More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2833 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_2833  uroporphyrinogen decarboxylase  100 
 
 		 344 aa  678    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0543255 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2843  uroporphyrinogen decarboxylase  73.9 
 
 		 342 aa  505  9.999999999999999e-143  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0629975 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0118  uroporphyrinogen decarboxylase  67.46 
 
 		 341 aa  451  1e-125  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2192  uroporphyrinogen decarboxylase  55.62 
 
 		 343 aa  386  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2534  uroporphyrinogen decarboxylase  56.23 
 
 		 349 aa  375  1e-103  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1696  uroporphyrinogen decarboxylase  52.69 
 
 		 338 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.146484  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4014  uroporphyrinogen decarboxylase  52.35 
 
 		 348 aa  366  1e-100  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.104329  normal  0.0629126 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3476  uroporphyrinogen decarboxylase  54.9 
 
 		 342 aa  365  1e-100  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3769  uroporphyrinogen decarboxylase  52.06 
 
 		 348 aa  363  3e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.477463  normal  0.0130148 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2936  uroporphyrinogen decarboxylase  53.08 
 
 		 350 aa  363  3e-99  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2066  uroporphyrinogen decarboxylase  55.03 
 
 		 341 aa  360  2e-98  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.502432  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0854  uroporphyrinogen decarboxylase  54.3 
 
 		 341 aa  360  2e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.913792  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1258  uroporphyrinogen decarboxylase  52.65 
 
 		 325 aa  358  9.999999999999999e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0175405 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1986  uroporphyrinogen decarboxylase  54.73 
 
 		 341 aa  357  1.9999999999999998e-97  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3569  uroporphyrinogen decarboxylase  54.78 
 
 		 350 aa  356  3.9999999999999996e-97  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0668232  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0550  uroporphyrinogen decarboxylase  50.29 
 
 		 343 aa  350  2e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3616  uroporphyrinogen decarboxylase  51.74 
 
 		 348 aa  348  1e-94  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00257093  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0977  uroporphyrinogen decarboxylase  54.06 
 
 		 325 aa  345  5e-94  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.942428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3629  uroporphyrinogen decarboxylase  53.39 
 
 		 342 aa  345  6e-94  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.204246  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1271  uroporphyrinogen decarboxylase  54.83 
 
 		 360 aa  344  2e-93  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2335  uroporphyrinogen decarboxylase  50.72 
 
 		 343 aa  343  2e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.540822  normal  0.254547 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1826  uroporphyrinogen decarboxylase  52.94 
 
 		 348 aa  340  2e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.024361 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0680  uroporphyrinogen decarboxylase  50.58 
 
 		 343 aa  339  4e-92  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2973  uroporphyrinogen decarboxylase  52.82 
 
 		 345 aa  339  4e-92  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2475  uroporphyrinogen decarboxylase  55.49 
 
 		 358 aa  334  1e-90  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000149322  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2528  uroporphyrinogen decarboxylase  50.29 
 
 		 345 aa  333  3e-90  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1257  uroporphyrinogen decarboxylase  50.44 
 
 		 355 aa  329  4e-89  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.879102 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3846  uroporphyrinogen decarboxylase  48.69 
 
 		 343 aa  329  6e-89  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1039  uroporphyrinogen decarboxylase  53.69 
 
 		 357 aa  328  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3208  uroporphyrinogen decarboxylase  50.59 
 
 		 343 aa  326  4.0000000000000003e-88  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3934  uroporphyrinogen decarboxylase  51.79 
 
 		 340 aa  326  4.0000000000000003e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.569662 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4260  uroporphyrinogen decarboxylase  51.19 
 
 		 335 aa  325  1e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.962102  normal  0.656684 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1927  uroporphyrinogen decarboxylase  53.31 
 
 		 353 aa  324  1e-87  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.849644  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2705  uroporphyrinogen decarboxylase  48.97 
 
 		 344 aa  323  2e-87  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4393  uroporphyrinogen decarboxylase  48.97 
 
 		 346 aa  317  2e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1494  uroporphyrinogen decarboxylase  50 
 
 		 361 aa  314  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0243578 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1772  uroporphyrinogen decarboxylase  50.57 
 
 		 360 aa  312  6.999999999999999e-84  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.767605  normal  0.203092 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4298  uroporphyrinogen decarboxylase  50 
 
 		 392 aa  308  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0372721 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1494  uroporphyrinogen decarboxylase  49.72 
 
 		 370 aa  301  1e-80  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.775015  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5016  uroporphyrinogen decarboxylase  48.06 
 
 		 346 aa  291  1e-77  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.739471  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1028  uroporphyrinogen decarboxylase  40.3 
 
 		 338 aa  267  2e-70  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0245  uroporphyrinogen decarboxylase  44.11 
 
 		 355 aa  266  4e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3222  uroporphyrinogen decarboxylase  43.47 
 
 		 354 aa  263  4e-69  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.234724 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0030  uroporphyrinogen decarboxylase  38.89 
 
 		 334 aa  262  8e-69  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.210193  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1013  uroporphyrinogen decarboxylase  41.18 
 
 		 340 aa  261  1e-68  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2005  uroporphyrinogen decarboxylase  41.37 
 
 		 353 aa  261  2e-68  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0010  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  37.91 
 
 		 334 aa  261  2e-68  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2010  uroporphyrinogen decarboxylase  40.77 
 
 		 352 aa  258  8e-68  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1268  uroporphyrinogen decarboxylase  39.32 
 
 		 340 aa  257  2e-67  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00641  uroporphyrinogen decarboxylase  43.22 
 
 		 380 aa  257  2e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1540  uroporphyrinogen decarboxylase  44.21 
 
 		 354 aa  256  3e-67  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0588582  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5466  uroporphyrinogen decarboxylase  44.28 
 
 		 354 aa  256  6e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.843277 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0123  uroporphyrinogen decarboxylase  44.88 
 
 		 354 aa  255  8e-67  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0180562  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2734  uroporphyrinogen decarboxylase  43.94 
 
 		 359 aa  254  1.0000000000000001e-66  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.961609  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0272  uroporphyrinogen decarboxylase  45.51 
 
 		 352 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.109144 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03874  uroporphyrinogen decarboxylase  43.98 
 
 		 354 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3997  uroporphyrinogen decarboxylase  43.98 
 
 		 354 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00219  uroporphyrinogen decarboxylase  43.37 
 
 		 355 aa  254  2.0000000000000002e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4028  uroporphyrinogen decarboxylase  43.98 
 
 		 354 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00901601 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4488  uroporphyrinogen decarboxylase  43.98 
 
 		 354 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.830156  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4231  uroporphyrinogen decarboxylase  43.98 
 
 		 354 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4540  uroporphyrinogen decarboxylase  43.98 
 
 		 354 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4445  uroporphyrinogen decarboxylase  43.98 
 
 		 354 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000531857 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03827  hypothetical protein  43.98 
 
 		 354 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0287  uroporphyrinogen decarboxylase  44.71 
 
 		 354 aa  254  2.0000000000000002e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.844287  normal  0.0137069 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4378  uroporphyrinogen decarboxylase  43.98 
 
 		 354 aa  254  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.91714 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2851  uroporphyrinogen decarboxylase  43.4 
 
 		 355 aa  253  4.0000000000000004e-66  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.180798  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0219  uroporphyrinogen decarboxylase  44.14 
 
 		 354 aa  252  6e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002177  uroporphyrinogen III decarboxylase  43.37 
 
 		 355 aa  252  7e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4411  uroporphyrinogen decarboxylase  43.67 
 
 		 354 aa  252  8.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.356712  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0210  uroporphyrinogen decarboxylase  43.07 
 
 		 354 aa  252  8.000000000000001e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0124917 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4498  uroporphyrinogen decarboxylase  43.67 
 
 		 354 aa  251  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0575835 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4500  uroporphyrinogen decarboxylase  43.37 
 
 		 354 aa  251  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00407137 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0223  uroporphyrinogen decarboxylase  43.67 
 
 		 354 aa  251  1e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4574  uroporphyrinogen decarboxylase  43.37 
 
 		 354 aa  251  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.300698 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1470  uroporphyrinogen decarboxylase  40.56 
 
 		 342 aa  250  2e-65  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0483  uroporphyrinogen decarboxylase  37.54 
 
 		 340 aa  250  3e-65  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.258594  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5771  uroporphyrinogen decarboxylase  44.89 
 
 		 355 aa  250  3e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1258  uroporphyrinogen decarboxylase  37.85 
 
 		 340 aa  250  3e-65  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0634  uroporphyrinogen decarboxylase  36.89 
 
 		 343 aa  249  4e-65  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000186369  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3849  uroporphyrinogen decarboxylase  42.77 
 
 		 355 aa  249  5e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1456  uroporphyrinogen decarboxylase  39.32 
 
 		 343 aa  249  5e-65  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1118  uroporphyrinogen decarboxylase  44.09 
 
 		 366 aa  249  6e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0317  uroporphyrinogen decarboxylase  38.44 
 
 		 340 aa  249  7e-65  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0415  uroporphyrinogen decarboxylase  43.88 
 
 		 355 aa  249  7e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1379  uroporphyrinogen decarboxylase  37.85 
 
 		 340 aa  248  9e-65  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0351  uroporphyrinogen decarboxylase  42.77 
 
 		 355 aa  248  9e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.777116  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0459  uroporphyrinogen decarboxylase  42.77 
 
 		 355 aa  248  9e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000960348 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0116  uroporphyrinogen decarboxylase  42.01 
 
 		 353 aa  248  1e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.754255  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66550  uroporphyrinogen decarboxylase  43.73 
 
 		 355 aa  248  1e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4264  uroporphyrinogen decarboxylase  44 
 
 		 369 aa  246  4e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.773676  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0448  uroporphyrinogen decarboxylase  40.91 
 
 		 355 aa  246  4.9999999999999997e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0414  uroporphyrinogen decarboxylase  43.71 
 
 		 354 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2681  uroporphyrinogen decarboxylase  43.56 
 
 		 354 aa  246  6e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.418282 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5118  uroporphyrinogen decarboxylase  43.71 
 
 		 354 aa  245  8e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0529  uroporphyrinogen decarboxylase  39.32 
 
 		 340 aa  244  9.999999999999999e-64  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1934  uroporphyrinogen decarboxylase  42.9 
 
 		 365 aa  244  1.9999999999999999e-63  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3020  uroporphyrinogen decarboxylase  45.06 
 
 		 351 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.404032  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0427  uroporphyrinogen decarboxylase  43.67 
 
 		 354 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2666  uroporphyrinogen decarboxylase  41.89 
 
 		 354 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000212078  normal  0.51797 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>