More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1820 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_1820  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 		 345 aa  708    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2461  LacI family transcription regulator  84.37 
 
 		 351 aa  594  1e-169  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0661891  normal  0.518687 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2252  LacI family transcription regulator  84.66 
 
 		 346 aa  595  1e-169  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.305473 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2002  transcriptional regulator, LacI family  84.37 
 
 		 348 aa  594  1e-169  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000460258 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2356  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  84.37 
 
 		 348 aa  594  1e-169  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2345  alanine racemase  84.37 
 
 		 351 aa  594  1e-169  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2244  LacI family transcription regulator  83.78 
 
 		 351 aa  593  1e-168  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1769  LacI family transcription regulator  84.07 
 
 		 346 aa  593  1e-168  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1847  LacI family transcription regulator  84.07 
 
 		 346 aa  593  1e-168  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1772  transcriptional regulator, LacI family protein  82.6 
 
 		 345 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.297999  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1655  LacI family transcription regulator  81.42 
 
 		 366 aa  578  1e-164  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.677065  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2196  LacI family transcription regulator  80.42 
 
 		 340 aa  558  1e-158  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0908748  hitchhiker  0.000488625 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1870  LacI family transcription regulator  79.12 
 
 		 342 aa  555  1e-157  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00075643 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0974  putative sugar-binding protein  65.49 
 
 		 340 aa  465  9.999999999999999e-131  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2185  LacI family transcription regulator  61.95 
 
 		 339 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1032  transcriptional regulator, LacI family  64.07 
 
 		 376 aa  416  9.999999999999999e-116  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01891  putative sugar-binding protein  60 
 
 		 343 aa  409  1e-113  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0103851  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0591  LacI family transcription regulator  58.33 
 
 		 344 aa  404  1e-111  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0167634 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0597  LacI family transcription regulator  58.93 
 
 		 344 aa  389  1e-107  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.10797  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1887  LacI family transcription regulator  57.4 
 
 		 344 aa  380  1e-104  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.587669  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2960  transcriptional regulator, LacI family  44.12 
 
 		 337 aa  250  2e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.430193 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1823  LacI family transcription regulator  40.18 
 
 		 341 aa  239  5.999999999999999e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.288921  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1435  LacI family transcription regulator  37.13 
 
 		 339 aa  238  1e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0140184  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3960  LacI family transcription regulator  41.96 
 
 		 340 aa  232  8.000000000000001e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.292064 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0978  LacI family transcription regulator  38.1 
 
 		 339 aa  231  2e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1320  LacI family transcription regulator  37.87 
 
 		 342 aa  228  1e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.593334  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0226  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  41.76 
 
 		 355 aa  224  1e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.586057  normal  0.327461 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02412  transcriptional regulator  38.53 
 
 		 343 aa  223  3e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3504  transcriptional regulator, LacI family protein  37.28 
 
 		 340 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0875897  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0392  LacI family transcription regulator  40.06 
 
 		 330 aa  218  2e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0318668 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2737  LacI family transcription regulator  37.28 
 
 		 337 aa  210  2e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.771788 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3237  LacI family transcription regulator  39.88 
 
 		 343 aa  210  2e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2090  LacI family transcription regulator  41.53 
 
 		 338 aa  206  4e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4088  LacI family transcription regulator  35.43 
 
 		 337 aa  204  2e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0303  LacI family transcription regulator  36.01 
 
 		 335 aa  191  2e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.139649 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1880  LacI family transcription regulator  33.63 
 
 		 344 aa  182  8.000000000000001e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.606893  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  35.19 
 
 		 333 aa  178  1e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0967  LacI family transcription regulator  32.36 
 
 		 352 aa  166  5.9999999999999996e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.934127 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2788  transcriptional regulator, LacI family  35.65 
 
 		 339 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1214  transcriptional regulator, LacI family  33.92 
 
 		 333 aa  163  5.0000000000000005e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000107104  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2822  LacI family transcription regulator  35.49 
 
 		 352 aa  162  7e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.531617  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  32.74 
 
 		 332 aa  162  8.000000000000001e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1187  LacI family regulatory protein  35.21 
 
 		 384 aa  161  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.34285  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  32.85 
 
 		 341 aa  162  1e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.41 
 
 		 333 aa  160  3e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  34.41 
 
 		 333 aa  160  4e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6278  transcriptional regulator, LacI family  34.02 
 
 		 338 aa  159  1e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  33.92 
 
 		 334 aa  157  2e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0402  transcriptional regulator, LacI family  32.54 
 
 		 339 aa  157  2e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000159796  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3179  transcriptional regulator, LacI family  32.49 
 
 		 355 aa  155  7e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.588941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  31.79 
 
 		 338 aa  155  8e-37  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0415  LacI family transcription regulator  31.3 
 
 		 335 aa  155  9e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.280412  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2699  transcriptional regulator, LacI family  31.99 
 
 		 339 aa  154  2e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  31.34 
 
 		 341 aa  152  5.9999999999999996e-36  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27370  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 339 aa  152  7e-36  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0316556  normal  0.625648 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2870  transcriptional regulator, LacI family  32.54 
 
 		 342 aa  152  8e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0832  LacI family transcription regulator  31.07 
 
 		 346 aa  150  2e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2170  LacI family transcription regulator  30.51 
 
 		 366 aa  150  3e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.626121  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.93 
 
 		 336 aa  149  5e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  30.97 
 
 		 332 aa  149  7e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  30.38 
 
 		 337 aa  149  7e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1685  transcriptional regulator, LacI family  30.95 
 
 		 337 aa  149  9e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1883  LacI family transcription regulator  30.43 
 
 		 351 aa  148  1.0000000000000001e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0216034  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2594  transcriptional regulator, LacI family  31.66 
 
 		 339 aa  147  2.0000000000000003e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 333 aa  148  2.0000000000000003e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  30.94 
 
 		 386 aa  146  5e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0938  LacI family transcription regulator  30.75 
 
 		 340 aa  145  9e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0104625  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0809  transcriptional regulator, LacI family  30.86 
 
 		 344 aa  145  1e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.119427 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  30.36 
 
 		 348 aa  144  2e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0121  LacI family transcription regulator  30.4 
 
 		 335 aa  144  2e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0425024  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4539  transcriptional regulator, LacI family  31.4 
 
 		 350 aa  144  3e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.166389  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3227  LacI family transcription regulator  32.58 
 
 		 362 aa  144  3e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00440  transcriptional regulator, LacI family  30.6 
 
 		 338 aa  143  3e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  34.23 
 
 		 337 aa  143  4e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 342 aa  142  6e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1561  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.07 
 
 		 348 aa  142  7e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.63047 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0134  LacI family transcription regulator  32.62 
 
 		 343 aa  142  9e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0279  transcriptional regulator, LacI family  30.72 
 
 		 351 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.81 
 
 		 339 aa  142  9.999999999999999e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  31.61 
 
 		 355 aa  142  9.999999999999999e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.55 
 
 		 336 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  29.19 
 
 		 347 aa  141  1.9999999999999998e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06936  hypothetical protein  32.55 
 
 		 340 aa  141  1.9999999999999998e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4333  transcriptional regulator, LacI family  35.24 
 
 		 340 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.706731 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2245  LacI family transcription regulator  33.14 
 
 		 338 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.115687  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  31.75 
 
 		 333 aa  139  7e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2691  LacI family transcription regulator  30.7 
 
 		 335 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0673  transcriptional regulator, LacI family  29.88 
 
 		 382 aa  139  7.999999999999999e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.208846  normal  0.309345 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0416  LacI family transcription regulator  30.26 
 
 		 349 aa  139  7.999999999999999e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.339437  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4568  transcriptional regulator, LacI family  31.25 
 
 		 357 aa  139  7.999999999999999e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0297  LacI family transcription regulator  29.25 
 
 		 340 aa  138  1e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0911  transcriptional regulator, LacI family  33.24 
 
 		 332 aa  138  2e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2049  LacI family transcription regulator  33.24 
 
 		 352 aa  137  2e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.586342  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1895  LacI family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 339 aa  137  2e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.371942 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5463  LacI family transcription regulator  33.43 
 
 		 344 aa  137  2e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.316293  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00429  transcriptional repressor, LacI family protein  30.12 
 
 		 334 aa  137  3.0000000000000003e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5093  transcriptional regulator, LacI family  32.55 
 
 		 343 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.225066  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4438  transcriptional regulator, LacI family  33.91 
 
 		 342 aa  137  3.0000000000000003e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0401839 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6713  transcriptional regulator, LacI family  33.75 
 
 		 342 aa  137  4e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.781502  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1732  transcriptional regulator, LacI family  30.64 
 
 		 340 aa  136  6.0000000000000005e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0521835  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>