More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2185 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2185  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 339 aa  696    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01891  putative sugar-binding protein  67.85 
 
 		 343 aa  486  1e-136  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0103851  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2002  transcriptional regulator, LacI family  65.19 
 
 		 348 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000460258 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2345  alanine racemase  65.19 
 
 		 351 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1769  LacI family transcription regulator  65.78 
 
 		 346 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1847  LacI family transcription regulator  65.78 
 
 		 346 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2461  LacI family transcription regulator  65.19 
 
 		 351 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0661891  normal  0.518687 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2252  LacI family transcription regulator  66.08 
 
 		 346 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.305473 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2356  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  65.19 
 
 		 348 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2244  LacI family transcription regulator  65.19 
 
 		 351 aa  442  1e-123  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0974  putative sugar-binding protein  62.65 
 
 		 340 aa  441  9.999999999999999e-123  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2196  LacI family transcription regulator  65.38 
 
 		 340 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0908748  hitchhiker  0.000488625 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1772  transcriptional regulator, LacI family protein  63.82 
 
 		 345 aa  434  1e-121  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.297999  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1655  LacI family transcription regulator  64.31 
 
 		 366 aa  436  1e-121  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.677065  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1870  LacI family transcription regulator  64.31 
 
 		 342 aa  436  1e-121  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00075643 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1820  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  61.95 
 
 		 345 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1032  transcriptional regulator, LacI family  61.54 
 
 		 376 aa  405  1.0000000000000001e-112  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0591  LacI family transcription regulator  59.23 
 
 		 344 aa  397  1e-109  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0167634 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1887  LacI family transcription regulator  56.38 
 
 		 344 aa  367  1e-100  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.587669  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0597  LacI family transcription regulator  53.73 
 
 		 344 aa  362  5.0000000000000005e-99  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.10797  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1320  LacI family transcription regulator  36.42 
 
 		 342 aa  221  1.9999999999999999e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.593334  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0978  LacI family transcription regulator  38.55 
 
 		 339 aa  218  1e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3960  LacI family transcription regulator  39.7 
 
 		 340 aa  216  4e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.292064 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2090  LacI family transcription regulator  39.82 
 
 		 338 aa  213  2.9999999999999995e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1435  LacI family transcription regulator  36.47 
 
 		 339 aa  210  2e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0140184  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2960  transcriptional regulator, LacI family  39.59 
 
 		 337 aa  211  2e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.430193 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02412  transcriptional regulator  36.76 
 
 		 343 aa  207  2e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1823  LacI family transcription regulator  36.5 
 
 		 341 aa  207  2e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.288921  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3504  transcriptional regulator, LacI family protein  33.92 
 
 		 340 aa  196  7e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0875897  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1880  LacI family transcription regulator  34.44 
 
 		 344 aa  182  6e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.606893  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2737  LacI family transcription regulator  34.48 
 
 		 337 aa  182  7e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.771788 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0392  LacI family transcription regulator  35.74 
 
 		 330 aa  182  8.000000000000001e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0318668 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4088  LacI family transcription regulator  34.9 
 
 		 337 aa  180  4e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  33.52 
 
 		 333 aa  174  9.999999999999999e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3237  LacI family transcription regulator  35.09 
 
 		 343 aa  175  9.999999999999999e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0226  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.28 
 
 		 355 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.586057  normal  0.327461 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.22 
 
 		 336 aa  169  4e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0303  LacI family transcription regulator  34.02 
 
 		 335 aa  167  2e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.139649 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  32.56 
 
 		 338 aa  154  2e-36  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0967  LacI family transcription regulator  31.02 
 
 		 352 aa  150  4e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.934127 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2170  LacI family transcription regulator  30.72 
 
 		 366 aa  149  7e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.626121  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  32.84 
 
 		 332 aa  147  3e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2699  transcriptional regulator, LacI family  31.81 
 
 		 339 aa  145  1e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  32.03 
 
 		 333 aa  144  2e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06936  hypothetical protein  31.96 
 
 		 340 aa  144  2e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.01 
 
 		 333 aa  144  2e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0870  alanine racemase  36.23 
 
 		 351 aa  144  3e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  31.41 
 
 		 340 aa  143  4e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0892  LacI family transcription regulator  31.76 
 
 		 346 aa  143  5e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00803151  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1971  LacI family transcription regulator  35.65 
 
 		 352 aa  142  8e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.137395  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2049  LacI family transcription regulator  35.65 
 
 		 352 aa  142  9.999999999999999e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.586342  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  31.78 
 
 		 332 aa  140  3e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5673  transcriptional regulator, LacI family  33.04 
 
 		 343 aa  140  3e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.227027  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  30.86 
 
 		 334 aa  140  3.9999999999999997e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4539  transcriptional regulator, LacI family  29.86 
 
 		 350 aa  140  3.9999999999999997e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.166389  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3179  transcriptional regulator, LacI family  30.81 
 
 		 355 aa  140  3.9999999999999997e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.588941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1856  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.26 
 
 		 342 aa  140  3.9999999999999997e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.945809  hitchhiker  0.0011577 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  32.56 
 
 		 333 aa  139  6e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  31.09 
 
 		 329 aa  139  8.999999999999999e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  30.86 
 
 		 386 aa  138  1e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2788  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 339 aa  138  1e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0582  alanine racemase  32.08 
 
 		 337 aa  137  2e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000548778  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6278  transcriptional regulator, LacI family  31.12 
 
 		 338 aa  137  2e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.61 
 
 		 339 aa  136  4e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1120  regulatory protein, LacI  29.67 
 
 		 324 aa  136  5e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2863  putative catabolite control protein A  28.95 
 
 		 332 aa  135  9e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1883  LacI family transcription regulator  28.69 
 
 		 351 aa  135  9.999999999999999e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0216034  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2548  catabolite control protein A, putative  28.95 
 
 		 332 aa  135  9.999999999999999e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3030  transcriptional regulator, LacI family  33.24 
 
 		 342 aa  135  9.999999999999999e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1876  LacI family transcription regulator  28.7 
 
 		 345 aa  134  1.9999999999999998e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3175  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.81 
 
 		 347 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0870  LacI family transcription regulator  32.25 
 
 		 328 aa  134  3e-30  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0673  transcriptional regulator, LacI family  31.38 
 
 		 382 aa  133  3.9999999999999996e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.208846  normal  0.309345 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3336  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.56 
 
 		 341 aa  133  3.9999999999999996e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0752084  normal  0.478615 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1561  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.18 
 
 		 348 aa  133  3.9999999999999996e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.63047 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1423  transcriptional regulator, LacI family  29.86 
 
 		 340 aa  133  3.9999999999999996e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.189138 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1895  LacI family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 339 aa  133  5e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.371942 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  32.95 
 
 		 337 aa  132  7.999999999999999e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2870  transcriptional regulator, LacI family  29.5 
 
 		 342 aa  132  1.0000000000000001e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  30.72 
 
 		 335 aa  132  1.0000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  28.9 
 
 		 341 aa  130  2.0000000000000002e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5512  transcriptional regulator, LacI family  31.16 
 
 		 340 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0234887 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.81 
 
 		 335 aa  130  2.0000000000000002e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4283  LacI family transcription regulator  31.76 
 
 		 341 aa  131  2.0000000000000002e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5463  LacI family transcription regulator  31.95 
 
 		 344 aa  130  3e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.316293  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  30.59 
 
 		 353 aa  130  3e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.75 
 
 		 342 aa  129  5.0000000000000004e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4333  transcriptional regulator, LacI family  34.3 
 
 		 340 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.706731 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0832  LacI family transcription regulator  28.53 
 
 		 346 aa  129  7.000000000000001e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  30.52 
 
 		 338 aa  129  7.000000000000001e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3984  LacI family transcription regulator  31.5 
 
 		 339 aa  129  7.000000000000001e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.125023  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  29.41 
 
 		 337 aa  129  7.000000000000001e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1929  LacI family transcription regulator  30.21 
 
 		 347 aa  129  8.000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959619  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3304  LacI family transcription regulator  30.65 
 
 		 335 aa  129  8.000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.547709 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2456  LacI family transcription regulator  30.52 
 
 		 352 aa  128  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0459  LacI family transcription regulator  30.88 
 
 		 340 aa  127  2.0000000000000002e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0352  transcriptional regulator, LacI family  28.74 
 
 		 339 aa  128  2.0000000000000002e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0696  transcriptional regulator, LacI family  28.57 
 
 		 357 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.477401 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00429  transcriptional repressor, LacI family protein  30.68 
 
 		 334 aa  127  3e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3272  LacI family transcription regulator  30.64 
 
 		 352 aa  127  3e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>