More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1772 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1772  transcriptional regulator, LacI family protein  100 
 
 		 345 aa  712    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.297999  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2461  LacI family transcription regulator  83.78 
 
 		 351 aa  592  1e-168  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0661891  normal  0.518687 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2345  alanine racemase  83.78 
 
 		 351 aa  592  1e-168  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1847  LacI family transcription regulator  82.89 
 
 		 346 aa  587  1e-167  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2002  transcriptional regulator, LacI family  82.89 
 
 		 348 aa  585  1e-166  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000460258 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1769  LacI family transcription regulator  82.6 
 
 		 346 aa  586  1e-166  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2252  LacI family transcription regulator  82.89 
 
 		 346 aa  586  1e-166  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.305473 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2356  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  83.19 
 
 		 348 aa  587  1e-166  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2244  LacI family transcription regulator  82.01 
 
 		 351 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1820  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  82.6 
 
 		 345 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1655  LacI family transcription regulator  76.74 
 
 		 366 aa  556  1e-157  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.677065  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2196  LacI family transcription regulator  77.74 
 
 		 340 aa  542  1e-153  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0908748  hitchhiker  0.000488625 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1870  LacI family transcription regulator  75.22 
 
 		 342 aa  530  1e-149  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00075643 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0974  putative sugar-binding protein  64.71 
 
 		 340 aa  459  9.999999999999999e-129  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2185  LacI family transcription regulator  63.82 
 
 		 339 aa  434  1e-121  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0591  LacI family transcription regulator  59.52 
 
 		 344 aa  419  1e-116  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0167634 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1032  transcriptional regulator, LacI family  63.77 
 
 		 376 aa  418  1e-116  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01891  putative sugar-binding protein  57.77 
 
 		 343 aa  402  1e-111  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0103851  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0597  LacI family transcription regulator  57.44 
 
 		 344 aa  395  1e-109  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.10797  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1887  LacI family transcription regulator  58.41 
 
 		 344 aa  387  1e-106  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.587669  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1320  LacI family transcription regulator  39.35 
 
 		 342 aa  244  9.999999999999999e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.593334  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2960  transcriptional regulator, LacI family  41.76 
 
 		 337 aa  241  1e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.430193 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1435  LacI family transcription regulator  36.83 
 
 		 339 aa  237  2e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0140184  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3960  LacI family transcription regulator  41.62 
 
 		 340 aa  237  3e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.292064 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0978  LacI family transcription regulator  37.2 
 
 		 339 aa  229  8e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1823  LacI family transcription regulator  37.94 
 
 		 341 aa  227  2e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.288921  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3504  transcriptional regulator, LacI family protein  36.8 
 
 		 340 aa  224  2e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0875897  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0392  LacI family transcription regulator  39.76 
 
 		 330 aa  223  4e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0318668 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3237  LacI family transcription regulator  39.27 
 
 		 343 aa  221  9.999999999999999e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0226  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  40.42 
 
 		 355 aa  221  9.999999999999999e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.586057  normal  0.327461 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2090  LacI family transcription regulator  41.34 
 
 		 338 aa  216  2.9999999999999998e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02412  transcriptional regulator  36.18 
 
 		 343 aa  217  2.9999999999999998e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4088  LacI family transcription regulator  37.07 
 
 		 337 aa  213  2.9999999999999995e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2737  LacI family transcription regulator  36 
 
 		 337 aa  207  1e-52  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.771788 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0303  LacI family transcription regulator  36.73 
 
 		 335 aa  201  9.999999999999999e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.139649 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  36.07 
 
 		 333 aa  188  1e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1880  LacI family transcription regulator  33.13 
 
 		 344 aa  185  1.0000000000000001e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.606893  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  33.04 
 
 		 332 aa  175  9.999999999999999e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0967  LacI family transcription regulator  32.56 
 
 		 352 aa  174  1.9999999999999998e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.934127 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  32.95 
 
 		 338 aa  172  7.999999999999999e-42  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  35.71 
 
 		 333 aa  167  2e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.69 
 
 		 333 aa  167  2e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0402  transcriptional regulator, LacI family  34.23 
 
 		 339 aa  166  5e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000159796  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2788  transcriptional regulator, LacI family  34.28 
 
 		 339 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.82 
 
 		 339 aa  162  6e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 333 aa  161  1e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2699  transcriptional regulator, LacI family  33.53 
 
 		 339 aa  160  3e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  30.95 
 
 		 341 aa  160  3e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1883  LacI family transcription regulator  30.46 
 
 		 351 aa  160  3e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0216034  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.03 
 
 		 336 aa  159  7e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1214  transcriptional regulator, LacI family  32.27 
 
 		 333 aa  159  8e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000107104  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3179  transcriptional regulator, LacI family  32.86 
 
 		 355 aa  159  9e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.588941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06936  hypothetical protein  34.11 
 
 		 340 aa  157  2e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  35.69 
 
 		 337 aa  158  2e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2870  transcriptional regulator, LacI family  32.28 
 
 		 342 aa  158  2e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  33.24 
 
 		 348 aa  157  3e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  32.64 
 
 		 332 aa  157  3e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2822  LacI family transcription regulator  34.56 
 
 		 352 aa  156  4e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.531617  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1187  LacI family regulatory protein  34.28 
 
 		 384 aa  155  9e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.34285  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6278  transcriptional regulator, LacI family  32.55 
 
 		 338 aa  155  1e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1631  LacI family transcription regulator  31.46 
 
 		 381 aa  154  2e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.213128  normal  0.697087 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4539  transcriptional regulator, LacI family  31.71 
 
 		 350 aa  154  2.9999999999999998e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.166389  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  31.49 
 
 		 341 aa  152  5.9999999999999996e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00440  transcriptional regulator, LacI family  30.43 
 
 		 338 aa  152  1e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2594  transcriptional regulator, LacI family  30.77 
 
 		 339 aa  151  2e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2170  LacI family transcription regulator  30.97 
 
 		 366 aa  150  3e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.626121  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0279  transcriptional regulator, LacI family  29.91 
 
 		 351 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  31.69 
 
 		 339 aa  148  1.0000000000000001e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0582  alanine racemase  31.09 
 
 		 337 aa  147  3e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000548778  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  31.78 
 
 		 334 aa  146  6e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1685  transcriptional regulator, LacI family  29.76 
 
 		 337 aa  146  6e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27370  transcriptional regulator, LacI family  32.74 
 
 		 339 aa  145  8.000000000000001e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0316556  normal  0.625648 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1561  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.49 
 
 		 348 aa  145  8.000000000000001e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.63047 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0673  transcriptional regulator, LacI family  30.21 
 
 		 382 aa  145  9e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.208846  normal  0.309345 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  31.47 
 
 		 347 aa  145  1e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4333  transcriptional regulator, LacI family  34.38 
 
 		 340 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.706731 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.54 
 
 		 330 aa  145  1e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3227  LacI family transcription regulator  31.73 
 
 		 362 aa  145  1e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  31.96 
 
 		 353 aa  145  1e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2049  LacI family transcription regulator  33.63 
 
 		 352 aa  144  2e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.586342  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0416  LacI family transcription regulator  30.12 
 
 		 349 aa  144  2e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.339437  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  32.36 
 
 		 335 aa  144  2e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3030  transcriptional regulator, LacI family  32.94 
 
 		 342 aa  144  3e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.06 
 
 		 335 aa  144  3e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3623  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.5 
 
 		 335 aa  144  3e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.487296  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3049  transcriptional regulator, LacI family  30.52 
 
 		 336 aa  143  4e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.490257  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0297  LacI family transcription regulator  31.07 
 
 		 340 aa  143  5e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.76 
 
 		 336 aa  142  7e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  29.59 
 
 		 337 aa  142  8e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3304  LacI family transcription regulator  31.64 
 
 		 335 aa  142  8e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.547709 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0832  LacI family transcription regulator  30.9 
 
 		 346 aa  142  9e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0870  alanine racemase  33.63 
 
 		 351 aa  142  9e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3965  transcriptional regulator AscG  30.81 
 
 		 350 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0485  transcriptional repressor, LacI family  28.71 
 
 		 339 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.614525  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2850  transcriptional regulator AscG  30.97 
 
 		 337 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6720  transcriptional regulator, LacI family  32.09 
 
 		 374 aa  142  9.999999999999999e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.396206  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20880  transcriptional regulator, LacI family  30.99 
 
 		 343 aa  142  9.999999999999999e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  30.88 
 
 		 339 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1971  LacI family transcription regulator  33.04 
 
 		 352 aa  141  1.9999999999999998e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.137395  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2999  transcriptional regulator AscG  30.97 
 
 		 337 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>