More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0591 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0591  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 344 aa  709    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0167634 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1870  LacI family transcription regulator  61.05 
 
 		 342 aa  426  1e-118  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00075643 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2244  LacI family transcription regulator  58.93 
 
 		 351 aa  418  1e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2461  LacI family transcription regulator  59.23 
 
 		 351 aa  421  1e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0661891  normal  0.518687 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1772  transcriptional regulator, LacI family protein  59.52 
 
 		 345 aa  419  1e-116  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.297999  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2252  LacI family transcription regulator  59.52 
 
 		 346 aa  420  1e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.305473 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2345  alanine racemase  59.23 
 
 		 351 aa  421  1e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2002  transcriptional regulator, LacI family  58.63 
 
 		 348 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000460258 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1769  LacI family transcription regulator  58.93 
 
 		 346 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1847  LacI family transcription regulator  58.93 
 
 		 346 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2356  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  58.63 
 
 		 348 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1655  LacI family transcription regulator  58.63 
 
 		 366 aa  414  1e-114  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.677065  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0974  putative sugar-binding protein  57.1 
 
 		 340 aa  408  1e-113  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2196  LacI family transcription regulator  58.98 
 
 		 340 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0908748  hitchhiker  0.000488625 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1820  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  58.33 
 
 		 345 aa  404  1e-111  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2185  LacI family transcription regulator  59.23 
 
 		 339 aa  397  1e-109  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01891  putative sugar-binding protein  55.69 
 
 		 343 aa  387  1e-106  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0103851  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1032  transcriptional regulator, LacI family  56.76 
 
 		 376 aa  378  1e-104  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1887  LacI family transcription regulator  55.36 
 
 		 344 aa  374  1e-102  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.587669  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0597  LacI family transcription regulator  54.79 
 
 		 344 aa  358  7e-98  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.10797  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02412  transcriptional regulator  40.46 
 
 		 343 aa  251  9.000000000000001e-66  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3960  LacI family transcription regulator  39 
 
 		 340 aa  231  1e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.292064 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1435  LacI family transcription regulator  38.64 
 
 		 339 aa  228  1e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0140184  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1320  LacI family transcription regulator  38.1 
 
 		 342 aa  223  4.9999999999999996e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.593334  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0392  LacI family transcription regulator  38.97 
 
 		 330 aa  220  1.9999999999999999e-56  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0318668 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0978  LacI family transcription regulator  38.37 
 
 		 339 aa  220  3e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2960  transcriptional regulator, LacI family  39.88 
 
 		 337 aa  220  3e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.430193 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4088  LacI family transcription regulator  38.44 
 
 		 337 aa  217  2.9999999999999998e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3504  transcriptional regulator, LacI family protein  36.01 
 
 		 340 aa  209  4e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0875897  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3237  LacI family transcription regulator  37.76 
 
 		 343 aa  208  1e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0226  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.54 
 
 		 355 aa  207  1e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.586057  normal  0.327461 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1823  LacI family transcription regulator  35.61 
 
 		 341 aa  207  2e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.288921  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2737  LacI family transcription regulator  35.17 
 
 		 337 aa  203  4e-51  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.771788 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2090  LacI family transcription regulator  38.01 
 
 		 338 aa  202  8e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0967  LacI family transcription regulator  35.92 
 
 		 352 aa  198  1.0000000000000001e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.934127 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1880  LacI family transcription regulator  32.76 
 
 		 344 aa  182  1e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.606893  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3179  transcriptional regulator, LacI family  37.36 
 
 		 355 aa  181  2e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.588941  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  35.8 
 
 		 333 aa  181  2e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4539  transcriptional regulator, LacI family  35.17 
 
 		 350 aa  180  2.9999999999999997e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.166389  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.63 
 
 		 336 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  33.63 
 
 		 337 aa  174  1.9999999999999998e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2822  LacI family transcription regulator  35.96 
 
 		 352 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.531617  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1187  LacI family regulatory protein  35.67 
 
 		 384 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.34285  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0262  LacI family transcription regulator  36.28 
 
 		 344 aa  171  2e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  32.56 
 
 		 341 aa  170  4e-41  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2788  transcriptional regulator, LacI family  36.49 
 
 		 339 aa  169  5e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4116  alanine racemase  34.39 
 
 		 334 aa  169  6e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  34.12 
 
 		 341 aa  169  9e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3227  LacI family transcription regulator  34.77 
 
 		 362 aa  166  4e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  35.99 
 
 		 337 aa  166  5e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  33.53 
 
 		 333 aa  166  6.9999999999999995e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0303  LacI family transcription regulator  35.31 
 
 		 335 aa  165  1.0000000000000001e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.139649 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2858  LacI family transcription regulator  33.62 
 
 		 343 aa  164  2.0000000000000002e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.640321  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  34.49 
 
 		 339 aa  164  3e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4333  transcriptional regulator, LacI family  36.36 
 
 		 340 aa  164  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.706731 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0524  alanine racemase  33.43 
 
 		 339 aa  164  3e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.287125 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1398  ribose operon repressor RbsR  32.25 
 
 		 334 aa  163  5.0000000000000005e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0297  LacI family transcription regulator  32.94 
 
 		 340 aa  162  6e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2870  transcriptional regulator, LacI family  32.84 
 
 		 342 aa  162  7e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1685  transcriptional regulator, LacI family  32.84 
 
 		 337 aa  162  7e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2170  LacI family transcription regulator  32.66 
 
 		 366 aa  162  8.000000000000001e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.626121  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  35.4 
 
 		 333 aa  162  1e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2594  transcriptional regulator, LacI family  34.02 
 
 		 339 aa  161  1e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.72 
 
 		 330 aa  160  3e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1883  LacI family transcription regulator  32.66 
 
 		 351 aa  159  5e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0216034  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  33.43 
 
 		 332 aa  159  5e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6278  transcriptional regulator, LacI family  34.39 
 
 		 338 aa  159  6e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5463  LacI family transcription regulator  33.43 
 
 		 344 aa  159  6e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.316293  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2691  LacI family transcription regulator  33.43 
 
 		 335 aa  159  6e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1277  LacI family transcription regulator  32.94 
 
 		 344 aa  158  1e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0780915  normal  0.320448 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1769  LacI family transcription regulator  33.04 
 
 		 339 aa  157  2e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4568  transcriptional regulator, LacI family  33.81 
 
 		 357 aa  157  3e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0512  LacI family transcription regulator  32.58 
 
 		 336 aa  157  3e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0389  LacI family transcription regulator  32.75 
 
 		 335 aa  157  3e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0127409 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4596  transcriptional regulator, LacI family  35.39 
 
 		 340 aa  157  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0502076 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0275  transcriptional regulator, LacI family  32.54 
 
 		 339 aa  156  4e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.555598 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0325  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.75 
 
 		 335 aa  156  5.0000000000000005e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0938  LacI family transcription regulator  31.78 
 
 		 340 aa  155  7e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0104625  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1515  transcriptional regulator, LacI family  30.29 
 
 		 339 aa  155  8e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  33.83 
 
 		 332 aa  155  9e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0907  LacI family transcription regulator  33.52 
 
 		 341 aa  155  1e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.625918  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  36.14 
 
 		 386 aa  155  1e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  33.23 
 
 		 333 aa  155  1e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  31.66 
 
 		 331 aa  155  1e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.23 
 
 		 333 aa  155  1e-36  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06936  hypothetical protein  31.99 
 
 		 340 aa  154  2e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2606  transcriptional regulator  32.56 
 
 		 348 aa  154  2e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1333  transcriptional regulator, LacI family  34.45 
 
 		 347 aa  154  2e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00834702  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1561  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.14 
 
 		 348 aa  154  2e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.63047 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3623  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.18 
 
 		 335 aa  154  2e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.487296  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0582  alanine racemase  31.04 
 
 		 337 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000548778  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  31.23 
 
 		 349 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1895  LacI family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 339 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.371942 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  31.01 
 
 		 348 aa  153  4e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20880  transcriptional regulator, LacI family  31.98 
 
 		 343 aa  152  5.9999999999999996e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  33.43 
 
 		 338 aa  152  5.9999999999999996e-36  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2245  LacI family transcription regulator  34.72 
 
 		 338 aa  152  7e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.115687  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0809  transcriptional regulator, LacI family  31.12 
 
 		 344 aa  152  7e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.119427 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4121  transcriptional regulator, LacI family  34.14 
 
 		 343 aa  151  1e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.944766 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1732  transcriptional regulator, LacI family  33.82 
 
 		 340 aa  151  1e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0521835  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>