More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_1494 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_1772  uroporphyrinogen decarboxylase  97.03 
 
 		 360 aa  676    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.767605  normal  0.203092 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1494  uroporphyrinogen decarboxylase  100 
 
 		 370 aa  733    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.775015  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1494  uroporphyrinogen decarboxylase  89.73 
 
 		 361 aa  633  1e-180  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0243578 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4298  uroporphyrinogen decarboxylase  78.31 
 
 		 392 aa  553  1e-156  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0372721 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1271  uroporphyrinogen decarboxylase  76.9 
 
 		 360 aa  551  1e-156  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1039  uroporphyrinogen decarboxylase  77.18 
 
 		 357 aa  519  1e-146  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2192  uroporphyrinogen decarboxylase  54.19 
 
 		 343 aa  364  1e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0854  uroporphyrinogen decarboxylase  53.2 
 
 		 341 aa  359  5e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.913792  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2066  uroporphyrinogen decarboxylase  52.65 
 
 		 341 aa  357  1.9999999999999998e-97  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.502432  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2936  uroporphyrinogen decarboxylase  53.35 
 
 		 350 aa  353  2e-96  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1986  uroporphyrinogen decarboxylase  52.37 
 
 		 341 aa  352  4e-96  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3476  uroporphyrinogen decarboxylase  51.38 
 
 		 342 aa  350  2e-95  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3569  uroporphyrinogen decarboxylase  54.34 
 
 		 350 aa  350  2e-95  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0668232  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4014  uroporphyrinogen decarboxylase  51.83 
 
 		 348 aa  347  3e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.104329  normal  0.0629126 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3769  uroporphyrinogen decarboxylase  51.4 
 
 		 348 aa  346  4e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.477463  normal  0.0130148 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1696  uroporphyrinogen decarboxylase  52.27 
 
 		 338 aa  344  1e-93  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.146484  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3208  uroporphyrinogen decarboxylase  51.66 
 
 		 343 aa  342  5e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2534  uroporphyrinogen decarboxylase  52.04 
 
 		 349 aa  342  9e-93  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1826  uroporphyrinogen decarboxylase  50.41 
 
 		 348 aa  341  1e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.024361 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4260  uroporphyrinogen decarboxylase  52.82 
 
 		 335 aa  338  9.999999999999999e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.962102  normal  0.656684 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3934  uroporphyrinogen decarboxylase  52.11 
 
 		 340 aa  338  9.999999999999999e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.569662 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1258  uroporphyrinogen decarboxylase  52.96 
 
 		 325 aa  336  2.9999999999999997e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0175405 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0977  uroporphyrinogen decarboxylase  51.91 
 
 		 325 aa  329  4e-89  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.942428  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4393  uroporphyrinogen decarboxylase  49.72 
 
 		 346 aa  325  9e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2833  uroporphyrinogen decarboxylase  49.72 
 
 		 344 aa  321  9.999999999999999e-87  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0543255 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3846  uroporphyrinogen decarboxylase  46.91 
 
 		 343 aa  317  2e-85  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2705  uroporphyrinogen decarboxylase  47.32 
 
 		 344 aa  315  6e-85  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2475  uroporphyrinogen decarboxylase  49.72 
 
 		 358 aa  315  8e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000149322  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2973  uroporphyrinogen decarboxylase  47.21 
 
 		 345 aa  315  8e-85  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1257  uroporphyrinogen decarboxylase  46.76 
 
 		 355 aa  306  4.0000000000000004e-82  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.879102 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3616  uroporphyrinogen decarboxylase  46.67 
 
 		 348 aa  305  1.0000000000000001e-81  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00257093  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2528  uroporphyrinogen decarboxylase  46.09 
 
 		 345 aa  303  3.0000000000000004e-81  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2843  uroporphyrinogen decarboxylase  47.63 
 
 		 342 aa  303  3.0000000000000004e-81  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0629975 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3629  uroporphyrinogen decarboxylase  46.81 
 
 		 342 aa  300  2e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.204246  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0550  uroporphyrinogen decarboxylase  44.97 
 
 		 343 aa  295  6e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2335  uroporphyrinogen decarboxylase  43.7 
 
 		 343 aa  290  3e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.540822  normal  0.254547 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0680  uroporphyrinogen decarboxylase  43.7 
 
 		 343 aa  289  6e-77  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0118  uroporphyrinogen decarboxylase  44.26 
 
 		 341 aa  282  6.000000000000001e-75  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1927  uroporphyrinogen decarboxylase  40.98 
 
 		 353 aa  261  1e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.849644  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2005  uroporphyrinogen decarboxylase  42.05 
 
 		 353 aa  258  9e-68  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0030  uroporphyrinogen decarboxylase  37.24 
 
 		 334 aa  257  2e-67  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.210193  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2010  uroporphyrinogen decarboxylase  41.48 
 
 		 352 aa  253  5.000000000000001e-66  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0010  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  36.15 
 
 		 334 aa  251  2e-65  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2666  uroporphyrinogen decarboxylase  43.3 
 
 		 354 aa  249  8e-65  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000212078  normal  0.51797 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5016  uroporphyrinogen decarboxylase  44.66 
 
 		 346 aa  248  1e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.739471  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66550  uroporphyrinogen decarboxylase  43.39 
 
 		 355 aa  246  4e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5771  uroporphyrinogen decarboxylase  43.39 
 
 		 355 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0123  uroporphyrinogen decarboxylase  41.55 
 
 		 354 aa  243  3.9999999999999997e-63  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0180562  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0116  uroporphyrinogen decarboxylase  42.3 
 
 		 353 aa  243  3.9999999999999997e-63  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.754255  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1013  uroporphyrinogen decarboxylase  38.89 
 
 		 340 aa  241  1e-62  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1470  uroporphyrinogen decarboxylase  39.6 
 
 		 342 aa  242  1e-62  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0414  uroporphyrinogen decarboxylase  41.21 
 
 		 354 aa  239  5e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0415  uroporphyrinogen decarboxylase  41.67 
 
 		 355 aa  239  8e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5118  uroporphyrinogen decarboxylase  41.21 
 
 		 354 aa  237  2e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0552  uroporphyrinogen decarboxylase  42.74 
 
 		 355 aa  238  2e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00147846 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0392  uroporphyrinogen decarboxylase  41.5 
 
 		 354 aa  236  3e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5074  uroporphyrinogen decarboxylase  41.5 
 
 		 354 aa  236  4e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1934  uroporphyrinogen decarboxylase  40.4 
 
 		 365 aa  236  4e-61  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2681  uroporphyrinogen decarboxylase  41.55 
 
 		 354 aa  236  5.0000000000000005e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.418282 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5124  uroporphyrinogen decarboxylase  41.5 
 
 		 354 aa  236  7e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4947  uroporphyrinogen decarboxylase  41.21 
 
 		 354 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.136579  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1268  uroporphyrinogen decarboxylase  36.55 
 
 		 340 aa  234  2.0000000000000002e-60  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00641  uroporphyrinogen decarboxylase  40.99 
 
 		 380 aa  234  2.0000000000000002e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0705  uroporphyrinogen decarboxylase  42.61 
 
 		 365 aa  234  3e-60  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45190  uroporphyrinogen decarboxylase  42.24 
 
 		 355 aa  233  3e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0634  uroporphyrinogen decarboxylase  38.3 
 
 		 343 aa  233  4.0000000000000004e-60  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000186369  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1258  uroporphyrinogen decarboxylase  35.71 
 
 		 340 aa  232  7.000000000000001e-60  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0287  uroporphyrinogen decarboxylase  41.33 
 
 		 354 aa  232  7.000000000000001e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.844287  normal  0.0137069 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0427  uroporphyrinogen decarboxylase  40.4 
 
 		 354 aa  231  1e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0483  uroporphyrinogen decarboxylase  35.71 
 
 		 340 aa  231  1e-59  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.258594  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0272  uroporphyrinogen decarboxylase  41.23 
 
 		 352 aa  231  1e-59  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.109144 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3222  uroporphyrinogen decarboxylase  39.83 
 
 		 354 aa  231  1e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.234724 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1379  uroporphyrinogen decarboxylase  35.71 
 
 		 340 aa  230  2e-59  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3422  uroporphyrinogen decarboxylase  40.11 
 
 		 354 aa  231  2e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0317  uroporphyrinogen decarboxylase  35.92 
 
 		 340 aa  231  2e-59  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0287  uroporphyrinogen decarboxylase  39.5 
 
 		 354 aa  231  2e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.104978 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3498  uroporphyrinogen decarboxylase  41.21 
 
 		 367 aa  230  3e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.362674 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0210  uroporphyrinogen decarboxylase  40.4 
 
 		 354 aa  229  4e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0124917 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0440  uroporphyrinogen decarboxylase  39.22 
 
 		 354 aa  230  4e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00115919 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002177  uroporphyrinogen III decarboxylase  39.71 
 
 		 355 aa  229  6e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1118  uroporphyrinogen decarboxylase  40.99 
 
 		 366 aa  229  6e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4378  uroporphyrinogen decarboxylase  41.26 
 
 		 354 aa  229  6e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.91714 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03874  uroporphyrinogen decarboxylase  40.97 
 
 		 354 aa  229  8e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3997  uroporphyrinogen decarboxylase  40.97 
 
 		 354 aa  229  8e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03827  hypothetical protein  40.97 
 
 		 354 aa  229  8e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4488  uroporphyrinogen decarboxylase  40.97 
 
 		 354 aa  229  8e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.830156  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4540  uroporphyrinogen decarboxylase  40.97 
 
 		 354 aa  229  8e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4574  uroporphyrinogen decarboxylase  41.43 
 
 		 354 aa  229  8e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.300698 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4445  uroporphyrinogen decarboxylase  40.97 
 
 		 354 aa  229  8e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000531857 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4028  uroporphyrinogen decarboxylase  40.97 
 
 		 354 aa  229  8e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00901601 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4231  uroporphyrinogen decarboxylase  40.97 
 
 		 354 aa  229  8e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4411  uroporphyrinogen decarboxylase  41.26 
 
 		 354 aa  228  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.356712  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0836  uroporphyrinogen decarboxylase  40.4 
 
 		 354 aa  228  1e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.41854  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0728  uroporphyrinogen decarboxylase  40.11 
 
 		 354 aa  227  2e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4500  uroporphyrinogen decarboxylase  40.97 
 
 		 354 aa  227  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00407137 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00219  uroporphyrinogen decarboxylase  38.84 
 
 		 355 aa  228  2e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3304  uroporphyrinogen decarboxylase  40.98 
 
 		 364 aa  228  2e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.787747  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0245  uroporphyrinogen decarboxylase  39.83 
 
 		 355 aa  227  2e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0876  uroporphyrinogen decarboxylase  40.11 
 
 		 354 aa  227  2e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1456  uroporphyrinogen decarboxylase  36.73 
 
 		 343 aa  227  2e-58  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>