More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3504 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3504  transcriptional regulator, LacI family protein  100 
 
 		 340 aa  699    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0875897  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1823  LacI family transcription regulator  64.5 
 
 		 341 aa  457  9.999999999999999e-129  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.288921  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0978  LacI family transcription regulator  47.77 
 
 		 339 aa  333  2e-90  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1435  LacI family transcription regulator  44.51 
 
 		 339 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0140184  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2960  transcriptional regulator, LacI family  41.09 
 
 		 337 aa  268  1e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.430193 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3960  LacI family transcription regulator  39.88 
 
 		 340 aa  257  2e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.292064 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02412  transcriptional regulator  37.54 
 
 		 343 aa  241  1e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1880  LacI family transcription regulator  38.97 
 
 		 344 aa  239  4e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.606893  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1870  LacI family transcription regulator  38.99 
 
 		 342 aa  236  4e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00075643 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2244  LacI family transcription regulator  39.17 
 
 		 351 aa  235  8e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0974  putative sugar-binding protein  38.94 
 
 		 340 aa  233  3e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1847  LacI family transcription regulator  39.17 
 
 		 346 aa  231  1e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1769  LacI family transcription regulator  39.17 
 
 		 346 aa  231  2e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2252  LacI family transcription regulator  39.47 
 
 		 346 aa  230  3e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.305473 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2461  LacI family transcription regulator  38.58 
 
 		 351 aa  229  5e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0661891  normal  0.518687 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2345  alanine racemase  38.58 
 
 		 351 aa  229  5e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2356  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.28 
 
 		 348 aa  229  7e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2002  transcriptional regulator, LacI family  37.98 
 
 		 348 aa  228  2e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000460258 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0226  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.58 
 
 		 355 aa  227  3e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.586057  normal  0.327461 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1772  transcriptional regulator, LacI family protein  36.8 
 
 		 345 aa  224  2e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.297999  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3237  LacI family transcription regulator  34.94 
 
 		 343 aa  223  4e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01891  putative sugar-binding protein  38.05 
 
 		 343 aa  222  8e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0103851  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0392  LacI family transcription regulator  36.45 
 
 		 330 aa  221  9.999999999999999e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0318668 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1820  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.28 
 
 		 345 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1655  LacI family transcription regulator  35.91 
 
 		 366 aa  220  3e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.677065  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1032  transcriptional regulator, LacI family  35.57 
 
 		 376 aa  219  7e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2196  LacI family transcription regulator  36.39 
 
 		 340 aa  218  1e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0908748  hitchhiker  0.000488625 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0303  LacI family transcription regulator  35.95 
 
 		 335 aa  218  1e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.139649 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1887  LacI family transcription regulator  37.13 
 
 		 344 aa  218  2e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.587669  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0597  LacI family transcription regulator  36.09 
 
 		 344 aa  213  2.9999999999999995e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.10797  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4088  LacI family transcription regulator  35.67 
 
 		 337 aa  211  2e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0591  LacI family transcription regulator  36.01 
 
 		 344 aa  209  4e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0167634 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0967  LacI family transcription regulator  35.87 
 
 		 352 aa  208  1e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.934127 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2185  LacI family transcription regulator  33.92 
 
 		 339 aa  196  7e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2737  LacI family transcription regulator  32.62 
 
 		 337 aa  186  7e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.771788 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1320  LacI family transcription regulator  33.43 
 
 		 342 aa  181  2e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.593334  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  31.94 
 
 		 333 aa  179  8e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.34 
 
 		 336 aa  177  2e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.13 
 
 		 333 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  33.13 
 
 		 333 aa  174  2.9999999999999996e-42  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  34.22 
 
 		 338 aa  171  2e-41  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0832  LacI family transcription regulator  32.46 
 
 		 346 aa  168  2e-40  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3049  transcriptional regulator, LacI family  32.47 
 
 		 336 aa  167  2.9999999999999998e-40  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.490257  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0566  transcriptional regulator, LacI family  31.95 
 
 		 328 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0809  transcriptional regulator, LacI family  30.5 
 
 		 344 aa  162  8.000000000000001e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.119427 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0402  transcriptional regulator, LacI family  31.47 
 
 		 339 aa  162  9e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000159796  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  29.85 
 
 		 329 aa  160  4e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1895  LacI family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 339 aa  160  4e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.371942 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3245  transcriptional regulator, LacI family  30.11 
 
 		 344 aa  157  3e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00440  transcriptional regulator, LacI family  30.77 
 
 		 338 aa  153  5e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0911  transcriptional regulator, LacI family  30.75 
 
 		 332 aa  153  5e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0838  LacI family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 331 aa  152  8e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.620074  normal  0.213955 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  32.34 
 
 		 338 aa  151  1e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2863  putative catabolite control protein A  28.99 
 
 		 332 aa  150  2e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  28.07 
 
 		 337 aa  150  4e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  29.88 
 
 		 334 aa  149  5e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2548  catabolite control protein A, putative  28.7 
 
 		 332 aa  149  6e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  28.78 
 
 		 341 aa  149  9e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6278  transcriptional regulator, LacI family  29.82 
 
 		 338 aa  148  1.0000000000000001e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0578  LacI family transcription regulator  29.76 
 
 		 323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  29.74 
 
 		 335 aa  147  2.0000000000000003e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1789  transcriptional regulator, LacI family  30.35 
 
 		 343 aa  147  2.0000000000000003e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2870  transcriptional regulator, LacI family  29.94 
 
 		 342 aa  147  3e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0631  ribose operon repressor  29.46 
 
 		 323 aa  146  6e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1120  regulatory protein, LacI  30.45 
 
 		 324 aa  146  6e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0664  ribose operon repressor  29.46 
 
 		 323 aa  146  6e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.566043  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06936  hypothetical protein  29.31 
 
 		 340 aa  146  6e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2594  transcriptional regulator, LacI family  28.78 
 
 		 339 aa  146  6e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3304  LacI family transcription regulator  26.8 
 
 		 335 aa  145  1e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.547709 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.2 
 
 		 336 aa  145  1e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0721  ribose operon repressor  29.17 
 
 		 323 aa  145  1e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.40772e-23 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0938  LacI family transcription regulator  28.41 
 
 		 340 aa  144  2e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0104625  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2170  LacI family transcription regulator  31.44 
 
 		 366 aa  144  2e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.626121  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0352  transcriptional regulator, LacI family  30.46 
 
 		 339 aa  144  2e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  30.81 
 
 		 340 aa  144  2e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2788  transcriptional regulator, LacI family  31.79 
 
 		 339 aa  144  2e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4844  transcriptional regulator, LacI family  28.32 
 
 		 344 aa  143  3e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0280353  hitchhiker  0.000467686 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06141  hypothetical protein  30.64 
 
 		 336 aa  144  3e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13210  transcriptional regulator, LacI family  29.2 
 
 		 345 aa  143  4e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0673  transcriptional regulator, LacI family  26.61 
 
 		 382 aa  143  4e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.208846  normal  0.309345 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1732  transcriptional regulator, LacI family  28.86 
 
 		 340 aa  142  6e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0521835  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1464  transcriptional regulator, LacI family  31.13 
 
 		 340 aa  142  6e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.780097 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0574  ribose operon repressor  28.87 
 
 		 323 aa  142  8e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0793  ribose operon repressor  28.87 
 
 		 323 aa  142  8e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00165994  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0279  transcriptional regulator, LacI family  27.62 
 
 		 351 aa  142  8e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0262  LacI family transcription regulator  29.53 
 
 		 344 aa  142  8e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0559  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.87 
 
 		 323 aa  142  8e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000011059  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0732  ribose operon repressor  29.17 
 
 		 323 aa  142  9e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0575  ribose operon repressor  28.87 
 
 		 323 aa  142  9e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1214  transcriptional regulator, LacI family  30.18 
 
 		 333 aa  142  9.999999999999999e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000107104  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4642  ribose operon repressor  28.87 
 
 		 323 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.317022  unclonable  5.22733e-26 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1515  transcriptional regulator, LacI family  28.4 
 
 		 339 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0892  LacI family transcription regulator  28.11 
 
 		 391 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  31.34 
 
 		 333 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  31.42 
 
 		 337 aa  140  3e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3082  alanine racemase  27.54 
 
 		 363 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.34 
 
 		 339 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  28.41 
 
 		 334 aa  140  3.9999999999999997e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  28.82 
 
 		 332 aa  139  4.999999999999999e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000337  ribose operon repressor  30.55 
 
 		 340 aa  139  6e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>