More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3769 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1696  uroporphyrinogen decarboxylase  90.24 
 
 		 338 aa  636    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.146484  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4014  uroporphyrinogen decarboxylase  94.25 
 
 		 348 aa  675    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.104329  normal  0.0629126 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3769  uroporphyrinogen decarboxylase  100 
 
 		 348 aa  707    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.477463  normal  0.0130148 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1258  uroporphyrinogen decarboxylase  81.54 
 
 		 325 aa  553  1e-156  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0175405 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2936  uroporphyrinogen decarboxylase  76.16 
 
 		 350 aa  551  1e-156  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2192  uroporphyrinogen decarboxylase  74.34 
 
 		 343 aa  543  1e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0977  uroporphyrinogen decarboxylase  75.24 
 
 		 325 aa  506  9.999999999999999e-143  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.942428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1826  uroporphyrinogen decarboxylase  56.32 
 
 		 348 aa  400  9.999999999999999e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.024361 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0854  uroporphyrinogen decarboxylase  55.88 
 
 		 341 aa  396  1e-109  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.913792  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2534  uroporphyrinogen decarboxylase  55.81 
 
 		 349 aa  397  1e-109  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2066  uroporphyrinogen decarboxylase  56.47 
 
 		 341 aa  394  1e-108  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.502432  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3208  uroporphyrinogen decarboxylase  55.29 
 
 		 343 aa  389  1e-107  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3569  uroporphyrinogen decarboxylase  56.51 
 
 		 350 aa  388  1e-107  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0668232  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3476  uroporphyrinogen decarboxylase  53.64 
 
 		 342 aa  391  1e-107  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1986  uroporphyrinogen decarboxylase  56.18 
 
 		 341 aa  390  1e-107  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3934  uroporphyrinogen decarboxylase  53.89 
 
 		 340 aa  375  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.569662 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4260  uroporphyrinogen decarboxylase  53.59 
 
 		 335 aa  373  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.962102  normal  0.656684 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4393  uroporphyrinogen decarboxylase  50.87 
 
 		 346 aa  365  1e-100  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2843  uroporphyrinogen decarboxylase  51.61 
 
 		 342 aa  367  1e-100  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0629975 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2833  uroporphyrinogen decarboxylase  52.06 
 
 		 344 aa  363  3e-99  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0543255 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1271  uroporphyrinogen decarboxylase  51.98 
 
 		 360 aa  346  3e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2528  uroporphyrinogen decarboxylase  50.59 
 
 		 345 aa  345  6e-94  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3616  uroporphyrinogen decarboxylase  50.29 
 
 		 348 aa  345  8.999999999999999e-94  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00257093  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0118  uroporphyrinogen decarboxylase  49.26 
 
 		 341 aa  341  1e-92  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1039  uroporphyrinogen decarboxylase  52.87 
 
 		 357 aa  341  1e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1494  uroporphyrinogen decarboxylase  52.56 
 
 		 361 aa  340  2.9999999999999998e-92  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0243578 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3629  uroporphyrinogen decarboxylase  50.15 
 
 		 342 aa  338  9.999999999999999e-92  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.204246  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2973  uroporphyrinogen decarboxylase  49.42 
 
 		 345 aa  335  9e-91  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2705  uroporphyrinogen decarboxylase  48.97 
 
 		 344 aa  334  1e-90  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1257  uroporphyrinogen decarboxylase  48.09 
 
 		 355 aa  332  4e-90  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.879102 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0550  uroporphyrinogen decarboxylase  48.68 
 
 		 343 aa  332  5e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1772  uroporphyrinogen decarboxylase  52.59 
 
 		 360 aa  332  5e-90  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.767605  normal  0.203092 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2335  uroporphyrinogen decarboxylase  48.09 
 
 		 343 aa  330  2e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.540822  normal  0.254547 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2475  uroporphyrinogen decarboxylase  49.13 
 
 		 358 aa  330  2e-89  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000149322  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0680  uroporphyrinogen decarboxylase  47.8 
 
 		 343 aa  325  5e-88  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3846  uroporphyrinogen decarboxylase  46.61 
 
 		 343 aa  325  6e-88  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4298  uroporphyrinogen decarboxylase  50.68 
 
 		 392 aa  325  6e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0372721 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1494  uroporphyrinogen decarboxylase  51.4 
 
 		 370 aa  324  2e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.775015  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5016  uroporphyrinogen decarboxylase  48.98 
 
 		 346 aa  303  4.0000000000000003e-81  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.739471  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0010  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  42.94 
 
 		 334 aa  284  1.0000000000000001e-75  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0123  uroporphyrinogen decarboxylase  44.92 
 
 		 354 aa  276  4e-73  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0180562  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0030  uroporphyrinogen decarboxylase  41.44 
 
 		 334 aa  274  1.0000000000000001e-72  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.210193  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1927  uroporphyrinogen decarboxylase  39.83 
 
 		 353 aa  270  2e-71  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.849644  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2005  uroporphyrinogen decarboxylase  43.52 
 
 		 353 aa  270  2e-71  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2681  uroporphyrinogen decarboxylase  42.94 
 
 		 354 aa  270  2.9999999999999997e-71  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.418282 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0272  uroporphyrinogen decarboxylase  42.17 
 
 		 352 aa  269  5e-71  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.109144 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0836  uroporphyrinogen decarboxylase  43.24 
 
 		 354 aa  265  8e-70  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.41854  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2010  uroporphyrinogen decarboxylase  42.59 
 
 		 352 aa  264  1e-69  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00641  uroporphyrinogen decarboxylase  44.23 
 
 		 380 aa  264  1e-69  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0287  uroporphyrinogen decarboxylase  43.54 
 
 		 354 aa  265  1e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.844287  normal  0.0137069 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0245  uroporphyrinogen decarboxylase  42.68 
 
 		 355 aa  264  1e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3008  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  42.94 
 
 		 357 aa  263  2e-69  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0634  uroporphyrinogen decarboxylase  38.48 
 
 		 343 aa  264  2e-69  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000186369  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0483  uroporphyrinogen decarboxylase  39.64 
 
 		 340 aa  261  8.999999999999999e-69  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.258594  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5074  uroporphyrinogen decarboxylase  43.47 
 
 		 354 aa  261  1e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0392  uroporphyrinogen decarboxylase  43.47 
 
 		 354 aa  261  1e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5124  uroporphyrinogen decarboxylase  43.47 
 
 		 354 aa  261  1e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0025  uroporphyrinogen decarboxylase  43.47 
 
 		 356 aa  261  1e-68  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0287  uroporphyrinogen decarboxylase  42.81 
 
 		 354 aa  260  2e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.104978 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0219  uroporphyrinogen decarboxylase  43.56 
 
 		 354 aa  261  2e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0223  uroporphyrinogen decarboxylase  43.56 
 
 		 354 aa  260  3e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0210  uroporphyrinogen decarboxylase  43.25 
 
 		 354 aa  259  3e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0124917 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4947  uroporphyrinogen decarboxylase  43.47 
 
 		 354 aa  260  3e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.136579  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1258  uroporphyrinogen decarboxylase  39.35 
 
 		 340 aa  260  3e-68  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0440  uroporphyrinogen decarboxylase  43.12 
 
 		 354 aa  259  4e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00115919 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1379  uroporphyrinogen decarboxylase  39.35 
 
 		 340 aa  259  6e-68  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0116  uroporphyrinogen decarboxylase  43.69 
 
 		 353 aa  259  6e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.754255  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03874  uroporphyrinogen decarboxylase  43.87 
 
 		 354 aa  259  7e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3997  uroporphyrinogen decarboxylase  43.87 
 
 		 354 aa  259  7e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4028  uroporphyrinogen decarboxylase  43.87 
 
 		 354 aa  259  7e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00901601 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4445  uroporphyrinogen decarboxylase  43.87 
 
 		 354 aa  259  7e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000531857 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4540  uroporphyrinogen decarboxylase  43.87 
 
 		 354 aa  259  7e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4488  uroporphyrinogen decarboxylase  43.87 
 
 		 354 aa  259  7e-68  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.830156  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4231  uroporphyrinogen decarboxylase  43.87 
 
 		 354 aa  259  7e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03827  hypothetical protein  43.87 
 
 		 354 aa  259  7e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4574  uroporphyrinogen decarboxylase  44.04 
 
 		 354 aa  258  8e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.300698 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5466  uroporphyrinogen decarboxylase  43.87 
 
 		 354 aa  258  9e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.843277 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5118  uroporphyrinogen decarboxylase  42.25 
 
 		 354 aa  258  1e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0414  uroporphyrinogen decarboxylase  42.25 
 
 		 354 aa  258  1e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0351  uroporphyrinogen decarboxylase  43.6 
 
 		 355 aa  258  1e-67  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.777116  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0459  uroporphyrinogen decarboxylase  43.6 
 
 		 355 aa  258  1e-67  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000960348 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3849  uroporphyrinogen decarboxylase  43.6 
 
 		 355 aa  258  1e-67  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1013  uroporphyrinogen decarboxylase  38.39 
 
 		 340 aa  258  1e-67  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66550  uroporphyrinogen decarboxylase  43.61 
 
 		 355 aa  258  1e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0448  uroporphyrinogen decarboxylase  41.28 
 
 		 355 aa  257  2e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5771  uroporphyrinogen decarboxylase  43.61 
 
 		 355 aa  257  2e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2666  uroporphyrinogen decarboxylase  42.11 
 
 		 354 aa  257  2e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000212078  normal  0.51797 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0468  uroporphyrinogen decarboxylase  42.38 
 
 		 354 aa  257  2e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.551624  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3920  uroporphyrinogen decarboxylase  42.81 
 
 		 354 aa  257  2e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0413  uroporphyrinogen decarboxylase  42.81 
 
 		 354 aa  256  3e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3846  uroporphyrinogen decarboxylase  42.81 
 
 		 354 aa  256  3e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000118509 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4042  uroporphyrinogen decarboxylase  42.81 
 
 		 354 aa  256  3e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.984022 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4378  uroporphyrinogen decarboxylase  43.56 
 
 		 354 aa  256  3e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.91714 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3406  uroporphyrinogen decarboxylase  42.81 
 
 		 354 aa  257  3e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45190  uroporphyrinogen decarboxylase  44.86 
 
 		 355 aa  256  3e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4500  uroporphyrinogen decarboxylase  43.87 
 
 		 354 aa  256  4e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00407137 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002177  uroporphyrinogen III decarboxylase  43.45 
 
 		 355 aa  256  4e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3039  uroporphyrinogen decarboxylase  43.88 
 
 		 360 aa  256  4e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4411  uroporphyrinogen decarboxylase  43.56 
 
 		 354 aa  256  4e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.356712  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3422  uroporphyrinogen decarboxylase  42.51 
 
 		 354 aa  256  5e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>