More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1823 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1823  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 341 aa  703    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.288921  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3504  transcriptional regulator, LacI family protein  64.5 
 
 		 340 aa  457  9.999999999999999e-129  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0875897  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0978  LacI family transcription regulator  45.83 
 
 		 339 aa  314  1.9999999999999998e-84  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1435  LacI family transcription regulator  43.03 
 
 		 339 aa  301  7.000000000000001e-81  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0140184  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2960  transcriptional regulator, LacI family  40.88 
 
 		 337 aa  259  4e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.430193 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1870  LacI family transcription regulator  38.99 
 
 		 342 aa  248  1e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00075643 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1820  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  40.18 
 
 		 345 aa  239  5.999999999999999e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3960  LacI family transcription regulator  38.64 
 
 		 340 aa  238  1e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.292064 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2002  transcriptional regulator, LacI family  39.58 
 
 		 348 aa  238  1e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000460258 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2461  LacI family transcription regulator  39.88 
 
 		 351 aa  238  1e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0661891  normal  0.518687 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2345  alanine racemase  39.88 
 
 		 351 aa  238  1e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2356  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.58 
 
 		 348 aa  237  2e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2252  LacI family transcription regulator  40.48 
 
 		 346 aa  237  3e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.305473 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02412  transcriptional regulator  37.24 
 
 		 343 aa  234  1.0000000000000001e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2244  LacI family transcription regulator  39.65 
 
 		 351 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0974  putative sugar-binding protein  39.3 
 
 		 340 aa  233  4.0000000000000004e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0226  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.04 
 
 		 355 aa  232  7.000000000000001e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.586057  normal  0.327461 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1769  LacI family transcription regulator  39.94 
 
 		 346 aa  231  1e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1655  LacI family transcription regulator  39.88 
 
 		 366 aa  231  1e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.677065  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1847  LacI family transcription regulator  39.65 
 
 		 346 aa  230  3e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1880  LacI family transcription regulator  39.09 
 
 		 344 aa  227  2e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.606893  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1772  transcriptional regulator, LacI family protein  37.94 
 
 		 345 aa  227  2e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.297999  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0392  LacI family transcription regulator  37.39 
 
 		 330 aa  218  1e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0318668 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3237  LacI family transcription regulator  36.67 
 
 		 343 aa  216  5.9999999999999996e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2196  LacI family transcription regulator  36.5 
 
 		 340 aa  215  8e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0908748  hitchhiker  0.000488625 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1032  transcriptional regulator, LacI family  35.57 
 
 		 376 aa  210  3e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0967  LacI family transcription regulator  36.47 
 
 		 352 aa  208  1e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.934127 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1887  LacI family transcription regulator  36.95 
 
 		 344 aa  207  2e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.587669  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0591  LacI family transcription regulator  35.61 
 
 		 344 aa  207  2e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0167634 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2185  LacI family transcription regulator  36.5 
 
 		 339 aa  207  2e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01891  putative sugar-binding protein  35.31 
 
 		 343 aa  207  2e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0103851  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0597  LacI family transcription regulator  37.98 
 
 		 344 aa  205  8e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.10797  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0303  LacI family transcription regulator  34.23 
 
 		 335 aa  205  1e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.139649 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4088  LacI family transcription regulator  37.25 
 
 		 337 aa  201  1.9999999999999998e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2737  LacI family transcription regulator  34.37 
 
 		 337 aa  187  2e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.771788 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  31.44 
 
 		 333 aa  176  5e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  31.56 
 
 		 338 aa  163  4.0000000000000004e-39  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  34.67 
 
 		 333 aa  160  3e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.67 
 
 		 333 aa  160  3e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0832  LacI family transcription regulator  30.99 
 
 		 346 aa  159  5e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  30.18 
 
 		 341 aa  159  7e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.34 
 
 		 336 aa  159  8e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3245  transcriptional regulator, LacI family  30.23 
 
 		 344 aa  157  2e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1320  LacI family transcription regulator  30.75 
 
 		 342 aa  156  5.0000000000000005e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.593334  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3049  transcriptional regulator, LacI family  31.61 
 
 		 336 aa  154  2e-36  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.490257  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0402  transcriptional regulator, LacI family  30.59 
 
 		 339 aa  154  2.9999999999999998e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000159796  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0566  transcriptional regulator, LacI family  31.16 
 
 		 328 aa  154  2.9999999999999998e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  29.85 
 
 		 329 aa  152  1e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0809  transcriptional regulator, LacI family  30.21 
 
 		 344 aa  146  4.0000000000000006e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.119427 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0911  transcriptional regulator, LacI family  31.07 
 
 		 332 aa  146  6e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2870  transcriptional regulator, LacI family  29.58 
 
 		 342 aa  145  8.000000000000001e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2170  LacI family transcription regulator  32.1 
 
 		 366 aa  145  9e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.626121  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  30 
 
 		 353 aa  144  3e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06936  hypothetical protein  29.19 
 
 		 340 aa  143  5e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6278  transcriptional regulator, LacI family  28.36 
 
 		 338 aa  142  9.999999999999999e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1895  LacI family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 339 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.371942 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0673  transcriptional regulator, LacI family  28.25 
 
 		 382 aa  140  3.9999999999999997e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.208846  normal  0.309345 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3304  LacI family transcription regulator  28.32 
 
 		 335 aa  139  4.999999999999999e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.547709 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.71 
 
 		 336 aa  139  7e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5761  transcriptional regulator, LacI family  32.27 
 
 		 363 aa  138  2e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.230872  normal  0.079116 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1515  transcriptional regulator, LacI family  27.62 
 
 		 339 aa  138  2e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  26.82 
 
 		 341 aa  138  2e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1069  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  28.23 
 
 		 328 aa  137  3.0000000000000003e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.209088 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0938  LacI family transcription regulator  28.78 
 
 		 340 aa  136  4e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0104625  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1120  regulatory protein, LacI  27.89 
 
 		 324 aa  136  5e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20880  transcriptional regulator, LacI family  28.11 
 
 		 343 aa  136  5e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06141  hypothetical protein  28.86 
 
 		 336 aa  136  6.0000000000000005e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0426  transcriptional regulator, LacI family  30.59 
 
 		 381 aa  136  6.0000000000000005e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0631  ribose operon repressor  27.38 
 
 		 323 aa  135  7.000000000000001e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0664  ribose operon repressor  27.38 
 
 		 323 aa  135  7.000000000000001e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.566043  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0582  alanine racemase  27.76 
 
 		 337 aa  135  7.000000000000001e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000548778  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2863  putative catabolite control protein A  27.3 
 
 		 332 aa  135  8e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0262  LacI family transcription regulator  30.77 
 
 		 344 aa  135  9e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0527  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  28.23 
 
 		 328 aa  135  9e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0937  LacI family transcription regulator  29.19 
 
 		 337 aa  135  9e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.266523  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2320  LacI family transcriptional regulator  28.2 
 
 		 340 aa  135  9e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.316441  normal  0.202359 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4539  transcriptional regulator, LacI family  29.15 
 
 		 350 aa  135  9e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.166389  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0588  LacI family transcription regulator  28.23 
 
 		 328 aa  135  9e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.979882  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0574  ribose operon repressor  27.08 
 
 		 323 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  29.79 
 
 		 332 aa  135  9.999999999999999e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0134  LacI family transcription regulator  28.79 
 
 		 343 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0793  ribose operon repressor  27.08 
 
 		 323 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00165994  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0575  ribose operon repressor  27.38 
 
 		 323 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1308  transcriptional regulator, LacI family  29.53 
 
 		 330 aa  134  1.9999999999999998e-30  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2548  catabolite control protein A, putative  27 
 
 		 332 aa  134  1.9999999999999998e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0721  ribose operon repressor  27.08 
 
 		 323 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.40772e-23 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  29.38 
 
 		 348 aa  133  3.9999999999999996e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0732  ribose operon repressor  26.79 
 
 		 323 aa  133  5e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4642  ribose operon repressor  26.19 
 
 		 323 aa  132  6e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.317022  unclonable  5.22733e-26 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1300  RbsR family transcriptional regulator/Ribose operon repressor  30.72 
 
 		 342 aa  132  6e-30  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0578  LacI family transcription regulator  26.19 
 
 		 323 aa  132  7.999999999999999e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 342 aa  132  7.999999999999999e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0559  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.89 
 
 		 323 aa  132  7.999999999999999e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000011059  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  30.89 
 
 		 333 aa  132  9e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  29.39 
 
 		 338 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1732  transcriptional regulator, LacI family  27.06 
 
 		 340 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0521835  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000337  ribose operon repressor  27.7 
 
 		 340 aa  131  2.0000000000000002e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2594  transcriptional regulator, LacI family  29.82 
 
 		 339 aa  131  2.0000000000000002e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1128  transcriptional regulator, LacI family  26.9 
 
 		 361 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  26.63 
 
 		 331 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>