More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1870 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1870  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 342 aa  702    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00075643 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2002  transcriptional regulator, LacI family  80.53 
 
 		 348 aa  568  1e-161  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000460258 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2461  LacI family transcription regulator  80.53 
 
 		 351 aa  569  1e-161  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0661891  normal  0.518687 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2356  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  80.53 
 
 		 348 aa  568  1e-161  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2345  alanine racemase  80.53 
 
 		 351 aa  569  1e-161  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1769  LacI family transcription regulator  80.24 
 
 		 346 aa  562  1.0000000000000001e-159  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1847  LacI family transcription regulator  80.24 
 
 		 346 aa  562  1.0000000000000001e-159  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2244  LacI family transcription regulator  79.35 
 
 		 351 aa  558  1e-158  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2196  LacI family transcription regulator  79.82 
 
 		 340 aa  558  1e-158  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0908748  hitchhiker  0.000488625 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1655  LacI family transcription regulator  78.76 
 
 		 366 aa  559  1e-158  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.677065  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1820  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  79.12 
 
 		 345 aa  555  1e-157  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2252  LacI family transcription regulator  79.06 
 
 		 346 aa  553  1e-156  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.305473 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1772  transcriptional regulator, LacI family protein  75.22 
 
 		 345 aa  530  1e-149  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.297999  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0974  putative sugar-binding protein  66.08 
 
 		 340 aa  467  9.999999999999999e-131  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2185  LacI family transcription regulator  64.31 
 
 		 339 aa  436  1e-121  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0591  LacI family transcription regulator  61.05 
 
 		 344 aa  426  1e-118  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0167634 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01891  putative sugar-binding protein  62.54 
 
 		 343 aa  427  1e-118  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0103851  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1032  transcriptional regulator, LacI family  64.67 
 
 		 376 aa  418  1e-116  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0597  LacI family transcription regulator  58.08 
 
 		 344 aa  396  1e-109  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.10797  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1887  LacI family transcription regulator  57.69 
 
 		 344 aa  393  1e-108  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.587669  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0978  LacI family transcription regulator  40.18 
 
 		 339 aa  263  4e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2960  transcriptional regulator, LacI family  44.71 
 
 		 337 aa  260  2e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.430193 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1435  LacI family transcription regulator  37.76 
 
 		 339 aa  248  1e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0140184  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1823  LacI family transcription regulator  38.99 
 
 		 341 aa  248  1e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.288921  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3960  LacI family transcription regulator  44.79 
 
 		 340 aa  246  4e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.292064 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3504  transcriptional regulator, LacI family protein  38.99 
 
 		 340 aa  236  4e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0875897  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1320  LacI family transcription regulator  39.1 
 
 		 342 aa  235  1.0000000000000001e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.593334  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02412  transcriptional regulator  38.53 
 
 		 343 aa  234  2.0000000000000002e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0392  LacI family transcription regulator  39.76 
 
 		 330 aa  221  9.999999999999999e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0318668 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0226  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  40.3 
 
 		 355 aa  219  6e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.586057  normal  0.327461 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2090  LacI family transcription regulator  42.17 
 
 		 338 aa  219  7e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3237  LacI family transcription regulator  38.18 
 
 		 343 aa  208  9e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4088  LacI family transcription regulator  36.31 
 
 		 337 aa  203  4e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  36.95 
 
 		 333 aa  199  6e-50  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0303  LacI family transcription regulator  36.12 
 
 		 335 aa  197  3e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.139649 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2737  LacI family transcription regulator  34.8 
 
 		 337 aa  193  3e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.771788 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1880  LacI family transcription regulator  32.84 
 
 		 344 aa  188  1e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.606893  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  35.8 
 
 		 348 aa  182  6e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0967  LacI family transcription regulator  34.22 
 
 		 352 aa  179  4e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.934127 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  34.84 
 
 		 333 aa  176  5e-43  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.84 
 
 		 333 aa  176  5e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  34.51 
 
 		 332 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3179  transcriptional regulator, LacI family  35.43 
 
 		 355 aa  173  2.9999999999999996e-42  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.588941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2822  LacI family transcription regulator  37.04 
 
 		 352 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.531617  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.14 
 
 		 336 aa  173  3.9999999999999995e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1187  LacI family regulatory protein  36.65 
 
 		 384 aa  172  5e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.34285  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  35.61 
 
 		 332 aa  172  9e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2594  transcriptional regulator, LacI family  33.53 
 
 		 339 aa  172  1e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  34.52 
 
 		 333 aa  171  2e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3227  LacI family transcription regulator  34.57 
 
 		 362 aa  167  2.9999999999999998e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0582  alanine racemase  31.64 
 
 		 337 aa  166  5e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000548778  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6278  transcriptional regulator, LacI family  33.53 
 
 		 338 aa  166  5e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1561  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.52 
 
 		 348 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.63047 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  32.95 
 
 		 338 aa  164  2.0000000000000002e-39  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06936  hypothetical protein  32.95 
 
 		 340 aa  162  1e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  34.11 
 
 		 353 aa  162  1e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  30.7 
 
 		 337 aa  161  1e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2170  LacI family transcription regulator  31.82 
 
 		 366 aa  160  2e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.626121  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0297  LacI family transcription regulator  32.44 
 
 		 340 aa  160  2e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0699  transcriptional regulator, LacI family  30.79 
 
 		 341 aa  160  3e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  34.39 
 
 		 334 aa  160  3e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2870  transcriptional regulator, LacI family  33.04 
 
 		 342 aa  159  5e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2699  transcriptional regulator, LacI family  33.62 
 
 		 339 aa  159  6e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2858  LacI family transcription regulator  34.2 
 
 		 343 aa  159  7e-38  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.640321  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1685  transcriptional regulator, LacI family  32.85 
 
 		 337 aa  158  1e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  32.66 
 
 		 341 aa  158  2e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3623  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.16 
 
 		 335 aa  157  2e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.487296  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2788  transcriptional regulator, LacI family  34.2 
 
 		 339 aa  157  3e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1515  transcriptional regulator, LacI family  31.2 
 
 		 339 aa  157  3e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0279  transcriptional regulator, LacI family  32.56 
 
 		 351 aa  156  4e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20880  transcriptional regulator, LacI family  32.27 
 
 		 343 aa  156  4e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  29.45 
 
 		 333 aa  156  5.0000000000000005e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 342 aa  155  8e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0275  transcriptional regulator, LacI family  32.94 
 
 		 339 aa  155  1e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.555598 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1120  regulatory protein, LacI  31.86 
 
 		 324 aa  155  1e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0262  LacI family transcription regulator  33.62 
 
 		 344 aa  155  1e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0402  transcriptional regulator, LacI family  33.53 
 
 		 339 aa  155  1e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000159796  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4539  transcriptional regulator, LacI family  32.16 
 
 		 350 aa  154  1e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.166389  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0282  LacI family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 342 aa  155  1e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.727359 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1277  LacI family transcription regulator  34.9 
 
 		 344 aa  155  1e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0780915  normal  0.320448 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.33 
 
 		 330 aa  154  2e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  28.61 
 
 		 331 aa  154  2e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  35.19 
 
 		 353 aa  154  2e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1683  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.5 
 
 		 341 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0134  LacI family transcription regulator  34.57 
 
 		 343 aa  153  4e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0907  LacI family transcription regulator  32.66 
 
 		 341 aa  153  5e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.625918  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  32.07 
 
 		 340 aa  153  5e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4111  transcriptional repressor RbsR  30.47 
 
 		 333 aa  153  5e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0488485  normal  0.0159443 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4270  transcriptional repressor RbsR  31.58 
 
 		 330 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000205239  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3304  LacI family transcription regulator  32.13 
 
 		 335 aa  152  5.9999999999999996e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.547709 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1069  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  33.73 
 
 		 328 aa  152  7e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.209088 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4568  transcriptional regulator, LacI family  32.93 
 
 		 357 aa  152  8e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5190  transcriptional repressor RbsR  31.58 
 
 		 330 aa  152  8e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00327915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4122  transcriptional repressor RbsR  31.58 
 
 		 330 aa  152  8e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.305602  normal  0.0911869 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0832  LacI family transcription regulator  30.92 
 
 		 346 aa  152  8e-36  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0426  transcriptional regulator, LacI family  33.24 
 
 		 381 aa  152  8e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5463  LacI family transcription regulator  33.83 
 
 		 344 aa  152  8.999999999999999e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.316293  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4241  transcriptional repressor RbsR  31.58 
 
 		 330 aa  151  1e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.327464  hitchhiker  0.00680444 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  33.63 
 
 		 338 aa  151  1e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0524  alanine racemase  33.72 
 
 		 339 aa  151  1e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.287125 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>