More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3960 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3960  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 340 aa  696    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.292064 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1435  LacI family transcription regulator  42.86 
 
 		 339 aa  275  7e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0140184  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0226  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  44.64 
 
 		 355 aa  275  9e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.586057  normal  0.327461 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02412  transcriptional regulator  40.99 
 
 		 343 aa  259  6e-68  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3504  transcriptional regulator, LacI family protein  39.88 
 
 		 340 aa  257  2e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0875897  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0978  LacI family transcription regulator  40.95 
 
 		 339 aa  256  5e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2252  LacI family transcription regulator  44.05 
 
 		 346 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.305473 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2196  LacI family transcription regulator  44.31 
 
 		 340 aa  251  1e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0908748  hitchhiker  0.000488625 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2002  transcriptional regulator, LacI family  44.01 
 
 		 348 aa  248  1e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000460258 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0392  LacI family transcription regulator  42.86 
 
 		 330 aa  248  1e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0318668 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2356  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  44.01 
 
 		 348 aa  247  2e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4088  LacI family transcription regulator  41.92 
 
 		 337 aa  246  3e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2461  LacI family transcription regulator  44.01 
 
 		 351 aa  246  3e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0661891  normal  0.518687 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2345  alanine racemase  44.01 
 
 		 351 aa  246  3e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1870  LacI family transcription regulator  44.79 
 
 		 342 aa  246  4e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00075643 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0974  putative sugar-binding protein  41.62 
 
 		 340 aa  246  4.9999999999999997e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2737  LacI family transcription regulator  41.67 
 
 		 337 aa  245  6.999999999999999e-64  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.771788 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2244  LacI family transcription regulator  44.05 
 
 		 351 aa  245  8e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1769  LacI family transcription regulator  44.05 
 
 		 346 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1847  LacI family transcription regulator  44.05 
 
 		 346 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2960  transcriptional regulator, LacI family  38.35 
 
 		 337 aa  242  6e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.430193 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3237  LacI family transcription regulator  41.82 
 
 		 343 aa  239  5.999999999999999e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1823  LacI family transcription regulator  38.64 
 
 		 341 aa  238  1e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.288921  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1772  transcriptional regulator, LacI family protein  41.62 
 
 		 345 aa  237  3e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.297999  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1655  LacI family transcription regulator  43.62 
 
 		 366 aa  236  3e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.677065  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1820  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  41.96 
 
 		 345 aa  232  8.000000000000001e-60  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0591  LacI family transcription regulator  39 
 
 		 344 aa  231  1e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0167634 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0967  LacI family transcription regulator  36.36 
 
 		 352 aa  228  1e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.934127 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01891  putative sugar-binding protein  40.36 
 
 		 343 aa  224  2e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0103851  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1880  LacI family transcription regulator  36.83 
 
 		 344 aa  222  6e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.606893  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0597  LacI family transcription regulator  39.18 
 
 		 344 aa  221  1.9999999999999999e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.10797  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1032  transcriptional regulator, LacI family  39.16 
 
 		 376 aa  218  1e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2185  LacI family transcription regulator  39.7 
 
 		 339 aa  216  4e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1887  LacI family transcription regulator  40.52 
 
 		 344 aa  212  5.999999999999999e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.587669  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0303  LacI family transcription regulator  37.83 
 
 		 335 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.139649 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  35.24 
 
 		 333 aa  184  2.0000000000000003e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1320  LacI family transcription regulator  34.23 
 
 		 342 aa  174  1.9999999999999998e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.593334  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.33 
 
 		 333 aa  166  6.9999999999999995e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  33.04 
 
 		 333 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.18 
 
 		 333 aa  159  5e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00440  transcriptional regulator, LacI family  31.64 
 
 		 338 aa  157  2e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  30.5 
 
 		 331 aa  156  6e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0832  LacI family transcription regulator  32.46 
 
 		 346 aa  155  9e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2170  LacI family transcription regulator  32.65 
 
 		 366 aa  154  2e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.626121  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1883  LacI family transcription regulator  30.27 
 
 		 351 aa  154  2e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0216034  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  33.73 
 
 		 335 aa  154  2e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.45 
 
 		 336 aa  153  4e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  32.55 
 
 		 338 aa  153  5e-36  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  30.59 
 
 		 334 aa  152  7e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  30.45 
 
 		 328 aa  151  1e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  33.04 
 
 		 338 aa  151  2e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  33.23 
 
 		 333 aa  151  2e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1367  ribose operon repressor  31.32 
 
 		 333 aa  150  2e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.390962  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6278  transcriptional regulator, LacI family  31.27 
 
 		 338 aa  149  5e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2788  transcriptional regulator, LacI family  30.95 
 
 		 339 aa  149  6e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2870  transcriptional regulator, LacI family  31.33 
 
 		 342 aa  148  1.0000000000000001e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1895  LacI family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 339 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.371942 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0402  transcriptional regulator, LacI family  31.66 
 
 		 339 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000159796  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  30.77 
 
 		 334 aa  148  2.0000000000000003e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0226  LacI family transcription regulator  29.55 
 
 		 336 aa  147  3e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1870  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.19 
 
 		 337 aa  147  3e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.796705  normal  0.714887 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  30.77 
 
 		 334 aa  146  4.0000000000000006e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.33 
 
 		 330 aa  147  4.0000000000000006e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  30.36 
 
 		 338 aa  146  6e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13210  transcriptional regulator, LacI family  28.57 
 
 		 345 aa  146  6e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0297  LacI family transcription regulator  30.33 
 
 		 340 aa  146  6e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.64 
 
 		 335 aa  145  8.000000000000001e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  32.54 
 
 		 332 aa  145  8.000000000000001e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0809  transcriptional regulator, LacI family  30.99 
 
 		 344 aa  145  1e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.119427 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0506  LacI family transcription regulator  33.04 
 
 		 332 aa  145  1e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.549777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  31.25 
 
 		 335 aa  145  1e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  30 
 
 		 329 aa  144  2e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  29.62 
 
 		 337 aa  144  2e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  29.59 
 
 		 336 aa  144  2e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3227  LacI family transcription regulator  30.31 
 
 		 362 aa  144  3e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  31.94 
 
 		 337 aa  142  6e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.34 
 
 		 335 aa  142  6e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07020  transcriptional regulator, LacI family  33.88 
 
 		 345 aa  142  7e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.851743  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1685  transcriptional regulator, LacI family  30.45 
 
 		 337 aa  142  7e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  27.6 
 
 		 333 aa  142  8e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  29.91 
 
 		 341 aa  142  9e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  29.38 
 
 		 333 aa  142  9e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.97 
 
 		 341 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  30.97 
 
 		 341 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  30.97 
 
 		 341 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.24 
 
 		 339 aa  142  9.999999999999999e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.97 
 
 		 341 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.97 
 
 		 341 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  30.97 
 
 		 341 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.97 
 
 		 330 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.97 
 
 		 343 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3984  LacI family transcription regulator  29.82 
 
 		 339 aa  141  1.9999999999999998e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.125023  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.97 
 
 		 343 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0961  transcriptional regulator, LacI family  30.65 
 
 		 359 aa  140  3e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0262  LacI family transcription regulator  31.76 
 
 		 344 aa  140  3e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3049  transcriptional regulator, LacI family  28.61 
 
 		 336 aa  140  3e-32  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.490257  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19800  transcriptional regulator, LacI family  31.75 
 
 		 336 aa  140  3e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.08 
 
 		 336 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 342 aa  140  3.9999999999999997e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4113  transcriptional repressor RbsR  30.09 
 
 		 332 aa  140  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.493547  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>