More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_0978 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_0978  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 339 aa  700    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1435  LacI family transcription regulator  79.35 
 
 		 339 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0140184  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3504  transcriptional regulator, LacI family protein  47.77 
 
 		 340 aa  333  2e-90  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0875897  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1823  LacI family transcription regulator  45.83 
 
 		 341 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.288921  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2960  transcriptional regulator, LacI family  43.88 
 
 		 337 aa  284  1.0000000000000001e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.430193 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1870  LacI family transcription regulator  40.18 
 
 		 342 aa  263  4e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00075643 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02412  transcriptional regulator  40.43 
 
 		 343 aa  257  2e-67  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3960  LacI family transcription regulator  40.95 
 
 		 340 aa  256  5e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.292064 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1847  LacI family transcription regulator  40.48 
 
 		 346 aa  246  4e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1769  LacI family transcription regulator  40.48 
 
 		 346 aa  246  4.9999999999999997e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0392  LacI family transcription regulator  38.37 
 
 		 330 aa  246  4.9999999999999997e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0318668 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2002  transcriptional regulator, LacI family  39.27 
 
 		 348 aa  245  9.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000460258 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2461  LacI family transcription regulator  39.27 
 
 		 351 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0661891  normal  0.518687 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2345  alanine racemase  39.27 
 
 		 351 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2356  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.27 
 
 		 348 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2196  LacI family transcription regulator  38.69 
 
 		 340 aa  239  5e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0908748  hitchhiker  0.000488625 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0974  putative sugar-binding protein  37.95 
 
 		 340 aa  239  5.999999999999999e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2244  LacI family transcription regulator  39.64 
 
 		 351 aa  239  6.999999999999999e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0303  LacI family transcription regulator  40.12 
 
 		 335 aa  239  6.999999999999999e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.139649 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0967  LacI family transcription regulator  38.41 
 
 		 352 aa  239  6.999999999999999e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.934127 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2252  LacI family transcription regulator  39.82 
 
 		 346 aa  238  1e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.305473 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1655  LacI family transcription regulator  36.92 
 
 		 366 aa  236  3e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.677065  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1880  LacI family transcription regulator  36.47 
 
 		 344 aa  233  4.0000000000000004e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.606893  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0226  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.31 
 
 		 355 aa  233  4.0000000000000004e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.586057  normal  0.327461 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1820  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.1 
 
 		 345 aa  231  2e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1772  transcriptional regulator, LacI family protein  37.2 
 
 		 345 aa  229  8e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.297999  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1032  transcriptional regulator, LacI family  38.37 
 
 		 376 aa  228  2e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3237  LacI family transcription regulator  37.69 
 
 		 343 aa  223  3e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0591  LacI family transcription regulator  38.37 
 
 		 344 aa  220  3e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0167634 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2185  LacI family transcription regulator  38.55 
 
 		 339 aa  218  1e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1887  LacI family transcription regulator  36.92 
 
 		 344 aa  214  1.9999999999999998e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.587669  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01891  putative sugar-binding protein  36.34 
 
 		 343 aa  212  9e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0103851  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0597  LacI family transcription regulator  36.34 
 
 		 344 aa  209  6e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.10797  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4088  LacI family transcription regulator  33.63 
 
 		 337 aa  201  1.9999999999999998e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2737  LacI family transcription regulator  34.32 
 
 		 337 aa  196  6e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.771788 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0297  LacI family transcription regulator  32.34 
 
 		 340 aa  181  2e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0402  transcriptional regulator, LacI family  32.75 
 
 		 339 aa  175  9.999999999999999e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000159796  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.66 
 
 		 333 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  32.93 
 
 		 333 aa  174  1.9999999999999998e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  32.55 
 
 		 333 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.74 
 
 		 336 aa  169  5e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0911  transcriptional regulator, LacI family  31.34 
 
 		 332 aa  167  2e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  34.68 
 
 		 338 aa  167  2.9999999999999998e-40  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  31.09 
 
 		 341 aa  164  2.0000000000000002e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  31.63 
 
 		 332 aa  160  2e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3245  transcriptional regulator, LacI family  31.05 
 
 		 344 aa  159  5e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  30.52 
 
 		 353 aa  157  2e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3304  LacI family transcription regulator  30.72 
 
 		 335 aa  157  2e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.547709 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6278  transcriptional regulator, LacI family  30.41 
 
 		 338 aa  157  2e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0832  LacI family transcription regulator  30.29 
 
 		 346 aa  157  3e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  31.09 
 
 		 337 aa  156  4e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2594  transcriptional regulator, LacI family  30.59 
 
 		 339 aa  156  5.0000000000000005e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  32.35 
 
 		 329 aa  156  6e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2170  LacI family transcription regulator  31.81 
 
 		 366 aa  154  1e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.626121  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1320  LacI family transcription regulator  30.77 
 
 		 342 aa  155  1e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.593334  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2904  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.27 
 
 		 339 aa  155  1e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0673  transcriptional regulator, LacI family  29.11 
 
 		 382 aa  154  2e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.208846  normal  0.309345 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1243  LacI family transcription regulator  30.27 
 
 		 339 aa  154  2e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1895  LacI family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 339 aa  154  2e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.371942 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0582  alanine racemase  28.96 
 
 		 337 aa  154  2e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000548778  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1423  transcriptional regulator, LacI family  31.09 
 
 		 340 aa  152  7e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.189138 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0663  transcriptional regulator, LacI family  28.95 
 
 		 338 aa  151  1e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00410  transcriptional regulator, LacI family  30.56 
 
 		 337 aa  151  2e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1685  transcriptional regulator, LacI family  28.99 
 
 		 337 aa  150  2e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  29.08 
 
 		 333 aa  150  3e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2680  alanine racemase  29.67 
 
 		 338 aa  150  3e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.769144  normal  0.967228 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  29.46 
 
 		 333 aa  150  3e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3049  transcriptional regulator, LacI family  31.79 
 
 		 336 aa  149  5e-35  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.490257  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0838  LacI family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 331 aa  149  5e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.620074  normal  0.213955 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4257  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.74 
 
 		 342 aa  149  7e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0352  transcriptional regulator, LacI family  30.21 
 
 		 339 aa  148  1.0000000000000001e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 342 aa  147  2.0000000000000003e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2870  transcriptional regulator, LacI family  27.16 
 
 		 342 aa  147  2.0000000000000003e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3030  transcriptional regulator, LacI family  32.13 
 
 		 342 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  29.67 
 
 		 331 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0177  transcriptional regulator, LacI family  29.77 
 
 		 343 aa  146  5e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0809  transcriptional regulator, LacI family  29.88 
 
 		 344 aa  146  6e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.119427 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  32.46 
 
 		 338 aa  144  1e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  30.29 
 
 		 348 aa  145  1e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  28.11 
 
 		 340 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0279  transcriptional regulator, LacI family  28.65 
 
 		 351 aa  144  3e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  28.11 
 
 		 340 aa  144  3e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.03 
 
 		 336 aa  143  4e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1598  LacI family transcription regulator  29.94 
 
 		 333 aa  143  4e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0971431  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1481  transcriptional regulator, LacI family  29.55 
 
 		 342 aa  143  4e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.510371  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4113  transcriptional repressor RbsR  28.44 
 
 		 332 aa  142  7e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.493547  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  29.47 
 
 		 386 aa  142  7e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4278  transcriptional repressor RbsR  28.44 
 
 		 332 aa  142  8e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134192  normal  0.933942 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  33.02 
 
 		 337 aa  142  8e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  28.61 
 
 		 331 aa  142  9e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2686  transcriptional regulator, LacI family  29.19 
 
 		 340 aa  142  9e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.241666  normal  0.163804 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1683  DNA-binding transcriptional repressor PurR  28.45 
 
 		 341 aa  142  9.999999999999999e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13210  transcriptional regulator, LacI family  30.56 
 
 		 345 aa  142  9.999999999999999e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4270  transcriptional repressor RbsR  28.4 
 
 		 330 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000205239  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4169  transcriptional repressor RbsR  28.14 
 
 		 332 aa  142  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.451515  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4098  transcriptional repressor RbsR  28.44 
 
 		 332 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.396512  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3984  LacI family transcription regulator  28.44 
 
 		 339 aa  141  9.999999999999999e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.125023  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.88 
 
 		 335 aa  141  9.999999999999999e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  28.16 
 
 		 334 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5190  transcriptional repressor RbsR  28.4 
 
 		 330 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00327915  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>