More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3237 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3237  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 343 aa  682    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0226  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  53.33 
 
 		 355 aa  356  2.9999999999999997e-97  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.586057  normal  0.327461 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0392  LacI family transcription regulator  54.27 
 
 		 330 aa  352  5.9999999999999994e-96  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0318668 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02412  transcriptional regulator  43.29 
 
 		 343 aa  248  9e-65  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3960  LacI family transcription regulator  41.82 
 
 		 340 aa  239  5.999999999999999e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.292064 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1880  LacI family transcription regulator  42.81 
 
 		 344 aa  234  2.0000000000000002e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.606893  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1435  LacI family transcription regulator  39.09 
 
 		 339 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0140184  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2960  transcriptional regulator, LacI family  40.12 
 
 		 337 aa  229  5e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.430193 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1032  transcriptional regulator, LacI family  42.77 
 
 		 376 aa  223  3e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0978  LacI family transcription regulator  37.69 
 
 		 339 aa  223  3e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3504  transcriptional regulator, LacI family protein  34.94 
 
 		 340 aa  223  4e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0875897  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0967  LacI family transcription regulator  39.94 
 
 		 352 aa  221  9.999999999999999e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.934127 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1772  transcriptional regulator, LacI family protein  39.27 
 
 		 345 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.297999  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1823  LacI family transcription regulator  36.67 
 
 		 341 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.288921  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1655  LacI family transcription regulator  39.58 
 
 		 366 aa  213  4.9999999999999996e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.677065  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4088  LacI family transcription regulator  36.89 
 
 		 337 aa  211  2e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1820  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.88 
 
 		 345 aa  210  2e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2252  LacI family transcription regulator  39.22 
 
 		 346 aa  209  4e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.305473 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1870  LacI family transcription regulator  38.18 
 
 		 342 aa  208  9e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00075643 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1887  LacI family transcription regulator  41.14 
 
 		 344 aa  208  1e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.587669  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0591  LacI family transcription regulator  37.76 
 
 		 344 aa  208  1e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0167634 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2461  LacI family transcription regulator  38.37 
 
 		 351 aa  207  3e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0661891  normal  0.518687 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2345  alanine racemase  38.37 
 
 		 351 aa  207  3e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0597  LacI family transcription regulator  38.97 
 
 		 344 aa  206  6e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.10797  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2196  LacI family transcription regulator  37.46 
 
 		 340 aa  206  7e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0908748  hitchhiker  0.000488625 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2356  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.55 
 
 		 348 aa  205  8e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2002  transcriptional regulator, LacI family  38.55 
 
 		 348 aa  205  9e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000460258 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2244  LacI family transcription regulator  38.55 
 
 		 351 aa  202  5e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1847  LacI family transcription regulator  38.55 
 
 		 346 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1769  LacI family transcription regulator  38.25 
 
 		 346 aa  200  3.9999999999999996e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01891  putative sugar-binding protein  36.75 
 
 		 343 aa  197  2.0000000000000003e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0103851  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0974  putative sugar-binding protein  34.74 
 
 		 340 aa  195  8.000000000000001e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2737  LacI family transcription regulator  36.28 
 
 		 337 aa  195  8.000000000000001e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.771788 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0303  LacI family transcription regulator  38.3 
 
 		 335 aa  185  8e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.139649 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2185  LacI family transcription regulator  35.09 
 
 		 339 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  31.42 
 
 		 333 aa  167  2e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  31.53 
 
 		 338 aa  158  1e-37  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.74 
 
 		 336 aa  155  9e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2799  transcriptional regulator, LacI family  35.67 
 
 		 340 aa  153  2.9999999999999998e-36  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.93 
 
 		 335 aa  154  2.9999999999999998e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0389  LacI family transcription regulator  37.24 
 
 		 335 aa  153  4e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0127409 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.03 
 
 		 336 aa  153  4e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  29.5 
 
 		 334 aa  150  4e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0838  LacI family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 331 aa  149  6e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.620074  normal  0.213955 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  31.87 
 
 		 332 aa  149  6e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0345  transcriptional regulator for D-ribose, periplasmic binding protein, LacI family protein  29.08 
 
 		 334 aa  149  8e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  34.24 
 
 		 333 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0325  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.56 
 
 		 335 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.4 
 
 		 330 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  31.14 
 
 		 333 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  32.74 
 
 		 335 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0402  transcriptional regulator, LacI family  29.76 
 
 		 339 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000159796  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.14 
 
 		 333 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  26.49 
 
 		 341 aa  147  3e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  33.14 
 
 		 353 aa  145  7.0000000000000006e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0911  transcriptional regulator, LacI family  32.93 
 
 		 332 aa  145  8.000000000000001e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0698  LacI family transcription regulator  27.48 
 
 		 345 aa  144  2e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000445681  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1320  LacI family transcription regulator  33.63 
 
 		 342 aa  144  2e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.593334  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  30.18 
 
 		 331 aa  144  2e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000337  ribose operon repressor  28.9 
 
 		 340 aa  144  2e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2311  transcriptional regulator, LacI family  30.33 
 
 		 335 aa  143  5e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000106518  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0352  transcriptional regulator, LacI family  30.06 
 
 		 339 aa  143  6e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00440  transcriptional regulator, LacI family  29.67 
 
 		 338 aa  142  6e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3394  transcriptional regulator  35.17 
 
 		 361 aa  141  1.9999999999999998e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.330741 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  29.59 
 
 		 328 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0566  transcriptional regulator, LacI family  28.7 
 
 		 328 aa  141  1.9999999999999998e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.85 
 
 		 335 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0134  LacI family transcription regulator  33.63 
 
 		 343 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  30.72 
 
 		 338 aa  140  3e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06936  hypothetical protein  28.92 
 
 		 340 aa  140  3e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2863  putative catabolite control protein A  28.61 
 
 		 332 aa  140  3e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  30.06 
 
 		 355 aa  140  3.9999999999999997e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6720  transcriptional regulator, LacI family  35.19 
 
 		 374 aa  140  3.9999999999999997e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.396206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1601  alanine racemase  29.45 
 
 		 337 aa  140  3.9999999999999997e-32  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.520299  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1481  transcriptional regulator, LacI family  29.33 
 
 		 342 aa  140  4.999999999999999e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.510371  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2548  catabolite control protein A, putative  28.32 
 
 		 332 aa  139  6e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0279  transcriptional regulator, LacI family  31.55 
 
 		 351 aa  139  6e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4415  transcriptional regulator, LacI family  32.35 
 
 		 342 aa  139  7e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0938  LacI family transcription regulator  32.05 
 
 		 340 aa  139  7.999999999999999e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0104625  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0809  transcriptional regulator, LacI family  34.63 
 
 		 344 aa  139  7.999999999999999e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.119427 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  28.01 
 
 		 386 aa  139  8.999999999999999e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1367  ribose operon repressor  28.2 
 
 		 333 aa  139  8.999999999999999e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.390962  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0485  transcriptional repressor, LacI family  32.64 
 
 		 339 aa  138  1e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.614525  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0262  LacI family transcription regulator  33.33 
 
 		 344 aa  138  1e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  33.03 
 
 		 337 aa  138  1e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06141  hypothetical protein  28.24 
 
 		 336 aa  138  1e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0663  transcriptional regulator, LacI family  27.11 
 
 		 338 aa  138  2e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  32.05 
 
 		 348 aa  138  2e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  32.15 
 
 		 349 aa  138  2e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2155  transcriptional regulator, LacI family  33.23 
 
 		 338 aa  137  2e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.677334  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4116  alanine racemase  32.57 
 
 		 334 aa  137  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1214  transcriptional regulator, LacI family  32.23 
 
 		 333 aa  138  2e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000107104  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  31.23 
 
 		 333 aa  138  2e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  30.77 
 
 		 337 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5463  LacI family transcription regulator  34.83 
 
 		 344 aa  137  4e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.316293  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1878  transcriptional regulator, LacI family  34 
 
 		 351 aa  136  4e-31  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0941149  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4568  transcriptional regulator, LacI family  33.83 
 
 		 357 aa  137  4e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4111  transcriptional repressor RbsR  30.65 
 
 		 333 aa  136  4e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0488485  normal  0.0159443 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2680  alanine racemase  32.43 
 
 		 338 aa  136  5e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.769144  normal  0.967228 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.14 
 
 		 342 aa  136  5e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>