More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4393 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_4393  uroporphyrinogen decarboxylase  100 
 
 		 346 aa  705    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3208  uroporphyrinogen decarboxylase  75.73 
 
 		 343 aa  521  1e-147  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3934  uroporphyrinogen decarboxylase  76.2 
 
 		 340 aa  515  1.0000000000000001e-145  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.569662 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4260  uroporphyrinogen decarboxylase  75.9 
 
 		 335 aa  510  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.962102  normal  0.656684 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0854  uroporphyrinogen decarboxylase  69.05 
 
 		 341 aa  484  1e-136  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.913792  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2066  uroporphyrinogen decarboxylase  68.75 
 
 		 341 aa  482  1e-135  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.502432  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1986  uroporphyrinogen decarboxylase  68.45 
 
 		 341 aa  478  1e-134  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3476  uroporphyrinogen decarboxylase  62.91 
 
 		 342 aa  436  1e-121  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1257  uroporphyrinogen decarboxylase  55.1 
 
 		 355 aa  372  1e-102  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.879102 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2534  uroporphyrinogen decarboxylase  53.62 
 
 		 349 aa  368  1e-101  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2936  uroporphyrinogen decarboxylase  52.91 
 
 		 350 aa  368  1e-101  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2192  uroporphyrinogen decarboxylase  53.25 
 
 		 343 aa  367  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1696  uroporphyrinogen decarboxylase  52.1 
 
 		 338 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.146484  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3769  uroporphyrinogen decarboxylase  50.87 
 
 		 348 aa  365  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.477463  normal  0.0130148 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3569  uroporphyrinogen decarboxylase  54.28 
 
 		 350 aa  365  1e-100  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0668232  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3629  uroporphyrinogen decarboxylase  53.82 
 
 		 342 aa  364  1e-99  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.204246  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3616  uroporphyrinogen decarboxylase  53.67 
 
 		 348 aa  363  2e-99  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00257093  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4014  uroporphyrinogen decarboxylase  51.16 
 
 		 348 aa  362  4e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.104329  normal  0.0629126 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0977  uroporphyrinogen decarboxylase  54.55 
 
 		 325 aa  355  5e-97  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.942428  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3846  uroporphyrinogen decarboxylase  53.8 
 
 		 343 aa  355  5e-97  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2705  uroporphyrinogen decarboxylase  53.37 
 
 		 344 aa  350  2e-95  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1826  uroporphyrinogen decarboxylase  51.87 
 
 		 348 aa  345  6e-94  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.024361 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1258  uroporphyrinogen decarboxylase  51.4 
 
 		 325 aa  344  1e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0175405 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2335  uroporphyrinogen decarboxylase  50.88 
 
 		 343 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.540822  normal  0.254547 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2528  uroporphyrinogen decarboxylase  50.44 
 
 		 345 aa  336  2.9999999999999997e-91  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0550  uroporphyrinogen decarboxylase  50.29 
 
 		 343 aa  335  5.999999999999999e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0680  uroporphyrinogen decarboxylase  50.29 
 
 		 343 aa  332  6e-90  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1271  uroporphyrinogen decarboxylase  51.71 
 
 		 360 aa  329  4e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2843  uroporphyrinogen decarboxylase  51.32 
 
 		 342 aa  329  4e-89  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0629975 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1494  uroporphyrinogen decarboxylase  50.57 
 
 		 361 aa  323  4e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0243578 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4298  uroporphyrinogen decarboxylase  49.07 
 
 		 392 aa  321  9.999999999999999e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0372721 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1772  uroporphyrinogen decarboxylase  51.44 
 
 		 360 aa  319  3.9999999999999996e-86  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.767605  normal  0.203092 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1039  uroporphyrinogen decarboxylase  52.12 
 
 		 357 aa  317  1e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2833  uroporphyrinogen decarboxylase  48.97 
 
 		 344 aa  317  2e-85  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0543255 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2973  uroporphyrinogen decarboxylase  47.49 
 
 		 345 aa  317  3e-85  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0118  uroporphyrinogen decarboxylase  45.86 
 
 		 341 aa  306  4.0000000000000004e-82  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1494  uroporphyrinogen decarboxylase  49.72 
 
 		 370 aa  305  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.775015  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2475  uroporphyrinogen decarboxylase  46.09 
 
 		 358 aa  292  5e-78  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000149322  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1927  uroporphyrinogen decarboxylase  45.04 
 
 		 353 aa  283  4.0000000000000003e-75  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.849644  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0116  uroporphyrinogen decarboxylase  45.06 
 
 		 353 aa  277  2e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.754255  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5016  uroporphyrinogen decarboxylase  43.75 
 
 		 346 aa  276  4e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.739471  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2681  uroporphyrinogen decarboxylase  44.44 
 
 		 354 aa  274  2.0000000000000002e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.418282 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0836  uroporphyrinogen decarboxylase  43.86 
 
 		 354 aa  272  5.000000000000001e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.41854  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0010  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  39.69 
 
 		 334 aa  270  2.9999999999999997e-71  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2010  uroporphyrinogen decarboxylase  44.08 
 
 		 352 aa  270  4e-71  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2005  uroporphyrinogen decarboxylase  42.82 
 
 		 353 aa  268  1e-70  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0272  uroporphyrinogen decarboxylase  44.99 
 
 		 352 aa  267  2e-70  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.109144 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1058  uroporphyrinogen decarboxylase  41.86 
 
 		 364 aa  267  2e-70  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0030  uroporphyrinogen decarboxylase  39.63 
 
 		 334 aa  266  2.9999999999999995e-70  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.210193  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0025  uroporphyrinogen decarboxylase  43.66 
 
 		 356 aa  266  4e-70  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0415  uroporphyrinogen decarboxylase  43.19 
 
 		 355 aa  264  2e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0123  uroporphyrinogen decarboxylase  41.91 
 
 		 354 aa  264  2e-69  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0180562  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0245  uroporphyrinogen decarboxylase  42.77 
 
 		 355 aa  264  2e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5074  uroporphyrinogen decarboxylase  42.73 
 
 		 354 aa  262  4.999999999999999e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5118  uroporphyrinogen decarboxylase  42.44 
 
 		 354 aa  263  4.999999999999999e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0414  uroporphyrinogen decarboxylase  42.44 
 
 		 354 aa  262  6.999999999999999e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0392  uroporphyrinogen decarboxylase  41.91 
 
 		 354 aa  260  2e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5124  uroporphyrinogen decarboxylase  42.73 
 
 		 354 aa  261  2e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4947  uroporphyrinogen decarboxylase  42.73 
 
 		 354 aa  261  2e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.136579  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45190  uroporphyrinogen decarboxylase  43.19 
 
 		 355 aa  259  4e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66550  uroporphyrinogen decarboxylase  42.49 
 
 		 355 aa  259  6e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1599  uroporphyrinogen decarboxylase  40.8 
 
 		 368 aa  258  8e-68  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00586302  hitchhiker  0.0000224711 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5771  uroporphyrinogen decarboxylase  42.49 
 
 		 355 aa  258  1e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1502  uroporphyrinogen decarboxylase  40.39 
 
 		 378 aa  256  3e-67  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1681  uroporphyrinogen decarboxylase  40.67 
 
 		 378 aa  257  3e-67  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0387  uroporphyrinogen decarboxylase  42.61 
 
 		 354 aa  256  3e-67  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0552  uroporphyrinogen decarboxylase  42.77 
 
 		 355 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00147846 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0332  uroporphyrinogen decarboxylase  43.2 
 
 		 350 aa  253  3e-66  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0475139  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1028  uroporphyrinogen decarboxylase  40.06 
 
 		 338 aa  253  3e-66  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3008  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  41.57 
 
 		 357 aa  253  3e-66  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0468  uroporphyrinogen decarboxylase  41.86 
 
 		 354 aa  253  3e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.551624  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4080  uroporphyrinogen decarboxylase  42.27 
 
 		 356 aa  252  6e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3304  uroporphyrinogen decarboxylase  42.98 
 
 		 364 aa  252  7e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.787747  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3020  uroporphyrinogen decarboxylase  42.44 
 
 		 351 aa  251  1e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.404032  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0821  uroporphyrinogen decarboxylase  41.64 
 
 		 369 aa  251  1e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00198157  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2666  uroporphyrinogen decarboxylase  40.96 
 
 		 354 aa  251  1e-65  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000212078  normal  0.51797 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4036  uroporphyrinogen decarboxylase  42.98 
 
 		 364 aa  250  2e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.617261  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3963  uroporphyrinogen decarboxylase  42.98 
 
 		 364 aa  251  2e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3022  uroporphyrinogen decarboxylase  42.98 
 
 		 364 aa  250  2e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0287  uroporphyrinogen decarboxylase  39.94 
 
 		 351 aa  250  2e-65  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.551213 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1580  uroporphyrinogen decarboxylase  42.98 
 
 		 364 aa  250  2e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3349  uroporphyrinogen decarboxylase  42.98 
 
 		 364 aa  250  2e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3524  uroporphyrinogen decarboxylase  42.65 
 
 		 356 aa  250  2e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00974086 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3422  uroporphyrinogen decarboxylase  41.5 
 
 		 354 aa  251  2e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3222  uroporphyrinogen decarboxylase  41.67 
 
 		 354 aa  251  2e-65  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.234724 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0044  uroporphyrinogen decarboxylase  42.98 
 
 		 366 aa  249  4e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.629756  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0287  uroporphyrinogen decarboxylase  40.35 
 
 		 354 aa  249  5e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.104978 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2962  uroporphyrinogen decarboxylase  42.98 
 
 		 405 aa  249  5e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0170  uroporphyrinogen decarboxylase  42.98 
 
 		 405 aa  249  5e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2944  uroporphyrinogen decarboxylase  42.49 
 
 		 392 aa  249  5e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0032555  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0111  uroporphyrinogen decarboxylase  42.49 
 
 		 392 aa  249  5e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0979299  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1187  uroporphyrinogen decarboxylase  42.27 
 
 		 353 aa  249  6e-65  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1540  uroporphyrinogen decarboxylase  41.28 
 
 		 354 aa  249  7e-65  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0588582  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1013  uroporphyrinogen decarboxylase  40 
 
 		 340 aa  248  1e-64  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3890  uroporphyrinogen decarboxylase  42.82 
 
 		 366 aa  248  1e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3134  uroporphyrinogen decarboxylase  41.23 
 
 		 370 aa  248  1e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0482  uroporphyrinogen decarboxylase  40.17 
 
 		 354 aa  247  2e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0101  uroporphyrinogen decarboxylase  42.12 
 
 		 392 aa  247  2e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0110  uroporphyrinogen decarboxylase  42.12 
 
 		 375 aa  247  2e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.760433  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3861  uroporphyrinogen decarboxylase  41.23 
 
 		 370 aa  247  2e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.619697 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>