More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PsycPRwf_1599 on replicon NC_009524
Organism: Psychrobacter sp. PRwf-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009524  PsycPRwf_1599  uroporphyrinogen decarboxylase  100 
 
 
368 aa  765    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00586302  hitchhiker  0.0000224711 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1502  uroporphyrinogen decarboxylase  76.53 
 
 
378 aa  614  1e-175  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1681  uroporphyrinogen decarboxylase  76 
 
 
378 aa  610  1e-173  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2681  uroporphyrinogen decarboxylase  60.57 
 
 
354 aa  436  1e-121  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.418282 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5118  uroporphyrinogen decarboxylase  59.43 
 
 
354 aa  428  1e-119  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0414  uroporphyrinogen decarboxylase  59.14 
 
 
354 aa  428  1e-119  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4947  uroporphyrinogen decarboxylase  58.57 
 
 
354 aa  423  1e-117  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.136579  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5124  uroporphyrinogen decarboxylase  58.29 
 
 
354 aa  423  1e-117  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0836  uroporphyrinogen decarboxylase  58.86 
 
 
354 aa  421  1e-117  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.41854  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5074  uroporphyrinogen decarboxylase  58 
 
 
354 aa  420  1e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0392  uroporphyrinogen decarboxylase  58.29 
 
 
354 aa  421  1e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0287  uroporphyrinogen decarboxylase  58.19 
 
 
354 aa  418  1e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.104978 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0440  uroporphyrinogen decarboxylase  57.91 
 
 
354 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00115919 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45190  uroporphyrinogen decarboxylase  58.12 
 
 
355 aa  414  1e-114  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0427  uroporphyrinogen decarboxylase  57.34 
 
 
354 aa  412  1e-114  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0415  uroporphyrinogen decarboxylase  57.83 
 
 
355 aa  413  1e-114  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3422  uroporphyrinogen decarboxylase  57.18 
 
 
354 aa  411  1e-114  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0552  uroporphyrinogen decarboxylase  58.69 
 
 
355 aa  414  1e-114  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00147846 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2851  uroporphyrinogen decarboxylase  57.43 
 
 
355 aa  409  1e-113  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.180798  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0468  uroporphyrinogen decarboxylase  56.37 
 
 
354 aa  408  1e-113  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.551624  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66550  uroporphyrinogen decarboxylase  57.26 
 
 
355 aa  409  1e-113  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5771  uroporphyrinogen decarboxylase  57.26 
 
 
355 aa  409  1e-113  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0116  uroporphyrinogen decarboxylase  56.41 
 
 
353 aa  406  1.0000000000000001e-112  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.754255  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0482  uroporphyrinogen decarboxylase  55.52 
 
 
354 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0387  uroporphyrinogen decarboxylase  57.63 
 
 
354 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00641  uroporphyrinogen decarboxylase  56.29 
 
 
380 aa  404  1e-111  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0435  uroporphyrinogen decarboxylase  56.66 
 
 
354 aa  402  1e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0413  uroporphyrinogen decarboxylase  56.66 
 
 
354 aa  402  1e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3846  uroporphyrinogen decarboxylase  56.66 
 
 
354 aa  402  1e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000118509 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1118  uroporphyrinogen decarboxylase  55.52 
 
 
366 aa  402  1e-111  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4042  uroporphyrinogen decarboxylase  56.66 
 
 
354 aa  402  1e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.984022 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3406  uroporphyrinogen decarboxylase  56.94 
 
 
354 aa  404  1e-111  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1540  uroporphyrinogen decarboxylase  56.37 
 
 
354 aa  402  1e-111  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0588582  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0439  uroporphyrinogen decarboxylase  56.66 
 
 
354 aa  402  1e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3590  uroporphyrinogen decarboxylase  56.66 
 
 
354 aa  402  1e-111  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0435  uroporphyrinogen decarboxylase  56.66 
 
 
354 aa  402  1e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3920  uroporphyrinogen decarboxylase  56.66 
 
 
354 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0223  uroporphyrinogen decarboxylase  56.45 
 
 
354 aa  398  9.999999999999999e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0123  uroporphyrinogen decarboxylase  55.24 
 
 
354 aa  399  9.999999999999999e-111  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0180562  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0287  uroporphyrinogen decarboxylase  57.71 
 
 
354 aa  400  9.999999999999999e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.844287  normal  0.0137069 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0245  uroporphyrinogen decarboxylase  57.1 
 
 
355 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0351  uroporphyrinogen decarboxylase  56.73 
 
 
355 aa  395  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.777116  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2779  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  56.45 
 
 
356 aa  398  1e-109  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.313146 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0459  uroporphyrinogen decarboxylase  56.73 
 
 
355 aa  395  1e-109  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000960348 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0219  uroporphyrinogen decarboxylase  56.7 
 
 
354 aa  397  1e-109  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3849  uroporphyrinogen decarboxylase  56.73 
 
 
355 aa  395  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03874  uroporphyrinogen decarboxylase  56 
 
 
354 aa  393  1e-108  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3997  uroporphyrinogen decarboxylase  56 
 
 
354 aa  393  1e-108  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4540  uroporphyrinogen decarboxylase  56 
 
 
354 aa  393  1e-108  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4445  uroporphyrinogen decarboxylase  56 
 
 
354 aa  393  1e-108  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000531857 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4028  uroporphyrinogen decarboxylase  56 
 
 
354 aa  393  1e-108  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00901601 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4231  uroporphyrinogen decarboxylase  56 
 
 
354 aa  393  1e-108  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4488  uroporphyrinogen decarboxylase  56 
 
 
354 aa  393  1e-108  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.830156  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03827  hypothetical protein  56 
 
 
354 aa  393  1e-108  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5466  uroporphyrinogen decarboxylase  56 
 
 
354 aa  393  1e-108  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.843277 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3524  uroporphyrinogen decarboxylase  55.21 
 
 
356 aa  389  1e-107  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00974086 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3303  uroporphyrinogen decarboxylase  55.4 
 
 
364 aa  390  1e-107  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0163615  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0448  uroporphyrinogen decarboxylase  54.86 
 
 
355 aa  389  1e-107  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3498  uroporphyrinogen decarboxylase  54.85 
 
 
367 aa  389  1e-107  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.362674 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3008  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  52.81 
 
 
357 aa  390  1e-107  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4500  uroporphyrinogen decarboxylase  55.71 
 
 
354 aa  390  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00407137 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4498  uroporphyrinogen decarboxylase  55.71 
 
 
354 aa  389  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0575835 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4378  uroporphyrinogen decarboxylase  56 
 
 
354 aa  389  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.91714 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0210  uroporphyrinogen decarboxylase  54.83 
 
 
354 aa  390  1e-107  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0124917 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00219  uroporphyrinogen decarboxylase  55.71 
 
 
355 aa  389  1e-107  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4411  uroporphyrinogen decarboxylase  55.84 
 
 
354 aa  391  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.356712  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002177  uroporphyrinogen III decarboxylase  56 
 
 
355 aa  389  1e-107  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3222  uroporphyrinogen decarboxylase  53.54 
 
 
354 aa  391  1e-107  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.234724 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3342  uroporphyrinogen decarboxylase  54.49 
 
 
363 aa  386  1e-106  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4574  uroporphyrinogen decarboxylase  55.71 
 
 
354 aa  387  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.300698 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2666  uroporphyrinogen decarboxylase  55.01 
 
 
354 aa  387  1e-106  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000212078  normal  0.51797 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3020  uroporphyrinogen decarboxylase  54.57 
 
 
351 aa  388  1e-106  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.404032  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2734  uroporphyrinogen decarboxylase  54.86 
 
 
359 aa  387  1e-106  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.961609  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3174  uroporphyrinogen decarboxylase  54.85 
 
 
367 aa  388  1e-106  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.336159  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4080  uroporphyrinogen decarboxylase  54.26 
 
 
356 aa  383  1e-105  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1934  uroporphyrinogen decarboxylase  52.47 
 
 
365 aa  382  1e-105  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3867  uroporphyrinogen decarboxylase  54.52 
 
 
357 aa  384  1e-105  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0821  uroporphyrinogen decarboxylase  54.45 
 
 
369 aa  384  1e-105  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00198157  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3713  uroporphyrinogen decarboxylase  54.86 
 
 
360 aa  384  1e-105  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3861  uroporphyrinogen decarboxylase  54.67 
 
 
370 aa  384  1e-105  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.619697 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3491  uroporphyrinogen decarboxylase  53.37 
 
 
367 aa  380  1e-104  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000153179  normal  0.770244 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0272  uroporphyrinogen decarboxylase  53.41 
 
 
352 aa  380  1e-104  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.109144 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3134  uroporphyrinogen decarboxylase  54.4 
 
 
370 aa  379  1e-104  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0705  uroporphyrinogen decarboxylase  54.44 
 
 
365 aa  377  1e-103  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0134  uroporphyrinogen decarboxylase  53.99 
 
 
372 aa  377  1e-103  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.106114  normal  0.310056 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2765  uroporphyrinogen decarboxylase  56.82 
 
 
365 aa  378  1e-103  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1058  uroporphyrinogen decarboxylase  51.71 
 
 
364 aa  372  1e-102  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3292  uroporphyrinogen decarboxylase  52.94 
 
 
392 aa  372  1e-102  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.136246  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3890  uroporphyrinogen decarboxylase  52.94 
 
 
366 aa  372  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0044  uroporphyrinogen decarboxylase  53.22 
 
 
366 aa  374  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.629756  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4036  uroporphyrinogen decarboxylase  52.66 
 
 
364 aa  370  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.617261  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2962  uroporphyrinogen decarboxylase  52.66 
 
 
405 aa  369  1e-101  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0032  uroporphyrinogen decarboxylase  51.43 
 
 
355 aa  371  1e-101  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.590696  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0112  uroporphyrinogen decarboxylase  51.82 
 
 
392 aa  369  1e-101  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.226113  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0566  uroporphyrinogen decarboxylase  52.47 
 
 
370 aa  369  1e-101  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3304  uroporphyrinogen decarboxylase  52.94 
 
 
364 aa  370  1e-101  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.787747  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0363  uroporphyrinogen decarboxylase  54.17 
 
 
369 aa  370  1e-101  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.178148  normal  0.394936 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4264  uroporphyrinogen decarboxylase  53.46 
 
 
369 aa  369  1e-101  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.773676  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0111  uroporphyrinogen decarboxylase  52.49 
 
 
392 aa  371  1e-101  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0979299  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4469  uroporphyrinogen decarboxylase  53.3 
 
 
379 aa  370  1e-101  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.450699  normal  0.0158572 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>