84  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000149322  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2973  uroporphyrinogen decarboxylase  47.35 
 
 		 345 aa  310  2.9999999999999997e-83  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1271  uroporphyrinogen decarboxylase  48.28 
 
 		 360 aa  309  4e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4298  uroporphyrinogen decarboxylase  46.88 
 
 		 392 aa  309  5e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0372721 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1039  uroporphyrinogen decarboxylase  49 
 
 		 357 aa  303  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0977  uroporphyrinogen decarboxylase  47.81 
 
 		 325 aa  302  6.000000000000001e-81  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.942428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1494  uroporphyrinogen decarboxylase  47.84 
 
 		 361 aa  297  2e-79  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0243578 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1772  uroporphyrinogen decarboxylase  47.41 
 
 		 360 aa  295  9e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.767605  normal  0.203092 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1927  uroporphyrinogen decarboxylase  45.27 
 
 		 353 aa  290  2e-77  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.849644  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0414  uroporphyrinogen decarboxylase  44.06 
 
 		 354 aa  281  1e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5118  uroporphyrinogen decarboxylase  44.06 
 
 		 354 aa  280  2e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1494  uroporphyrinogen decarboxylase  46.09 
 
 		 370 aa  278  1e-73  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.775015  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5771  uroporphyrinogen decarboxylase  44.22 
 
 		 355 aa  276  3e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66550  uroporphyrinogen decarboxylase  43.93 
 
 		 355 aa  276  4e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0415  uroporphyrinogen decarboxylase  43.06 
 
 		 355 aa  275  6e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5124  uroporphyrinogen decarboxylase  42.9 
 
 		 354 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2005  uroporphyrinogen decarboxylase  41.23 
 
 		 353 aa  273  3e-72  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5074  uroporphyrinogen decarboxylase  42.61 
 
 		 354 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0245  uroporphyrinogen decarboxylase  43.82 
 
 		 355 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4947  uroporphyrinogen decarboxylase  42.61 
 
 		 354 aa  272  5.000000000000001e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.136579  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0272  uroporphyrinogen decarboxylase  42.11 
 
 		 352 aa  272  7e-72  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.109144 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2681  uroporphyrinogen decarboxylase  42.9 
 
 		 354 aa  271  8.000000000000001e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.418282 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0116  uroporphyrinogen decarboxylase  42.44 
 
 		 353 aa  272  8.000000000000001e-72  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.754255  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2010  uroporphyrinogen decarboxylase  40.94 
 
 		 352 aa  271  1e-71  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0392  uroporphyrinogen decarboxylase  42.61 
 
 		 354 aa  271  1e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0287  uroporphyrinogen decarboxylase  43.73 
 
 		 354 aa  270  2.9999999999999997e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.844287  normal  0.0137069 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0634  uroporphyrinogen decarboxylase  41.12 
 
 		 343 aa  267  2e-70  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000186369  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45190  uroporphyrinogen decarboxylase  43.35 
 
 		 355 aa  267  2e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1028  uroporphyrinogen decarboxylase  39.94 
 
 		 338 aa  264  2e-69  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0448  uroporphyrinogen decarboxylase  42.32 
 
 		 355 aa  263  3e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5016  uroporphyrinogen decarboxylase  42.01 
 
 		 346 aa  263  3e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.739471  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0317  uroporphyrinogen decarboxylase  42.86 
 
 		 340 aa  263  4e-69  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0010  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  37.35 
 
 		 334 aa  262  8e-69  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0552  uroporphyrinogen decarboxylase  42.49 
 
 		 355 aa  262  8e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00147846 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0223  uroporphyrinogen decarboxylase  42.9 
 
 		 354 aa  261  2e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00641  uroporphyrinogen decarboxylase  42.35 
 
 		 380 aa  260  2e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1599  uroporphyrinogen decarboxylase  42 
 
 		 368 aa  260  2e-68  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00586302  hitchhiker  0.0000224711 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0836  uroporphyrinogen decarboxylase  42.61 
 
 		 354 aa  260  2e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.41854  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0219  uroporphyrinogen decarboxylase  42.6 
 
 		 354 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3020  uroporphyrinogen decarboxylase  40.7 
 
 		 351 aa  259  7e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.404032  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3422  uroporphyrinogen decarboxylase  42.35 
 
 		 354 aa  258  1e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03874  uroporphyrinogen decarboxylase  42.6 
 
 		 354 aa  256  4e-67  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3997  uroporphyrinogen decarboxylase  42.6 
 
 		 354 aa  256  4e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4488  uroporphyrinogen decarboxylase  42.6 
 
 		 354 aa  256  4e-67  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.830156  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4231  uroporphyrinogen decarboxylase  42.6 
 
 		 354 aa  256  4e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4028  uroporphyrinogen decarboxylase  42.6 
 
 		 354 aa  256  4e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00901601 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4540  uroporphyrinogen decarboxylase  42.6 
 
 		 354 aa  256  4e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03827  hypothetical protein  42.6 
 
 		 354 aa  256  4e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4445  uroporphyrinogen decarboxylase  42.6 
 
 		 354 aa  256  4e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000531857 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0210  uroporphyrinogen decarboxylase  42.6 
 
 		 354 aa  256  4e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0124917 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5466  uroporphyrinogen decarboxylase  42.6 
 
 		 354 aa  256  5e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.843277 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0440  uroporphyrinogen decarboxylase  41.76 
 
 		 354 aa  255  7e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00115919 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3292  uroporphyrinogen decarboxylase  42.65 
 
 		 392 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.136246  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0030  uroporphyrinogen decarboxylase  37.77 
 
 		 334 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.210193  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2944  uroporphyrinogen decarboxylase  42.65 
 
 		 392 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0032555  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0287  uroporphyrinogen decarboxylase  41.47 
 
 		 354 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.104978 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0111  uroporphyrinogen decarboxylase  42.65 
 
 		 392 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0979299  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1118  uroporphyrinogen decarboxylase  40.58 
 
 		 366 aa  254  1.0000000000000001e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3849  uroporphyrinogen decarboxylase  42.6 
 
 		 355 aa  254  2.0000000000000002e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0468  uroporphyrinogen decarboxylase  41.89 
 
 		 354 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.551624  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0387  uroporphyrinogen decarboxylase  42.18 
 
 		 354 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4411  uroporphyrinogen decarboxylase  41.76 
 
 		 354 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.356712  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4500  uroporphyrinogen decarboxylase  42.31 
 
 		 354 aa  253  4.0000000000000004e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00407137 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3008  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  40.87 
 
 		 357 aa  253  4.0000000000000004e-66  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3222  uroporphyrinogen decarboxylase  41.18 
 
 		 354 aa  253  4.0000000000000004e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.234724 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2734  uroporphyrinogen decarboxylase  41.94 
 
 		 359 aa  252  6e-66  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.961609  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0459  uroporphyrinogen decarboxylase  42.6 
 
 		 355 aa  252  6e-66  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000960348 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0351  uroporphyrinogen decarboxylase  42.6 
 
 		 355 aa  252  6e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.777116  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0025  uroporphyrinogen decarboxylase  41.34 
 
 		 356 aa  252  6e-66  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0126  uroporphyrinogen decarboxylase  42.36 
 
 		 375 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0110  uroporphyrinogen decarboxylase  42.36 
 
 		 375 aa  251  1e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.760433  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>