More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2244 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_2244  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 351 aa  722    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2461  LacI family transcription regulator  92.75 
 
 		 351 aa  661    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0661891  normal  0.518687 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2345  alanine racemase  92.75 
 
 		 351 aa  661    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1769  LacI family transcription regulator  97.1 
 
 		 346 aa  687    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1847  LacI family transcription regulator  97.39 
 
 		 346 aa  689    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2252  LacI family transcription regulator  94.49 
 
 		 346 aa  665    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.305473 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2002  transcriptional regulator, LacI family  92.17 
 
 		 348 aa  656    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000460258 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2356  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  92.17 
 
 		 348 aa  656    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1655  LacI family transcription regulator  84.46 
 
 		 366 aa  599  1e-170  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.677065  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1820  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  83.78 
 
 		 345 aa  593  1e-168  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2196  LacI family transcription regulator  84.12 
 
 		 340 aa  590  1e-167  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0908748  hitchhiker  0.000488625 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1772  transcriptional regulator, LacI family protein  82.01 
 
 		 345 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.297999  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1870  LacI family transcription regulator  79.35 
 
 		 342 aa  558  1e-158  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00075643 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0974  putative sugar-binding protein  68.73 
 
 		 340 aa  476  1e-133  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2185  LacI family transcription regulator  65.19 
 
 		 339 aa  442  1e-123  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01891  putative sugar-binding protein  61 
 
 		 343 aa  425  1e-118  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0103851  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0591  LacI family transcription regulator  58.93 
 
 		 344 aa  418  1e-116  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0167634 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1032  transcriptional regulator, LacI family  62.76 
 
 		 376 aa  416  9.999999999999999e-116  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1887  LacI family transcription regulator  58.58 
 
 		 344 aa  394  1e-108  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.587669  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0597  LacI family transcription regulator  56.64 
 
 		 344 aa  391  1e-107  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.10797  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2960  transcriptional regulator, LacI family  44.12 
 
 		 337 aa  246  3e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.430193 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3960  LacI family transcription regulator  44.05 
 
 		 340 aa  245  8e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.292064 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1320  LacI family transcription regulator  38.24 
 
 		 342 aa  243  5e-63  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.593334  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1435  LacI family transcription regulator  38.97 
 
 		 339 aa  242  7e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0140184  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0978  LacI family transcription regulator  39.64 
 
 		 339 aa  239  6.999999999999999e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3504  transcriptional regulator, LacI family protein  39.17 
 
 		 340 aa  235  9e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0875897  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1823  LacI family transcription regulator  39.65 
 
 		 341 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.288921  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0392  LacI family transcription regulator  40.84 
 
 		 330 aa  223  3e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0318668 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02412  transcriptional regulator  37.94 
 
 		 343 aa  219  3.9999999999999997e-56  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2090  LacI family transcription regulator  40.6 
 
 		 338 aa  216  4e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4088  LacI family transcription regulator  37.07 
 
 		 337 aa  209  4e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0226  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.09 
 
 		 355 aa  209  7e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.586057  normal  0.327461 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3237  LacI family transcription regulator  38.55 
 
 		 343 aa  202  6e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2737  LacI family transcription regulator  36.31 
 
 		 337 aa  201  1.9999999999999998e-50  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.771788 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  37.24 
 
 		 333 aa  196  5.000000000000001e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0303  LacI family transcription regulator  35.71 
 
 		 335 aa  194  2e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.139649 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1880  LacI family transcription regulator  32.93 
 
 		 344 aa  186  5e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.606893  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0967  LacI family transcription regulator  34.21 
 
 		 352 aa  177  3e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.934127 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 332 aa  171  2e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  36.86 
 
 		 333 aa  168  1e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.86 
 
 		 333 aa  168  1e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  33.14 
 
 		 338 aa  163  5.0000000000000005e-39  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2788  transcriptional regulator, LacI family  35.92 
 
 		 339 aa  162  9e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.93 
 
 		 336 aa  160  3e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2822  LacI family transcription regulator  35.04 
 
 		 352 aa  160  3e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.531617  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0832  LacI family transcription regulator  32.12 
 
 		 346 aa  160  4e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1187  LacI family regulatory protein  34.76 
 
 		 384 aa  159  9e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.34285  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1214  transcriptional regulator, LacI family  32.65 
 
 		 333 aa  159  9e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000107104  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2170  LacI family transcription regulator  32.1 
 
 		 366 aa  157  2e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.626121  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6278  transcriptional regulator, LacI family  33.53 
 
 		 338 aa  157  2e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2699  transcriptional regulator, LacI family  31.64 
 
 		 339 aa  156  4e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2594  transcriptional regulator, LacI family  31.36 
 
 		 339 aa  155  8e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  31.98 
 
 		 341 aa  154  2e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  31.34 
 
 		 341 aa  154  2e-36  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0402  transcriptional regulator, LacI family  33.93 
 
 		 339 aa  154  2e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000159796  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  31.36 
 
 		 337 aa  154  2e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  32.34 
 
 		 332 aa  153  2.9999999999999998e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1685  transcriptional regulator, LacI family  29.76 
 
 		 337 aa  152  7e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3179  transcriptional regulator, LacI family  32.18 
 
 		 355 aa  152  8e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.588941  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  32.16 
 
 		 348 aa  152  1e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4539  transcriptional regulator, LacI family  31.49 
 
 		 350 aa  148  1.0000000000000001e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.166389  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  33.23 
 
 		 333 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0582  alanine racemase  30.45 
 
 		 337 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000548778  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0415  LacI family transcription regulator  31.66 
 
 		 335 aa  147  3e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.280412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06936  hypothetical protein  32.74 
 
 		 340 aa  147  4.0000000000000006e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00440  transcriptional regulator, LacI family  31.65 
 
 		 338 aa  145  7.0000000000000006e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  34.23 
 
 		 337 aa  145  9e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2870  transcriptional regulator, LacI family  31.07 
 
 		 342 aa  145  1e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  31.78 
 
 		 347 aa  144  2e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2503  transcriptional regulator, LacI family  33.61 
 
 		 337 aa  144  2e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3227  LacI family transcription regulator  31.91 
 
 		 362 aa  143  5e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1732  transcriptional regulator, LacI family  31.5 
 
 		 340 aa  142  6e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0521835  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27370  transcriptional regulator, LacI family  31.27 
 
 		 339 aa  143  6e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0316556  normal  0.625648 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1515  transcriptional regulator, LacI family  30.29 
 
 		 339 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0279  transcriptional regulator, LacI family  31.68 
 
 		 351 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1128  transcriptional regulator, LacI family  32 
 
 		 361 aa  142  9.999999999999999e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4333  transcriptional regulator, LacI family  34.58 
 
 		 340 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.706731 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  31.09 
 
 		 334 aa  142  9.999999999999999e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.49 
 
 		 339 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  28.61 
 
 		 331 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 342 aa  140  3.9999999999999997e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  29.25 
 
 		 328 aa  139  6e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19800  transcriptional regulator, LacI family  30.27 
 
 		 336 aa  139  7e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2456  LacI family transcription regulator  31.56 
 
 		 352 aa  139  7e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0673  transcriptional regulator, LacI family  29.08 
 
 		 382 aa  139  7.999999999999999e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.208846  normal  0.309345 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1883  LacI family transcription regulator  28.45 
 
 		 351 aa  139  7.999999999999999e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0216034  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2863  putative catabolite control protein A  30.32 
 
 		 332 aa  139  8.999999999999999e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5463  LacI family transcription regulator  32.63 
 
 		 344 aa  138  1e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.316293  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06141  hypothetical protein  30.52 
 
 		 336 aa  139  1e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1561  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.78 
 
 		 348 aa  138  1e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.63047 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  30.03 
 
 		 355 aa  137  2e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2548  catabolite control protein A, putative  29.59 
 
 		 332 aa  137  2e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000337  ribose operon repressor  30.26 
 
 		 340 aa  137  2e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0121  LacI family transcription regulator  28.92 
 
 		 335 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0425024  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0495  transcriptional regulator, LacI family  33.13 
 
 		 335 aa  137  3.0000000000000003e-31  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.448967  normal  0.778992 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23020  transcriptional regulator, LacI family  31.98 
 
 		 336 aa  136  4e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000406909  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1631  LacI family transcription regulator  31.83 
 
 		 381 aa  137  4e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.213128  normal  0.697087 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3608  transcriptional regulator, LacI family  33.03 
 
 		 339 aa  137  4e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.024376  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1895  LacI family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 339 aa  137  4e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.371942 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3049  transcriptional regulator, LacI family  30.81 
 
 		 336 aa  137  4e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.490257  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>