More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_2196 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_2196  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 340 aa  696    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0908748  hitchhiker  0.000488625 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2252  LacI family transcription regulator  85 
 
 		 346 aa  594  1e-169  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.305473 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1769  LacI family transcription regulator  84.71 
 
 		 346 aa  592  1e-168  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1847  LacI family transcription regulator  84.71 
 
 		 346 aa  593  1e-168  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2345  alanine racemase  83.53 
 
 		 351 aa  592  1e-168  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2461  LacI family transcription regulator  83.53 
 
 		 351 aa  592  1e-168  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0661891  normal  0.518687 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2002  transcriptional regulator, LacI family  83.24 
 
 		 348 aa  590  1e-167  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000460258 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2244  LacI family transcription regulator  84.12 
 
 		 351 aa  590  1e-167  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2356  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  83.24 
 
 		 348 aa  590  1e-167  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1655  LacI family transcription regulator  80.88 
 
 		 366 aa  570  1e-161  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.677065  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1820  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  80.42 
 
 		 345 aa  558  1e-158  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1870  LacI family transcription regulator  79.82 
 
 		 342 aa  558  1e-158  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00075643 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1772  transcriptional regulator, LacI family protein  77.74 
 
 		 345 aa  542  1e-153  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.297999  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0974  putative sugar-binding protein  67.75 
 
 		 340 aa  473  1e-132  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2185  LacI family transcription regulator  65.38 
 
 		 339 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1032  transcriptional regulator, LacI family  63.28 
 
 		 376 aa  418  1e-116  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01891  putative sugar-binding protein  61.13 
 
 		 343 aa  412  1e-114  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0103851  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0591  LacI family transcription regulator  58.98 
 
 		 344 aa  405  1.0000000000000001e-112  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0167634 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1887  LacI family transcription regulator  59.05 
 
 		 344 aa  399  9.999999999999999e-111  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.587669  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0597  LacI family transcription regulator  58.16 
 
 		 344 aa  398  9.999999999999999e-111  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.10797  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1320  LacI family transcription regulator  39.3 
 
 		 342 aa  258  1e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.593334  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2960  transcriptional regulator, LacI family  43.4 
 
 		 337 aa  256  3e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.430193 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3960  LacI family transcription regulator  44.31 
 
 		 340 aa  251  1e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.292064 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1435  LacI family transcription regulator  38.1 
 
 		 339 aa  241  1e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0140184  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0978  LacI family transcription regulator  38.69 
 
 		 339 aa  239  5e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02412  transcriptional regulator  37.94 
 
 		 343 aa  231  1e-59  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0392  LacI family transcription regulator  39.04 
 
 		 330 aa  225  8e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0318668 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3504  transcriptional regulator, LacI family protein  36.39 
 
 		 340 aa  218  1e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0875897  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2090  LacI family transcription regulator  39.7 
 
 		 338 aa  217  2e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1823  LacI family transcription regulator  36.5 
 
 		 341 aa  215  8e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.288921  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0226  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.46 
 
 		 355 aa  209  5e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.586057  normal  0.327461 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  37.57 
 
 		 333 aa  206  3e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3237  LacI family transcription regulator  37.46 
 
 		 343 aa  206  7e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4088  LacI family transcription regulator  36.34 
 
 		 337 aa  203  3e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2737  LacI family transcription regulator  34.88 
 
 		 337 aa  197  2.0000000000000003e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.771788 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0303  LacI family transcription regulator  34.23 
 
 		 335 aa  187  2e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.139649 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.79 
 
 		 333 aa  185  8e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  37.79 
 
 		 333 aa  185  9e-46  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1880  LacI family transcription regulator  31.42 
 
 		 344 aa  182  7e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.606893  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  36.56 
 
 		 338 aa  179  5.999999999999999e-44  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0967  LacI family transcription regulator  32.73 
 
 		 352 aa  177  3e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.934127 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  33.92 
 
 		 332 aa  171  2e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.63 
 
 		 336 aa  166  4e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06936  hypothetical protein  33.24 
 
 		 340 aa  162  6e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  32.34 
 
 		 333 aa  161  1e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5463  LacI family transcription regulator  35.03 
 
 		 344 aa  160  2e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.316293  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1515  transcriptional regulator, LacI family  32.55 
 
 		 339 aa  160  3e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6278  transcriptional regulator, LacI family  32.65 
 
 		 338 aa  158  1e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23020  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 336 aa  158  1e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000406909  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0832  LacI family transcription regulator  32.77 
 
 		 346 aa  157  2e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1561  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.74 
 
 		 348 aa  157  2e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.63047 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0911  transcriptional regulator, LacI family  34.02 
 
 		 332 aa  157  2e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2594  transcriptional regulator, LacI family  31.45 
 
 		 339 aa  158  2e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  31.94 
 
 		 348 aa  157  3e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0938  LacI family transcription regulator  31.94 
 
 		 340 aa  156  6e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0104625  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16200  transcriptional regulator, LacI family  32.64 
 
 		 336 aa  155  9e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00346268  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2170  LacI family transcription regulator  31.16 
 
 		 366 aa  155  9e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.626121  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  30.27 
 
 		 337 aa  154  2e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  31.67 
 
 		 341 aa  154  2e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4116  alanine racemase  32.09 
 
 		 334 aa  154  2e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20880  transcriptional regulator, LacI family  32.37 
 
 		 343 aa  154  2.9999999999999998e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2822  LacI family transcription regulator  33.93 
 
 		 352 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.531617  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1789  transcriptional regulator, LacI family  31.96 
 
 		 343 aa  153  4e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0325  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.17 
 
 		 335 aa  153  4e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3179  transcriptional regulator, LacI family  31.5 
 
 		 355 aa  153  4e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.588941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0389  LacI family transcription regulator  32.16 
 
 		 335 aa  153  5e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0127409 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0809  transcriptional regulator, LacI family  30.54 
 
 		 344 aa  153  5e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.119427 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0699  transcriptional regulator, LacI family  31.66 
 
 		 341 aa  153  5e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  35.1 
 
 		 337 aa  153  5e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0838  LacI family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 331 aa  152  5.9999999999999996e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.620074  normal  0.213955 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1187  LacI family regulatory protein  33.63 
 
 		 384 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.34285  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2691  LacI family transcription regulator  31.34 
 
 		 335 aa  152  1e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0134  LacI family transcription regulator  34.55 
 
 		 343 aa  151  1e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4539  transcriptional regulator, LacI family  31.16 
 
 		 350 aa  150  2e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.166389  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  32.65 
 
 		 334 aa  151  2e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  30.95 
 
 		 332 aa  150  3e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  29.57 
 
 		 333 aa  150  3e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0262  LacI family transcription regulator  32.75 
 
 		 344 aa  150  3e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1895  LacI family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 339 aa  150  4e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.371942 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  29.79 
 
 		 331 aa  150  4e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00440  transcriptional regulator, LacI family  31.25 
 
 		 338 aa  149  5e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0279  transcriptional regulator, LacI family  30.43 
 
 		 351 aa  149  5e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2699  transcriptional regulator, LacI family  31.61 
 
 		 339 aa  149  5e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1685  transcriptional regulator, LacI family  30.36 
 
 		 337 aa  149  7e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0582  alanine racemase  29.04 
 
 		 337 aa  149  8e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000548778  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0415  LacI family transcription regulator  31.76 
 
 		 335 aa  149  8e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.280412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3227  LacI family transcription regulator  32.76 
 
 		 362 aa  149  9e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4113  transcriptional repressor RbsR  29.86 
 
 		 332 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.493547  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3984  LacI family transcription regulator  31.3 
 
 		 339 aa  148  1.0000000000000001e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.125023  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2788  transcriptional regulator, LacI family  32.82 
 
 		 339 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  30.55 
 
 		 342 aa  147  2.0000000000000003e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4169  transcriptional repressor RbsR  29.86 
 
 		 332 aa  148  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.451515  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  30.43 
 
 		 338 aa  148  2.0000000000000003e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1732  transcriptional regulator, LacI family  32.75 
 
 		 340 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0521835  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27370  transcriptional regulator, LacI family  32.74 
 
 		 339 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0316556  normal  0.625648 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4278  transcriptional repressor RbsR  29.86 
 
 		 332 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134192  normal  0.933942 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.65 
 
 		 339 aa  147  3e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.79 
 
 		 335 aa  147  3e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4098  transcriptional repressor RbsR  29.86 
 
 		 332 aa  146  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.396512  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0282  LacI family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 342 aa  146  6e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.727359 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>