More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_07940 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_07940  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  100 
 
 		 257 aa  508  1e-143  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0767106  normal  0.467358 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09710  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  43.15 
 
 		 310 aa  201  8e-51  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.966936  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19530  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  42.6 
 
 		 309 aa  169  5e-41  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.183251  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4553  AraC family transcriptional regulator  40.36 
 
 		 265 aa  157  1e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.340606  normal  0.506644 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37350  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  40.35 
 
 		 293 aa  144  2e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5572  transcriptional regulator, AraC family  38.57 
 
 		 251 aa  134  9.999999999999999e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2466  transcriptional regulator, AraC family  36.16 
 
 		 306 aa  134  9.999999999999999e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3341  transcriptional regulator, AraC family  34.22 
 
 		 265 aa  128  9.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.811719 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2994  transcriptional regulator, AraC family  34.22 
 
 		 265 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4421  putative HTH-type transcriptional regulator YeaM  32.74 
 
 		 278 aa  126  3e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.755891  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5182  AraC family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 241 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1956  AraC family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 293 aa  125  6e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00233066  normal  0.263741 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2086  AraC family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 293 aa  125  6e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000391503  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1644  AraC family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 333 aa  124  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000273212  normal  0.0582405 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2493  transcriptional regulator, AraC family  33.94 
 
 		 299 aa  124  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000346931  normal  0.0115142 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2671  AraC family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 288 aa  123  3e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2073  AraC family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 293 aa  122  7e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000233142  normal  0.314085 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1991  AraC family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 287 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000491634  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2054  AraC family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 293 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000130101  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6023  AraC family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 293 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0029418  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1222  AraC family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 292 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0178453  normal  0.17813 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3062  transcription regulator protein  34.31 
 
 		 268 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.413653  normal  0.153433 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4026  AraC family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 267 aa  120  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5145  transcriptional regulator, AraC family  35.87 
 
 		 248 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2982  transcriptional regulator, AraC family  29.41 
 
 		 273 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.184639  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2096  AraC family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 297 aa  119  6e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000553056  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1594  AraC family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 287 aa  119  6e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.0000369845  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2532  AraC family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 287 aa  119  6e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.867635  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3217  AraC family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 287 aa  119  6e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000309187  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1369  AraC family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 287 aa  119  6e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000576535  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2478  AraC family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 287 aa  119  6e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000123953  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0052  AraC family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 275 aa  118  7e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5363  AraC family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 311 aa  118  9e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000169612  normal  0.258501 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3128  AraC family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 261 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.030776  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3330  AraC family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 257 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.865476  normal  0.894904 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2200  AraC family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 280 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.21456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4262  transcriptional regulator  35.06 
 
 		 259 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.141119  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4313  transcriptional regulator, AraC family  30.8 
 
 		 264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2619  AraC family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 450 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0177667  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1967  AraC family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 257 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.397797  normal  0.0346972 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1375  AraC family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 294 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000191451  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0140  AraC family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 256 aa  115  5e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0596  AraC family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 284 aa  115  5e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3448  AraC family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 272 aa  115  6e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.940044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0022  AraC family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 272 aa  115  8.999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2055  transcriptional regulator, AraC family  31.38 
 
 		 282 aa  115  8.999999999999998e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.727489  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2365  AraC family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 257 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.192445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4073  AraC family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 272 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0991  AraC family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 270 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1993  AraC family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 284 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2679  AraC family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 268 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1308  AraC family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 261 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.998927 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0885  transcriptional regulator, AraC family  32.74 
 
 		 267 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0430739 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0696  AraC family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 276 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0283  transcriptional regulator, AraC family  32.89 
 
 		 246 aa  113  3e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5230  AraC family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 272 aa  113  3e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.957838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0784  helix-turn-helix domain-containing protein  29.96 
 
 		 278 aa  112  4.0000000000000004e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.620589  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3397  AraC family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 272 aa  112  5e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3814  helix-turn-helix domain-containing protein  29.96 
 
 		 281 aa  112  5e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.777055 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2370  AraC family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 275 aa  112  6e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.737872 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2259  AraC family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 271 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0423097  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1632  AraC family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 278 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.653877  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3674  transcriptional regulator, AraC family  30.45 
 
 		 273 aa  111  9e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.222565  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2424  AraC family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 287 aa  111  9e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.584107 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4378  helix-turn-helix domain-containing protein  28.22 
 
 		 273 aa  111  1.0000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.735178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2711  AraC family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 262 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000615291 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1923  AraC family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 270 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1951  AraC family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 274 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0409973  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2490  AraC family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 247 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5828  AraC family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 257 aa  110  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.243558  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36360  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  34.44 
 
 		 280 aa  110  3e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2721  AraC family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 272 aa  110  3e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3660  AraC family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 262 aa  109  3e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.812139  normal  0.771843 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4887  AraC family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 278 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0694091  normal  0.145685 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1602  transcriptional regulator, AraC family  32.13 
 
 		 265 aa  109  4.0000000000000004e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.188856  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0159  AraC family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 277 aa  109  4.0000000000000004e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.512442 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4134  AraC family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 262 aa  109  5e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.574832  normal  0.554852 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1180  putative transcriptional regulator  28.23 
 
 		 262 aa  109  5e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3675  putative transcriptional regulator  33.18 
 
 		 260 aa  108  7.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.308069  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1462  AraC family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 247 aa  108  8.000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13060  putative transcriptional regulator  28.23 
 
 		 262 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3418  AraC family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 261 aa  108  1e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4298  AraC family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 271 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.552158  normal  0.269124 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1773  AraC family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 267 aa  107  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0125271 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4979  AraC family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 271 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1868  AraC family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 270 aa  107  2e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.598218 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2110  AraC family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 270 aa  107  2e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0650904 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3181  AraC family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 271 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50040  transcriptional regulator  32.62 
 
 		 259 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.101345  normal  0.0268029 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5835  AraC family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 276 aa  107  3e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.376008  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2316  transcriptional regulator, AraC family  35.56 
 
 		 273 aa  106  3e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.870051  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1849  transcriptional regulator, AraC family  32.3 
 
 		 280 aa  107  3e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.976253  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0740  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 279 aa  106  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.218916  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1576  transcriptional regulator, AraC family  33.94 
 
 		 267 aa  106  3e-22  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19070  transcriptional regulator, AraC family  37.05 
 
 		 279 aa  106  4e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.163333  normal  0.137069 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3853  transcriptional regulator, AraC family protein  25.12 
 
 		 262 aa  106  4e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3997  AraC family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 261 aa  105  5e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.106241  normal  0.415557 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0172  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 263 aa  106  5e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1081  AraC family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 255 aa  105  5e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1856  transcriptional regulator, AraC family  29 
 
 		 273 aa  105  6e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0387007  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>