More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3616 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A3616  uroporphyrinogen decarboxylase  100 
 
 		 348 aa  699    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00257093  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1257  uroporphyrinogen decarboxylase  58.65 
 
 		 355 aa  406  1.0000000000000001e-112  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.879102 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3476  uroporphyrinogen decarboxylase  53.96 
 
 		 342 aa  381  1e-104  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3208  uroporphyrinogen decarboxylase  53.78 
 
 		 343 aa  377  1e-103  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0854  uroporphyrinogen decarboxylase  52.8 
 
 		 341 aa  368  1e-101  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.913792  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4260  uroporphyrinogen decarboxylase  54.49 
 
 		 335 aa  364  1e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.962102  normal  0.656684 
 
 
-
 
NC_004310  BR2066  uroporphyrinogen decarboxylase  52.8 
 
 		 341 aa  363  2e-99  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.502432  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4393  uroporphyrinogen decarboxylase  53.67 
 
 		 346 aa  363  2e-99  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2534  uroporphyrinogen decarboxylase  53.33 
 
 		 349 aa  363  3e-99  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3934  uroporphyrinogen decarboxylase  54.19 
 
 		 340 aa  362  6e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.569662 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1986  uroporphyrinogen decarboxylase  52.51 
 
 		 341 aa  360  2e-98  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3629  uroporphyrinogen decarboxylase  54.12 
 
 		 342 aa  359  3e-98  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.204246  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2528  uroporphyrinogen decarboxylase  53.39 
 
 		 345 aa  350  2e-95  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3569  uroporphyrinogen decarboxylase  51.45 
 
 		 350 aa  349  4e-95  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0668232  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2833  uroporphyrinogen decarboxylase  51.74 
 
 		 344 aa  348  1e-94  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0543255 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2192  uroporphyrinogen decarboxylase  49.56 
 
 		 343 aa  347  2e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2936  uroporphyrinogen decarboxylase  50.73 
 
 		 350 aa  346  3e-94  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4014  uroporphyrinogen decarboxylase  50.59 
 
 		 348 aa  345  6e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.104329  normal  0.0629126 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0550  uroporphyrinogen decarboxylase  51.03 
 
 		 343 aa  345  7e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3769  uroporphyrinogen decarboxylase  50.29 
 
 		 348 aa  345  8.999999999999999e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.477463  normal  0.0130148 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1696  uroporphyrinogen decarboxylase  49.7 
 
 		 338 aa  343  2.9999999999999997e-93  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.146484  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2335  uroporphyrinogen decarboxylase  51.33 
 
 		 343 aa  338  7e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.540822  normal  0.254547 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0680  uroporphyrinogen decarboxylase  51.33 
 
 		 343 aa  337  9.999999999999999e-92  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1258  uroporphyrinogen decarboxylase  50.78 
 
 		 325 aa  337  9.999999999999999e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0175405 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3846  uroporphyrinogen decarboxylase  48.53 
 
 		 343 aa  336  3.9999999999999995e-91  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2705  uroporphyrinogen decarboxylase  49.41 
 
 		 344 aa  335  1e-90  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2475  uroporphyrinogen decarboxylase  50.88 
 
 		 358 aa  333  2e-90  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000149322  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1826  uroporphyrinogen decarboxylase  48.85 
 
 		 348 aa  333  4e-90  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.024361 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0118  uroporphyrinogen decarboxylase  49.7 
 
 		 341 aa  333  4e-90  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1927  uroporphyrinogen decarboxylase  48.72 
 
 		 353 aa  331  1e-89  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.849644  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2973  uroporphyrinogen decarboxylase  49.85 
 
 		 345 aa  327  2.0000000000000001e-88  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2843  uroporphyrinogen decarboxylase  49.85 
 
 		 342 aa  326  3e-88  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0629975 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0977  uroporphyrinogen decarboxylase  51.08 
 
 		 325 aa  325  5e-88  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.942428  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1271  uroporphyrinogen decarboxylase  47.73 
 
 		 360 aa  313  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0030  uroporphyrinogen decarboxylase  44.58 
 
 		 334 aa  308  8e-83  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.210193  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1494  uroporphyrinogen decarboxylase  46.35 
 
 		 361 aa  301  8.000000000000001e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0243578 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1772  uroporphyrinogen decarboxylase  47.71 
 
 		 360 aa  298  1e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.767605  normal  0.203092 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0010  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  42.72 
 
 		 334 aa  297  2e-79  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1039  uroporphyrinogen decarboxylase  46.91 
 
 		 357 aa  296  3e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5016  uroporphyrinogen decarboxylase  47.18 
 
 		 346 aa  293  2e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.739471  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4298  uroporphyrinogen decarboxylase  43.82 
 
 		 392 aa  291  9e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0372721 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2010  uroporphyrinogen decarboxylase  45.16 
 
 		 352 aa  291  9e-78  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2005  uroporphyrinogen decarboxylase  45.16 
 
 		 353 aa  290  3e-77  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0123  uroporphyrinogen decarboxylase  45.27 
 
 		 354 aa  289  5.0000000000000004e-77  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0180562  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1494  uroporphyrinogen decarboxylase  46.67 
 
 		 370 aa  288  8e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.775015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0245  uroporphyrinogen decarboxylase  45.13 
 
 		 355 aa  285  5e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1028  uroporphyrinogen decarboxylase  43.21 
 
 		 338 aa  285  5.999999999999999e-76  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03874  uroporphyrinogen decarboxylase  45.72 
 
 		 354 aa  281  1e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3997  uroporphyrinogen decarboxylase  45.72 
 
 		 354 aa  281  1e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4488  uroporphyrinogen decarboxylase  45.72 
 
 		 354 aa  281  1e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.830156  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03827  hypothetical protein  45.72 
 
 		 354 aa  281  1e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2681  uroporphyrinogen decarboxylase  45.27 
 
 		 354 aa  281  1e-74  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.418282 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4231  uroporphyrinogen decarboxylase  45.72 
 
 		 354 aa  281  1e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4028  uroporphyrinogen decarboxylase  45.72 
 
 		 354 aa  281  1e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00901601 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4445  uroporphyrinogen decarboxylase  45.72 
 
 		 354 aa  281  1e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000531857 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4540  uroporphyrinogen decarboxylase  45.72 
 
 		 354 aa  281  1e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1058  uroporphyrinogen decarboxylase  43.77 
 
 		 364 aa  281  2e-74  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5118  uroporphyrinogen decarboxylase  44.84 
 
 		 354 aa  280  3e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0414  uroporphyrinogen decarboxylase  44.25 
 
 		 354 aa  280  3e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2944  uroporphyrinogen decarboxylase  46.51 
 
 		 392 aa  280  3e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0032555  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0111  uroporphyrinogen decarboxylase  46.51 
 
 		 392 aa  280  3e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0979299  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5466  uroporphyrinogen decarboxylase  45.43 
 
 		 354 aa  279  5e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.843277 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0112  uroporphyrinogen decarboxylase  45.93 
 
 		 392 aa  279  6e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.226113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0287  uroporphyrinogen decarboxylase  44.71 
 
 		 354 aa  279  6e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.844287  normal  0.0137069 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5074  uroporphyrinogen decarboxylase  45 
 
 		 354 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3292  uroporphyrinogen decarboxylase  46.09 
 
 		 392 aa  278  1e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.136246  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0116  uroporphyrinogen decarboxylase  46.13 
 
 		 353 aa  278  1e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.754255  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1934  uroporphyrinogen decarboxylase  45.48 
 
 		 365 aa  278  1e-73  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3023  uroporphyrinogen decarboxylase  46.51 
 
 		 378 aa  277  2e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3008  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  44.54 
 
 		 357 aa  277  2e-73  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4947  uroporphyrinogen decarboxylase  44.71 
 
 		 354 aa  276  4e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.136579  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0223  uroporphyrinogen decarboxylase  44.54 
 
 		 354 aa  276  4e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3498  uroporphyrinogen decarboxylase  45.22 
 
 		 367 aa  276  5e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.362674 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5124  uroporphyrinogen decarboxylase  45 
 
 		 354 aa  275  6e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4080  uroporphyrinogen decarboxylase  44.71 
 
 		 356 aa  275  6e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3849  uroporphyrinogen decarboxylase  44.41 
 
 		 355 aa  275  6e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0219  uroporphyrinogen decarboxylase  44.54 
 
 		 354 aa  275  8e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0126  uroporphyrinogen decarboxylase  45.93 
 
 		 375 aa  275  9e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0110  uroporphyrinogen decarboxylase  45.8 
 
 		 375 aa  275  9e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.760433  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0459  uroporphyrinogen decarboxylase  44.41 
 
 		 355 aa  275  1.0000000000000001e-72  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000960348 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0351  uroporphyrinogen decarboxylase  44.41 
 
 		 355 aa  275  1.0000000000000001e-72  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.777116  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0101  uroporphyrinogen decarboxylase  45.8 
 
 		 392 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0448  uroporphyrinogen decarboxylase  42.06 
 
 		 355 aa  274  2.0000000000000002e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2734  uroporphyrinogen decarboxylase  44.41 
 
 		 359 aa  274  2.0000000000000002e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.961609  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4378  uroporphyrinogen decarboxylase  44.54 
 
 		 354 aa  273  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.91714 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2779  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  45.29 
 
 		 356 aa  274  2.0000000000000002e-72  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.313146 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4574  uroporphyrinogen decarboxylase  44.84 
 
 		 354 aa  273  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.300698 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4500  uroporphyrinogen decarboxylase  44.84 
 
 		 354 aa  274  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00407137 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3304  uroporphyrinogen decarboxylase  45.64 
 
 		 364 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.787747  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0392  uroporphyrinogen decarboxylase  44.25 
 
 		 354 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4411  uroporphyrinogen decarboxylase  44.54 
 
 		 354 aa  274  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.356712  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3890  uroporphyrinogen decarboxylase  45.93 
 
 		 366 aa  273  3e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3963  uroporphyrinogen decarboxylase  45.35 
 
 		 364 aa  273  3e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00641  uroporphyrinogen decarboxylase  43.06 
 
 		 380 aa  273  3e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3713  uroporphyrinogen decarboxylase  45.13 
 
 		 360 aa  273  3e-72  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4036  uroporphyrinogen decarboxylase  45.06 
 
 		 364 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.617261  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3867  uroporphyrinogen decarboxylase  45.13 
 
 		 357 aa  273  4.0000000000000004e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0044  uroporphyrinogen decarboxylase  45.93 
 
 		 366 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.629756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3022  uroporphyrinogen decarboxylase  45.35 
 
 		 364 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3349  uroporphyrinogen decarboxylase  45.35 
 
 		 364 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>