More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0392 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0392  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 330 aa  659    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0318668 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0226  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  67.68 
 
 		 355 aa  448  1e-125  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.586057  normal  0.327461 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3237  LacI family transcription regulator  54.27 
 
 		 343 aa  352  5.9999999999999994e-96  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1435  LacI family transcription regulator  38.97 
 
 		 339 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0140184  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3960  LacI family transcription regulator  42.86 
 
 		 340 aa  248  1e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.292064 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02412  transcriptional regulator  42.38 
 
 		 343 aa  246  3e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0978  LacI family transcription regulator  38.37 
 
 		 339 aa  246  4e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0967  LacI family transcription regulator  40.18 
 
 		 352 aa  239  4e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.934127 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1880  LacI family transcription regulator  42.34 
 
 		 344 aa  239  5e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.606893  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1887  LacI family transcription regulator  42.04 
 
 		 344 aa  231  1e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.587669  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2252  LacI family transcription regulator  40.66 
 
 		 346 aa  230  2e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.305473 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4088  LacI family transcription regulator  38.23 
 
 		 337 aa  229  4e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2737  LacI family transcription regulator  39.22 
 
 		 337 aa  229  7e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.771788 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1655  LacI family transcription regulator  40.12 
 
 		 366 aa  228  8e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.677065  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2196  LacI family transcription regulator  39.04 
 
 		 340 aa  225  7e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0908748  hitchhiker  0.000488625 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1769  LacI family transcription regulator  41.14 
 
 		 346 aa  225  1e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1847  LacI family transcription regulator  41.14 
 
 		 346 aa  224  1e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2960  transcriptional regulator, LacI family  37.84 
 
 		 337 aa  224  1e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.430193 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2244  LacI family transcription regulator  40.84 
 
 		 351 aa  223  3e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1772  transcriptional regulator, LacI family protein  39.76 
 
 		 345 aa  223  3e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.297999  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1870  LacI family transcription regulator  39.76 
 
 		 342 aa  221  9e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00075643 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3504  transcriptional regulator, LacI family protein  36.45 
 
 		 340 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0875897  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0591  LacI family transcription regulator  38.97 
 
 		 344 aa  220  1.9999999999999999e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0167634 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0597  LacI family transcription regulator  40.79 
 
 		 344 aa  218  8.999999999999998e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.10797  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1820  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  40.06 
 
 		 345 aa  218  1e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2002  transcriptional regulator, LacI family  40.06 
 
 		 348 aa  218  1e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000460258 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1823  LacI family transcription regulator  37.39 
 
 		 341 aa  218  1e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.288921  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2461  LacI family transcription regulator  40.54 
 
 		 351 aa  217  2e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0661891  normal  0.518687 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2356  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  40.54 
 
 		 348 aa  217  2e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2345  alanine racemase  40.54 
 
 		 351 aa  217  2e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0974  putative sugar-binding protein  38.18 
 
 		 340 aa  214  1.9999999999999998e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1032  transcriptional regulator, LacI family  40 
 
 		 376 aa  208  1e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0303  LacI family transcription regulator  36.97 
 
 		 335 aa  189  4e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.139649 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01891  putative sugar-binding protein  35.63 
 
 		 343 aa  187  3e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0103851  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2185  LacI family transcription regulator  35.74 
 
 		 339 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0938  LacI family transcription regulator  36.67 
 
 		 340 aa  179  4.999999999999999e-44  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0104625  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1320  LacI family transcription regulator  36.72 
 
 		 342 aa  174  1.9999999999999998e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.593334  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.47 
 
 		 336 aa  171  2e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  32.43 
 
 		 338 aa  170  3e-41  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  33.64 
 
 		 333 aa  169  4e-41  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.64 
 
 		 333 aa  169  6e-41  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0809  transcriptional regulator, LacI family  35.35 
 
 		 344 aa  166  4e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.119427 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0402  transcriptional regulator, LacI family  32.93 
 
 		 339 aa  164  1.0000000000000001e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000159796  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0838  LacI family transcriptional regulator  35.95 
 
 		 331 aa  162  8.000000000000001e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.620074  normal  0.213955 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0663  transcriptional regulator, LacI family  31.02 
 
 		 338 aa  158  1e-37  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  29.61 
 
 		 333 aa  156  4e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  34.28 
 
 		 333 aa  154  1e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1125  transcriptional regulator, LacI family  33.63 
 
 		 341 aa  154  2e-36  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000107829 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0832  LacI family transcription regulator  29.79 
 
 		 346 aa  154  2e-36  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0040  transcriptional regulator, LacI family  32.46 
 
 		 330 aa  153  4e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  30.54 
 
 		 338 aa  152  7e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0325  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.45 
 
 		 335 aa  152  1e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4021  transcriptional regulator, LacI family  37.06 
 
 		 350 aa  151  1e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.613602  normal  0.127498 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2594  transcriptional regulator, LacI family  34.02 
 
 		 339 aa  150  2e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0389  LacI family transcription regulator  35.76 
 
 		 335 aa  150  2e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0127409 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5463  LacI family transcription regulator  35.09 
 
 		 344 aa  150  2e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.316293  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2691  LacI family transcription regulator  32.13 
 
 		 335 aa  149  4e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  31.95 
 
 		 329 aa  150  4e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0566  transcriptional regulator, LacI family  32.55 
 
 		 328 aa  149  5e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13170  transcriptional regulator  36.23 
 
 		 359 aa  149  7e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.362617  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.83 
 
 		 336 aa  149  8e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2841  transcriptional regulator, LacI family  36.47 
 
 		 345 aa  148  1.0000000000000001e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.595775  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3394  transcriptional regulator  35.54 
 
 		 361 aa  148  1.0000000000000001e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.330741 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0279  transcriptional regulator, LacI family  33.44 
 
 		 351 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  33.63 
 
 		 348 aa  147  3e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1878  transcriptional regulator, LacI family  34.01 
 
 		 351 aa  147  3e-34  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0941149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.79 
 
 		 330 aa  147  3e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1895  LacI family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 339 aa  146  5e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.371942 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  32.15 
 
 		 332 aa  145  8.000000000000001e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  31.85 
 
 		 335 aa  145  8.000000000000001e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  32.25 
 
 		 332 aa  145  9e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2402  transcriptional regulator, LacI family  33.84 
 
 		 346 aa  145  9e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00787022 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1883  LacI family transcription regulator  29.5 
 
 		 351 aa  145  9e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0216034  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3608  transcriptional regulator, LacI family  36.07 
 
 		 339 aa  144  1e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.024376  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4539  transcriptional regulator, LacI family  33.89 
 
 		 350 aa  145  1e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.166389  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6278  transcriptional regulator, LacI family  33.23 
 
 		 338 aa  145  1e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0416  LacI family transcription regulator  32.53 
 
 		 349 aa  144  2e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.339437  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0426  transcriptional regulator, LacI family  31.7 
 
 		 381 aa  144  2e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  29.13 
 
 		 355 aa  144  2e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0892  LacI family transcription regulator  32.74 
 
 		 391 aa  144  2e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3918  LacI family transcription regulator  36.23 
 
 		 351 aa  144  2e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0413  transcriptional regulator, LacI family  31.75 
 
 		 358 aa  144  2e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 342 aa  144  2e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  29.31 
 
 		 386 aa  144  2e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  33.53 
 
 		 353 aa  144  3e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4438  transcriptional regulator, LacI family  34.62 
 
 		 342 aa  144  3e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0401839 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  30.35 
 
 		 341 aa  144  3e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1398  ribose operon repressor RbsR  30.54 
 
 		 334 aa  143  3e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1789  transcriptional regulator, LacI family  33.53 
 
 		 343 aa  143  4e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0512  LacI family transcription regulator  35.63 
 
 		 336 aa  143  4e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3984  LacI family transcription regulator  32.93 
 
 		 339 aa  142  7e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.125023  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2245  LacI family transcription regulator  35.09 
 
 		 338 aa  142  7e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.115687  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3529  transcriptional regulator, LacI family  33.14 
 
 		 333 aa  142  7e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0911  transcriptional regulator, LacI family  31.21 
 
 		 332 aa  142  9e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2904  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.23 
 
 		 339 aa  142  9e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.34 
 
 		 335 aa  142  9.999999999999999e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1732  transcriptional regulator, LacI family  33.53 
 
 		 340 aa  142  9.999999999999999e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0521835  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2155  transcriptional regulator, LacI family  32.83 
 
 		 338 aa  142  9.999999999999999e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.677334  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6650  transcriptional regulator, LacI family  35.63 
 
 		 364 aa  141  1.9999999999999998e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.17574 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3227  LacI family transcription regulator  32.94 
 
 		 362 aa  140  1.9999999999999998e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>